线粒体膜电位检测:通过流式细胞仪收集TMRE阳性细胞的比例 qRT-PCR/Western blot检测:检测细胞内与铁死亡相关的因子的变化,例如COX-2,ACSL4,PTGS2,NOX1,GPX4和FTH1等,其中COX-2,ACSL4,PTGS2和NOX1在铁死亡细胞中表达上调;GPX4和FTH1在铁死亡细胞中表达下调。 下面我们进入正题:这次我主要给大家带来两个思路,这...
尽管m6A不会100%抑制每一步,但通过两步反应可以大幅减少最终产物量。最终,通过qRT-PCR分析目标位点和对照组的阈值循环(Ct)的差异,可以检测目标位点的m6A修饰和甲基化程度(图2)。SELECT操作简便,所有实验都可以在一个反应系统中完成,无需额外的纯化步骤。但SELECT需要引入对照组并生成标准曲线以完成检测和定量分析。
尽管m6A不会100%抑制每一步,但通过两步反应可以大幅减少最终产物量。最终,通过qRT-PCR分析目标位点和对照组的阈值循环(Ct)的差异,可以检测目标位点的m6A修饰和甲基化程度(图2)。SELECT操作简便,所有实验都可以在一个反应系统中完成,无需额外的纯化步骤。但SELECT需要引入对照组并生成标准曲线以完成检测和定量分析。
CC代表细胞组分(cell component),BP代表生物过程(biological process),MF代表分子功能(molecular function)。 (c) qRT-PCR检测绒毡层发育和花粉外壁积累所需的基因。 (5)OsALKBH9基因功能丧失导致水稻转录组范围内m6A修饰高甲基化 图5:OsALKBH9基因功能丧失导致转录组范围的m6A高甲基化。 火山图结果显示了Osalkbh9...
MeRIP-qRT-PCR已被广泛用于验证高通量测序鉴定的m6A peaks。mRNA或总RNA被片段化为100-200nt,随后用m6A抗体进行免疫沉淀,富集的RNA通过常规qRT-PCR进行定量(图2)。尽管MeRIP-qRT-PCR简单实用,但它不能提供单碱基分辨率,并且依赖于m6A抗体的特异性。 基于单碱基延伸和连接的qPCR扩增方法(SELECT)利用m6A抑制DNA聚合酶...
位点特异性m6A检测方法示意图:MeRIP-qRT-PCR、SELECT和SCARLET。 总结而言,目前已经开发出的不同层面m6A修饰检测方法主要有: 1)整体水平检测:TLC、Dot-blot和LC-MS/MS; 2)转录组范围内m6A修饰高通量检测(图1): a)基于特异性抗体的测序技术(MeRIP-seq/m6A-seq、m6A-seq2、m6A-CLIP/miCLIP); ...
E M6使用从不同 CHIKV 感染细胞系中分离的总 RNA 进行 A-IP-qRT-PCR。RNA片段化至~1 kb。11 套引物(每 KB 一套:CHIKV_1 至 CHIKV_11)41沿着 CHIKV RNA 平铺。条形表示 3 m 的平均± SD 值6来自 HEK293T 和 Huh7 细胞系的 3 个独立感染以及来自 2 个独立 m 的 A-IP6U2OS 细胞系的 A-...
通过qRT-PCR验证MdMTA可能通过影响干旱下木质素生物合成和H2O2清除相关基因表达来响应干旱。通过m6A-IP-qPCR验证MdMTA介导的基因表达变化是否与m6A甲基化相关。检测干旱条件下GL-3和MdMTA RNAi植株mRNA稳定性,以研究MdMTA介导的m6A修饰对mRNA稳定性的影响。检测干旱条件下GL-3和MdMTA RNAi植株中转录本的翻译效率,以...
(1)通过qRT-PCR可以筛选出CRC细胞中经形核梭杆菌处理后被激活的信号通路,实验结果显示与NF-κB和Hippo-YAP两个信号通路相关的基因在CRC细胞中均被激活了(图11/a,b); (2)通过免疫荧光实验和荧光素酶的实验结果也进一步证实了经形核梭杆菌处理的CRC细胞中YAP...
位点特异性m6A检测方法示意图:MeRIP-qRT-PCR、SELECT和SCARLET。 总结而言,目前已经开发出的不同层面m6A修饰检测方法主要有: 1)整体水平检测:TLC、Dot-blot和LC-MS/MS; 2)转录组范围内m6A修饰高通量检测(图1): a)基于特异性抗体的测序技术(MeRIP-seq/m6A-seq、m6A-seq2、m6A-CLIP/miCLIP); b)非抗体依赖的...