相关性分析,输入数据:LncRNAcount矩阵(行为样本,列为基因),mRNA count矩阵 (行为样本,列为基因),本例中分别为lncRNA_expr,hs_relate_mRNA 输入数据的准备 lncRNA_anno[1:4,1:4] #注释后的DElncRNA ##lncRNA 表达矩阵准备 行 样本,列基因 lncRNA_expr <- TCGA_gset[rownames(TCGA_gset)%in%rownames(...
trans作用靶基因预测基本原理认为lncRNA的功能不依赖于和编码基因的位置关系，而与其共表达的蛋白编码基因...
目的:观察人表皮干细胞和已分化的角质形成细胞中lncRNA和mRNA的差异表达及其相关性,初步探索lncRNA作为竞争性内源性RNA(ceRNA)参与调控表皮干细胞的自我更新及分化,获得更多有关表皮干细胞体外复制、扩增和分化调控的新信息,为组织工程构建皮肤提供更理想的种子细胞来源,为未来创面愈合的基因治疗提供线索。方法:(1)取泌...
此外,基于LASSO-COX预后模型,作者系统地鉴定了与三阴性乳腺癌生存率显著相关的5个lncRNAs和6个mRNAs.免疫相关的11 个lncRNA-mRNA标记可用作独立划分患者总存活时间的预后标记。研究的免疫相关预后信号对15种癌症具有预后意义,并且与20种预后模型相比表现出优异的预测性能,这表明它可能在改善患者的总体存活率方面具有临床...
黄喉拟水龟性别调控相关lncRNA和mRNA的筛选及初步分析
探讨LPS 诱导的急性肺损伤(ALI)基因表达谱中与焦亡相关候选的 lncRNA 和 mRNA 并探讨其分子机制。 实验方法: 通过RNA 测序(RNA-Seq),我们分析了脂多糖(LPS)诱导的 ALI 早期的 lncRNA 和 mRNA 表达,利用生物信息学分析获得的差...
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此外,基于LASSO-COX预后模型,作者系统地鉴定了与三阴性乳腺癌生存率显著相关的5个lncRNAs和6个mRNAs.免疫相关的11 个lncRNA-mRNA标记可用作独立划分患者总存活时间的预后标记。研究的免疫相关预后信号对15种癌症具有预后意义,并且与20种预后模型相比表现出优异的预测性能,这表明它可能在改善患者的总体存活率方面具有临床...