1、m6A-IP-qPCR m6A-IP-qPCR也叫MeRIP-qPCR,即利用m6A抗体在富集到带甲基化修饰的RNA后,下一步使用qPCR直接对富集到的RNA进行定量的一种技术。 其次,我们知道m6A修饰的过程离不开甲基转移酶(writer)、去甲基转移酶(eraser)和阅读蛋白(reader)的作用,如下图展示了与m6A修饰作用相关的各种RNA结合蛋白: 所以RNA-...
1)MeRIP-qPCR的目的 与普通的qPCR有所不同,MeRIP-qPCR是验证某个目标基因上的某个修饰位点(以一小段区域的形式,MeRIP法精确不到单碱基)的修饰水平。得到的结果往往是一个%(IP/Input)的数值,它体现的是该位点的修饰水平(目标基因发生该修饰的转录本占该基因总转录本的比例),而普通qPCR验证的是某个基因的表达...
1、m6A-IP-qPCR m6A-IP-qPCR,也叫MeRIP-qPCR,即m6A抗体富集到带甲基化修饰的RNA,下一步使用qPCR直接对富集到的RNA进行定量的一种技术。 二、m6A相关蛋白结合验证 m6A修饰的过程,离不开甲基转移酶(writer)、去甲基转移酶(eraser)和阅读蛋白(reader)的作用。如下图,展示了与m6A修饰作用相关的各种RNA结合蛋白: ...
e–h. 在MTA沉默(RNAi MTA)或MTA过表达(OE-MTA)果实中NCED5、ABAR和AREB1的相对m6A富集(e)、基因表达(f)、mRNA稳定性(g)和翻译效率(h)变化。通过m6A-IP-qPCR和定量RT-PCR分别分析m6A的相对富集度和基因表达。在放线菌素D处理后的指定时间点提取总RNA,并进行定量RT-PCR分析mRNA稳定性。翻译效率表示为多...
MeRIP-qPCR 是m6A-IP-qPCR的另一种说法。所以从名称上我们就能发现,m6A-IP-qPCR基本和常规的RIP-qPCR相似。当然在讨论RIP-qPCR之前,我们先来看看常规的RT-qPCR 是如何计算相对表达量的。 关于RT-qPCR的方法学论文很多,所以这里关于实验部分就不细讲了。计算基因的绝对定量需要加入外参基因,所以暂且我们先来看看相对...
通过对干旱处理后的苹果MdMTA RNAi植株和GL-3植株进行m6A-seq和RNA-seq分析,以研究MdMTA调控抗旱性的分子机制。通过qRT-PCR验证MdMTA可能通过影响干旱下木质素生物合成和H2O2清除相关基因表达来响应干旱。通过m6A-IP-qPCR验证MdMTA介导的基因表达变化是否与m6A甲基化相关。
通过m6A-IP-qPCR和定量RT-PCR分别分析m6A的相对富集度和基因表达。在放线菌素D处理后的指定时间点提取总RNA,并进行定量RT-PCR分析mRNA稳定性。翻译效率表示为多体RNA中mRNA相对于总RNA的丰度比。数据表示为平均值±标准差(n=3)。星号表示显著差异(*P< 0.05,**P< 0.01,***P< 0.001;学生t检验)。NS,...
进一步通过m6A-IP-qPCR检测了FIP37和CRY1对和的影响，结果显示在和突变体中，和转录本的m6A修饰均减少（图5c），表明CRY1和FIP37调控了和的m6A修饰。测量在蓝光下和 转录本的衰减率发现，与野生型相比，在和突变体中，和转录本的衰减速度延迟（图5d），表明CRY1和FIP37在蓝光诱导下介导的m6A修饰作用加速了和...
i. m6A-IP-qPCR分析显示野生或突变转录本中的相对m6A富集。 j. 翻译效率分析的简要工作流程。 k. NCED5、ABAR和AREB1的翻译效率。翻译效率表示为多体RNA中mRNA相对于总RNA的丰度比。数据表示为平均值±标准差(n=3)。星号表示显著差异(*P< 0.05,**P< 0.01,***P< 0.001;学生t检验) ...
所谓m6A-IP-qPCR也叫MeRIP-qPCR,即利用m6A抗体在富集到带甲基化修饰的RNA后,下一步使用qPCR直接对富集到的RNA进行定量的一种技术。 这种技术可以做到对发生甲基化的RNA进行相对定量,是一种低成本的检测方法,仅需m6A抗体,A/G免疫磁珠,磁力架和qPCR仪及配套试剂盒即可开展这类实验。