3)单基因m6A位点检测技术:MeRIP-qRT-PCR、SELECT、SCARLET(图2)。 以上方法有不同的应用场景,科研老师们可以根据自己的科研需求选择适合的检测方法。 关于易基因RNA m6A甲基化测序(MeRIP-seq)技术 易基因MeRIP-seq技术利用m6A特异性抗体富集发生m6A修饰的RNA片段(包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA),结合高通量测序,...
位点特异性m6A检测方法示意图:MeRIP-qRT-PCR、SELECT和SCARLET。 总结而言,目前已经开发出的不同层面m6A修饰检测方法主要有: 1)整体水平检测:TLC、Dot-blot和LC-MS/MS; 2)转录组范围内m6A修饰高通量检测(图1): a)基于特异性抗体的测序技术(MeRIP-seq/m6A-seq、m6A-seq2、m6A-CLIP/miCLIP); b)非抗体依赖的...
m6A甲基化RNA免疫沉淀(MeRIP)是一种检测m6A修饰状态并在全转录组范围内定位m6A RNA修饰位置的方法。riboMeRIPTM m6A Transcriptome Profiling Kit 使用MeRIP方法进行m6A RNA修饰的鉴定和转录组分析。在MeRIP实验中,将RNA片段化后,使用针对m6A的单克隆抗体进行免疫沉淀。回收RNA后可进行qRT-PCR(MeRIP-qPCR)或RNA测序(MeR...
▪ ALKBH5通过消除m6A-YTHDF2依赖性mRNA降解来增加ZNF333的表达 为了揭示ALKBH5对ZNF333表达的m6A相关调控机制,研究人员对m6A测序数据进行了MeRIP qRT-PCR验证。发现m6A特异性抗体在ALKBH5过表达时显著降低了ZNF333 mRNA的富集,而在ALKBH5敲低时显著增加了ZNF333 mRNA水平的富集。此外,研究人员发现催化失活突变型AL...
qRT-PCR/Western blot检测:检测细胞内与铁死亡相关的因子的变化,例如COX-2,ACSL4,PTGS2,NOX1,GPX4和FTH1等,其中COX-2,ACSL4,PTGS2和NOX1在铁死亡细胞中表达上调;GPX4和FTH1在铁死亡细胞中表达下调。 下面我们进入正题:这次我主要给大家带来两个思路,这两个思路的特点是简单好上手换个疾病就是一篇SCI。
(1)在SFTSV RNA上鉴定出特定的m6A修饰位点:研究通过MeRIP-seq得到了SFTSVm6A修饰位点的特定范围,然后结合m6A-IP-qRT-PCR鉴定得到七个特异性的位点; 图1 MeRIP-seq测序结果 图2鉴定得到SFTSV S/M/L RNA上的m6A修饰位点 (2) YTHDF1以m6A依赖的方式抑制SFTSV RNA表达:研究发现,YTHDF1可以结合SFTSV的m6A修饰位点...
通过对干旱处理后的苹果MdMTA RNAi植株和GL-3植株进行m6A-seq和RNA-seq分析,以研究MdMTA调控抗旱性的分子机制。通过qRT-PCR验证MdMTA可能通过影响干旱下木质素生物合成和H2O2清除相关基因表达来响应干旱。通过m6A-IP-qPCR验证MdMTA介导的基因表达变化是否与m6A甲基化相关。
后续利用MeRIP-qRT-PCR对感染24h后敲除METTL3的A549细胞进行验证(图2d,e),这些数据表明病毒的早期和晚期转录单元包含m6A,并且这种修饰是由包含METTL3的细胞writer复合物添加的。然而m6A标记的确切位置无法通过此方法评估。 图2腺病毒RNAs...
MeRIP-qRT-PCR已被广泛用于验证高通量测序鉴定的m6A peaks。mRNA或总RNA被片段化为100-200nt,随后用m6A抗体进行免疫沉淀,富集的RNA通过常规qRT-PCR进行定量(图2)。尽管MeRIP-qRT-PCR简单实用,但它不能提供单碱基分辨率,并且依赖于m6A抗体的特异性。 基于单碱基延伸和连接的qPCR扩增方法(SELECT)利用m6A抑制DNA聚合酶...
qRT-PCR分析显示,不同组别之间的circALG1表达水平无差异(图4C);突变1个位点后,m6A修饰的circALG1细胞内水平降低,而突变2个位点后,细胞内均未见m6A修饰的circALG1(图4D)。功能实验表明,circALG1突变减少了肿瘤细胞的迁移和侵袭(图4E)。这些结果表明,circ...