位点特异性m6A检测方法示意图:MeRIP-qRT-PCR、SELECT和SCARLET。 总结而言,目前已经开发出的不同层面m6A修饰检测方法主要有: 1)整体水平检测:TLC、Dot-blot和LC-MS/MS; 2)转录组范围内m6A修饰高通量检测(图1): a)基于特异性抗体的测序技术(MeRIP-seq/m6A-seq、m6A-seq2、m6A-CLIP/miCLIP); b)非抗体依赖的...
3)单基因m6A位点检测技术:MeRIP-qRT-PCR、SELECT、SCARLET(图2)。 以上方法有不同的应用场景,科研老师们可以根据自己的科研需求选择适合的检测方法。 关于易基因RNA m6A甲基化测序(MeRIP-seq)技术 易基因MeRIP-seq技术利用m6A特异性抗体富集发生m6A修饰的RNA片段(包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA),结合高通量测序,...
线粒体膜电位检测:通过流式细胞仪收集TMRE阳性细胞的比例 qRT-PCR/Western blot检测:检测细胞内与铁死亡相关的因子的变化,例如COX-2,ACSL4,PTGS2,NOX1,GPX4和FTH1等,其中COX-2,ACSL4,PTGS2和NOX1在铁死亡细胞中表达上调;GPX4和FTH1在铁死亡细胞中表达下调。 下面我们进入正题:这次我主要给大家带来两个思路,这...
为了揭示ALKBH5对ZNF333表达的m6A相关调控机制,研究人员对m6A测序数据进行了MeRIP qRT-PCR验证。发现m6A特异性抗体在ALKBH5过表达时显著降低了ZNF333 mRNA的富集,而在ALKBH5敲低时显著增加了ZNF333 mRNA水平的富集。此外,研究人员发现催化失活突变型ALKBH5过表达不能在mRNA和蛋白质水平上调节ZNF333的表达。当引入全局...
m6A甲基化RNA免疫沉淀(MeRIP)是一种检测m6A修饰状态并在全转录组范围内定位m6A RNA修饰位置的方法。riboMeRIPTM m6A Transcriptome Profiling Kit 使用MeRIP方法进行m6A RNA修饰的鉴定和转录组分析。在MeRIP实验中,将RNA片段化后,使用针对m6A的单克隆抗体进行免疫沉淀。回收RNA后可进行qRT-PCR(MeRIP-qPCR)或RNA测序(MeR...
qRT-PCR分析显示,不同组别之间的circALG1表达水平无差异(图4C);突变1个位点后,m6A修饰的circALG1细胞内水平降低,而突变2个位点后,细胞内均未见m6A修饰的circALG1(图4D)。功能实验表明,circALG1突变减少了肿瘤细胞的迁移和侵袭(图4E)。这些结果表明,circ...
RNA 分离后,使用 qRT-PCR 评估 MTHFD2 相对表达,标准化为 GAPDH。然后使用线性回归分析确定 mRNA 半衰期。 免疫共沉淀 (Co-IP) 测定 进行 Co-IP 分析以研究蛋白质-蛋白质相互作用。简而言之,从裂解的 ESCC 细胞中提取蛋白质 (Pi...
qRT-PCR显示PELI2在WT和ALKBH5-/-小鼠原代角质形成细胞中的mRNA表达。实验重复3次,mRNA相对表达量以平均值±SD表示。t检验,双侧**P<0.01。 采用IF染色分析PWD6时WT小鼠创缘表皮PELI2和ALKBH5的表达及共定位情况。比例尺:100 μm。 IGV轨迹显示ALKBH5敲低后PELI2的MeRIP-seq reads覆盖情况。实验设置2个重复。
通过对干旱处理后的苹果MdMTARNAi植株和GL-3植株进行m6A-seq和RNA-seq分析,以研究MdMTA调控抗旱性的分子机制。通过qRT-PCR验证MdMTA可能通过影响干旱下木质素生物合成和H2O2清除相关基因表达来响应干旱。通过m6A-IP-qPCR验证MdMTA介导的基因表达变化是否与m6A甲基化相关。
位点特异性m6A检测方法示意图:MeRIP-qRT-PCR、SELECT和SCARLET。 总结而言,目前已经开发出的不同层面m6A修饰检测方法主要有: 1)整体水平检测:TLC、Dot-blot和LC-MS/MS; 2)转录组范围内m6A修饰高通量检测(图1): a)基于特异性抗体的测序技术(MeRIP-seq/m6A-seq、m6A-seq2、m6A-CLIP/miCLIP); b)非抗体依赖的...