m6A-IP-qPCR也叫MeRIP-qPCR,即利用m6A抗体在富集到带甲基化修饰的RNA后,下一步使用qPCR直接对富集到的RNA进行定量的一种技术。 其次,我们知道m6A修饰的过程离不开甲基转移酶(writer)、去甲基转移酶(eraser)和阅读蛋白(reader)的作用,如下图展示了与m6A修饰作用相关的各种RNA结合蛋白: 所以RNA-蛋白质、蛋白-蛋白...
所谓m6A-IP-qPCR也叫MeRIP-qPCR,即利用m6A抗体在富集到带甲基化修饰的RNA后,下一步使用qPCR直接对富集到的RNA进行定量的一种技术。 这种技术可以做到对发生甲基化的RNA进行相对定量,是一种低成本的检测方法,仅需m6A抗体,A/G免疫磁珠,磁力架和qPCR仪及配套试剂盒即可开展这类实验。 第一步提取total RNA,作为可选...
MeRIP-qPCR 是m6A-IP-qPCR 的另一种说法。所以从名称上我们就能发现,m6A-IP-qPCR基本和常规的RIP-qPCR相似。当然在讨论RIP-qPCR之前,我们先来看看常规的RT-qPCR 是如何计算相对表达量的。 关于RT-qPCR的方法学论文很多,所以这里关于实验部分就不细讲了。计算基因的绝对定量需要加入外参基因,所以暂且我们先来看看相...
通过MeRIP-qPCR(RNA甲基化测序-qPCR)对mRNA和m6A进行测序用于确定ALKBH5对PER1的靶向作用; ❖ 通过ChIP和荧光素酶检测ALKBH5启动子中的p53结合位点,揭示ALKBH5与PER1激活的ATM-CHK2-P53/CDC25C信号通路之间的相互作用。 主要实验方法及结果 01 ALKBH5的损失...
比如说m6A-IP-qPCR,先通过免疫沉淀把含有m6A修饰的RNA片段富集出来,然后再用定量PCR的方法来检测特定基因上m6A修饰的水平。这种方法的优点就是特异性比较强,能够比较准确地检测到目标基因上的m6A修饰情况。但缺点就是一次只能检测一个或者少数几个基因,效率没有高通量测序那么高哈。 二、m6A修饰酶的研究方法。 1. ...
作者使用RIP-qPCR研究了Snail mRNA和YTHDF1之间的相互作用。结果显示,YTHDF1显着富集了Snail mRNA(CDS区),而在Mettl3Mut /-细胞中,这种相对富集(IP与input)显着受到抑制(g,h)。si-YTHDF1减弱了HeLa细胞中TGF-β诱导的Snail表达(i)。综上证明YTHDF1参与SNAI1 mRNA的m6A甲基化。
m6A甲基化研究指南将从m6A是什么，m6A甲基化酶的种类及功能，m6A检测⽅法汇总，m6A课题设计思路，m6A论⽂发表梯度推荐，m6A后期验证⼯具⼤全到经典案例解析等⽅⾯为⼤家揭开m6A的神秘⾯纱，每天5分钟，就能从m6A⼩⽩⼊门到⾼阶提⾼哦~验证⼯具⼤全到经典案例解析 今天的⽂章将围绕RNA...
储存在−80°C，分别作为三个生物重复序列用于RNA提取、IP qPCR和m6A IP序列。
回到你的问题,想要验证成功率高,差异的基因要做IP-qPCR,必须本底表达足够高,引物设计足够特异。另外Input是对照,不需要用m6A抗体去拉。详情请关注联川生物的m6A一本通,里面详细介绍了m6A-IP-qPCR。也可以欢迎收听我们的公开课——m6A-IP-qPCR。 问题35