也就是说,当LncRNA与一些距离较远的基因在表达量上存在正相关或负相关的情况时,就可以通过样本间lncRNA与蛋白编码基因的表达量相关性分析或WGCNA共表达分析来预测其靶基因。 需要注意的是,lncRNA的Trans作用靶基因预测只适合于样本量大的情况,如果样本量太少(如6个以下),分析将不可靠。 图4.lncRNA-mRNA共表达...
也就是说,当LncRNA与一些距离较远的基因在表达量上存在正相关或负相关的情况时,就可以通过样本间lncRNA与蛋白编码基因的表达量相关性分析或WGCNA共表达分析来预测其靶基因。 需要注意的是,lncRNA的Trans作用靶基因预测只适合于样本量大的情况,如果样本量太少(如6个以下),分析将不可靠。 图4.lncRNA-mRNA共表达...
想研究lncRNA–miRNA–mRNA调控网络预测的小伙伴们可以用此套路。本研究在多个基因组平台上进行了全面的数据挖掘，证明了FOXD2-AS1/miR-139-5p/BLVRA或CYTH2可促进肝硬化肝癌的形成。靶向FOXD2-AS1/miR-139-5p/BLVRA或CYTH2可能是对抗肝硬化向肝硬化HCC转变的新治疗策略。
通常用来筛选lncRNA的工具有RT-PCR、FISH、microarray、全转录组混池测序等;而如今在mRNA研究中常用的单细胞转录组(scRNA-seq)、空间转录组等解析细胞异质性的有力武器,在lncRNA研究中却极少用到。也有一些研究试图解析lncRNA的空间异质性,但...
但如果lncRNA附近没有功能基因表达的改变,可以考虑trans靶基因调控。先通过实验去筛选和该lncRNA可能结合的蛋白,或者通过trans靶基因预测,来寻找可能下游靶向mRNA。再分析lncRNA和靶基因的表达相关性。后期证明该lncRNA和结合蛋白是否真的是结合到靶基因启动子区是实现mRNA的表...
先通过实验去筛选和该lncRNA可能结合的蛋白,或者通过trans靶基因预测,来寻找可能下游靶向mRNA。再分析lncRNA和靶基因的表达相关性。后期证明该lncRNA和结合蛋白是否真的是结合到靶基因启动子区是实现mRNA的表达调控。 两方面的调节机制均涉及RNA-蛋白质的相互作用。在没有目的蛋白的时候,此时不得不使用一些先进技术来...
将剩余的DElncRNAs放入miRcode数据库中,以识别潜在的靶向lncRNAs的miRNAs。在与47个DEmiRNAs交叉后,仅有12个miRNAs被选中。然后,作者利用miRDB、miRTarBase和TargetScan的数据库,参照12个DEmiRNAs来识别下游目标mRNA。为了提高预测的准确性,这里只选择了三个数据库共有的潜在mRNA,在2314个DEmRNAs中,有21个被选中。最后,...
miRNA可通过与特定靶mRNA的广泛碱基配对诱导其衰变,这一过程被称为TDMD,其中广泛的碱基配对可促进AGO2的结构重排以进行蛋白酶体降解,并使miRNA的3 '端暴露于核糖核酸酶以进行降解。据报道,一些 lncRNA 通过 TDMD 直接降解 miRNA。然而,lncRNAs是否能稳定TDMD中的miRNAs仍然难以捉摸。
METTL1 的 mRNA 表达在 si-NRAV 预处理的 Huh7 和 HepG2 细胞中显着下调(图 12k,l)。NRAV 可能通过影响体外 METTL1 表达来正向调节 HCC 进展。这些结果表明,m7GRLSig 中的预后 lncRNA 可能通过靶向 m7G 调节剂来调节 HCC 进展过程中的 m7G 修饰。
发现lncROPM通过直接结合PLA2G16的3′-UTR来调节PLA2G16的表达,从而增加mRNA的稳定性。PLA2G16的增加显著促进了BCSCs中磷脂代谢和游离脂肪酸特别是花生四烯酸的产生,从而激活PI3K/AKT、Wnt/β-catenin和Hippo/YAP信号,最终参与了BCSCs干性的维持。 Fig2. LncROPM与PLA2G16 mRNA的3’UTR结合,增强PLA2G16 mRNA...