lncRNA matrix 接下来这个lncRNA表达矩阵就有很多处理方式了。 如果你比较偷懒,或者不需要过滤,那你可以直接使用所有的lncRNA和imm_expr中的mRNA批量做相关性分析。 我们这个lncrna_expr_tpm一共有16882个lncRNA,这个数据计算量其实是非常大的! 所以我们也可以先对lncRNA做差异分析,然后再做相关性分析,也可以先做...
相关性分析,输入数据:LncRNAcount矩阵(行为样本,列为基因),mRNA count矩阵 (行为样本,列为基因),本例中分别为lncRNA_expr,hs_relate_mRNA 输入数据的准备 lncRNA_anno[1:4,1:4] #注释后的DElncRNA ##lncRNA 表达矩阵准备 行 样本,列基因 lncRNA_expr <- TCGA_gset[rownames(TCGA_gset)%in%rownames(...
trans作用靶基因预测基本原理认为lncRNA的功能不依赖于和编码基因的位置关系，而与其共表达的蛋白编码基因...
exosome(外泌体)是活细胞分泌的来源于晚期核内体(也称为多囊泡体)的膜性囊泡,存在于体液中,包括血液,唾液,尿液和母乳等.目前研究发现,exosome内含有与细胞来源相关的蛋白质,脂质和各类核酸分子,尤其是mirna和lncrna.exosome能够... 参芪扶正吧 50龙马05 【ctc专题】abc for ctc临床应用篇 在乳腺癌ctc相关的...
此外,基于LASSO-COX预后模型,作者系统地鉴定了与三阴性乳腺癌生存率显著相关的5个lncRNAs和6个mRNAs.免疫相关的11 个lncRNA-mRNA标记可用作独立划分患者总存活时间的预后标记。研究的免疫相关预后信号对15种癌症具有预后意义,并且与20种预后模型相比表现出优异的预测性能,这表明它可能在改善患者的总体存活率方面具有临床...
探讨LPS 诱导的急性肺损伤(ALI)基因表达谱中与焦亡相关候选的 lncRNA 和 mRNA 并探讨其分子机制。 实验方法: 通过RNA 测序(RNA-Seq),我们分析了脂多糖(LPS)诱导的 ALI 早期的 lncRNA 和 mRNA 表达,利用生物信息学分析获得的差...
黄喉拟水龟性别调控相关lncRNA和mRNA的筛选及初步分析
lncRNA matrix 接下来这个lncRNA表达矩阵就有很多处理方式了。 如果你比较偷懒,或者不需要过滤,那你可以直接使用所有的lncRNA和imm_expr中的mRNA批量做相关性分析。 我们这个lncrna_expr_tpm一共有16882个lncRNA,这个数据计算量其实是非常大的! 所以我们也可以先对lncRNA做差异分析,然后再做相关性分析,也可以先做...