MeRIP-qPCR 是m6A-IP-qPCR 的另一种说法。所以从名称上我们就能发现,m6A-IP-qPCR基本和常规的RIP-qPCR相似。当然在讨论RIP-qPCR之前,我们先来看看常规的RT-qPCR 是如何计算相对表达量的。 关于RT-qPCR的方法学论文很多,所以这里关于实验部分就不细讲了。计算基因的绝对定量需要加入外参基因,所以暂
所谓m6A-IP-qPCR也叫MeRIP-qPCR,即利用m6A抗体在富集到带甲基化修饰的RNA后,下一步使用qPCR直接对富集到的RNA进行定量的一种技术。 这种技术可以做到对发生甲基化的RNA进行相对定量,是一种低成本的检测方法,仅…
第五步,使用上一步设计好的引物,对input、m6A-IP和IgG-IP中的RNA进行qPCR反应并计算相应的CT值。 MeRIP-qPCR结果的计算 MeRIP-qPCR结果计算如下表: *其中DF和IF分别是稀释倍数。是说一个样品,由于其中IP到的RNA量一定会比不IP直接保留的Input的RNA量少很多,IP和Input实际取来做逆转录+qPCR的模板稀释倍数不同...
验证⼯具⼤全到经典案例解析 今天的⽂章将围绕RNA甲基化m6A实验开展中⼏个重要的阶段进⾏介绍，⼀起来学习吧~有很多⽼师和同学上次在后台留⾔说上⾯这张流程图，也就是m6A实验整体思路的流程图还是太复杂太抽象，不好理解。今天我们会来带领⼤家如何⼀ 今天我们会来带领⼤家如何⼀步步开展⾃...
在METTL3缺失的原代小胶质细胞中,BATF mRNA的半衰期缩短(图4G)LPS处理的原代小胶质细胞中,沉默IGF2BP2显著抑制了BATF mRNA的表达,而IGF2BP1或IGF2BP3的敲低则影响有限(图4H)RIP-qPCR分析证实了IGF2BP2与BATF mRNA之间的相互作用(...
qPCR结果显示,在卵巢发育的不同阶段,METTL3、METTL14、FTO和YTHDC1的表达存在显著差异,表明m6A修饰在卵巢活动中具有调控作用。通过MERIP-seq技术绘制的牦牛m6A转录组谱显示,在编码序列(CDS)、3'UTR和保守序列“DRACH”中m6A peaks高度富集。GO、KEGG和GSEA分析结果表明,m6A修饰可能参与牦牛卵巢在生殖周期中的许多生理...
LC-MS量分析BEAS-2B细胞在400TCID50/mL RSV感染24h后的m6A丰度。m6A比色法定量分析咽拭子样本中总RNA的m6A含量(每组n=16)。RSV感染24h后BEAS-2B细胞RNA水平的斑点印迹分析。qPCR分析BEAS-2B细胞在RSV感染24h后的m6A调控因子表达。GSE3397数据集的m6A调控因子热图。
通过m6A-IP-qPCR和定量RT-PCR分别分析m6A的相对富集度和基因表达。在放线菌素D处理后的指定时间点提取总RNA,并进行定量RT-PCR分析mRNA稳定性。翻译效率表示为多体RNA中mRNA相对于总RNA的丰度比。数据表示为平均值±标准差(n=3)。星号表示显著差异(*P< 0.05,**P< 0.01,***P< 0.001;学生t检验)。NS,不显著...
BioGRID 数据库 (35) 确定了 MTHFD2 和 PEBP1 之间的潜在相互作用(图 S5)。ESCC 细胞中的免疫共沉淀 (co-IP) 实验证实 PEBP1 和 MTHFD2 相互结合(图 5D 和 E)。然而,正如 WB 和 qPCR 所示,MTHFD2 敲低并没有改变 PEBP...
☞m6A甲基化数据分析流程 ☞MACS2软件call m6A甲基化peaks ☞corrplot展示m6a甲基化基因表达相关性 ☞m6a甲基化相关基因boxplot并显示p值 ☞m6a甲基化相关基因根据临床信息分组绘制boxplot并显示p值 在☞RNA m6A检测方法一文中我们介绍了MeRIP-qPCR这种方法。在第四步中我们提到IP下来的RNA需要用随机引物进行...