MeRIP-qRT-PCR已被广泛用于验证高通量测序鉴定的m6A peaks。mRNA或总RNA被片段化为100-200nt,随后用m6A抗体进行免疫沉淀,富集的RNA通过常规qRT-PCR进行定量(图2)。尽管MeRIP-qRT-PCR简单实用,但它不能提供单碱基分辨率,并且依赖于m6A抗体的特异性。 基于单碱基延伸和连接的qPCR扩增方法(SELECT)利用m6A抑制DNA聚合酶...
MeRIP-qRT-PCR已被广泛用于验证高通量测序鉴定的m6A peaks。mRNA或总RNA被片段化为100-200nt,随后用m6A抗体进行免疫沉淀,富集的RNA通过常规qRT-PCR进行定量(图2)。尽管MeRIP-qRT-PCR简单实用,但它不能提供单碱基分辨率,并且依赖于m6A抗体的特异性。 基于单碱基延伸和连接的qPCR扩增方法(SELECT)利用m6A抑制DNA聚合酶...
位点特异性m6A检测方法示意图:MeRIP-qRT-PCR、SELECT和SCARLET。 总结而言,目前已经开发出的不同层面m6A修饰检测方法主要有: 1)整体水平检测:TLC、Dot-blot和LC-MS/MS; 2)转录组范围内m6A修饰高通量检测(图1): a)基于特异性抗体的测序技术(MeRIP-seq/m6A-seq、m6A-seq2、m6A-CLIP/miCLIP); b)非抗体依赖的...
MeRIP-qRT-PCR已被广泛用于验证高通量测序鉴定的m6A peaks。mRNA或总RNA被片段化为100-200nt,随后用m6A抗体进行免疫沉淀,富集的RNA通过常规qRT-PCR进行定量(图2)。尽管MeRIP-qRT-PCR简单实用,但它不能提供单碱基分辨率,并且依赖于m6A抗体的特异性。 基于单碱基延伸和连接的qPCR扩增方法(SELECT)利用m6A抑制DNA聚合酶...
MeRIP-qRT-PCR已被广泛用于验证高通量测序鉴定的m6A peaks。mRNA或总RNA被片段化为100-200nt,随后用m6A抗体进行免疫沉淀,富集的RNA通过常规qRT-PCR进行定量(图2)。尽管MeRIP-qRT-PCR简单实用,但它不能提供单碱基分辨率,并且依赖于m6A抗体的特异性。 基于单碱基延伸和连接的qPCR扩增方法(SELECT)利用m6A抑制DNA聚合酶...
为了揭示ALKBH5对ZNF333表达的m6A相关调控机制,研究人员对m6A测序数据进行了MeRIP qRT-PCR验证。发现m6A特异性抗体在ALKBH5过表达时显著降低了ZNF333 mRNA的富集,而在ALKBH5敲低时显著增加了ZNF333 mRNA水平的富集。此外,研究人员发现催化失活突变型ALKBH5过表达不能在mRNA和蛋白质水平上调节ZNF333的表达。当引入全局...
qRT-PCR/Western blot检测:检测细胞内与铁死亡相关的因子的变化,例如COX-2,ACSL4,PTGS2,NOX1,GPX4和FTH1等,其中COX-2,ACSL4,PTGS2和NOX1在铁死亡细胞中表达上调;GPX4和FTH1在铁死亡细胞中表达下调。 下面我们进入正题:这次我主要给大家带来两个思路,这两个思路的特点是简单好上手换个疾病就是一篇SCI。
MeRIP-qRT-PCR已被广泛用于验证高通量测序鉴定的m6A peaks。mRNA或总RNA被片段化为100-200nt,随后用m6A抗体进行免疫沉淀,富集的RNA通过常规qRT-PCR进行定量(图2)。尽管MeRIP-qRT-PCR简单实用,但它不能提供单碱基分辨率,并且依赖于m6A抗体的特异性。 基于单碱基延伸和连接的qPCR扩增方法(SELECT)利用m6A抑制DNA聚合酶...
(c) qRT-PCR检测绒毡层发育和花粉外壁积累所需的基因。 (5)OsALKBH9基因功能丧失导致水稻转录组范围内m6A修饰高甲基化 图5:OsALKBH9基因功能丧失导致转录组范围的m6A高甲基化。 火山图结果显示了Osalkbh9-1与野生型(WT)之间m6A修饰变化。累积分数图和箱线图显示Osalkbh9-1和WT中m6A峰值的log2(富集倍数)。
为了确定WTAP在OA中的作用,用过表达WTAP的质粒转染软骨细胞。通过qRT-PCR和WB证实WTAP mRNA和蛋白水平升高(图2a-c)。免疫荧光检测结果也显示,软骨细胞中WTAP蛋白水平升高(图2d),WTAP过表达后m6A甲基化水平升高(图2e)。 为了评估WTAP对骨关节炎软骨细胞表型的影响,测定了ADAMTS4、ADAMTS5、MMP13、IL-6、IL-8和iN...