为了探讨lncRNA在干旱胁迫中的作用,我们利用高通量测序技术对海南特色旱稻山兰旱稻的lncRNA、miRNA和mRNA的转录组进行了分析。 在山兰旱稻叶片中共鉴定出4060个lncRNAs。与以往研究类似,多数lncRNAs被归类为lincRNA[25]。我们比较了lncRNA和mRNA的基本特征,发现lncRNA和orf序列的长度短于mRNA序列的长度。此外,LncRNA外显...
Fig.2a 鉴定出来的mRNA与lncRNA在染色体上分布均匀。(TE,橙色;mRNA,蓝色;lncRNA,绿色;ancRNA, 黄色) Fig.2b 与TEs重叠的ancRNA,lincRNA,slncRNA和mRNA的数量; 绿松石重叠橙色,不重叠 Fig.2c 不同TE类型与lncRNA和mRNA重叠的比例 Fig.2d lncRNA和mRNA中的外显子数量 Fig.2e lncRNA和mRNA外显子长度 Fig...
1)通过ORF长度判别,对于编码蛋白质的mRNA来说,其开放阅读框(ORF)长度一般大于300碱基或100氨基酸。因此,若RNA序列的ORF小于300碱基,其编码蛋白质的可能性会非常小; 2)根据ORF保守性,采用比较基因组学的方法进行判别,mRNA的ORF具有保守性,即可编码蛋白质的转录本序列与已注释的蛋白质或蛋白质结构域有同源相似性; 3...
1.LncRNA:异质性研究的切入点,标志物和靶点挖掘的宝藏 和mRNA相比,lncRNA的一大特点就是有着更强的组织特异性和细胞类型特异性[5-8]。 例如,2017年发表在Science上的一项CRISPR研究发现了499种对细胞生长有重要功能的lncRNA分子,其中89%均...
2.lncRNA的鉴定和差异分析 对两个日龄的垂体前叶分别测序，比对效率分别为95.06% 和95.15% ，本研究中我们鉴定共到7039个lncRNA，lncRNA的平均长度为2052bp，比mRNA略长。而76.5%的lncRNA含有2个外显子，mRNA平均含有4.1个外显子。使用fold change≥2且FDR< 0.05，筛选到1181个差异表达的lncRNA，其中有...
ceRNA这个法则本质上是lncrna和mrna竞争结合细胞内有限的mirna，所以lncRNA和mRNA表达越多，识别位点越多...
lncRNA的长度在202 bp至25,251 bp之间,中位长度为1568 bp。如图1B(左图)所示,lncRNA明显长于mRNA(中位长度786 bp)。但是,就预测的最大ORF的大小而言,lncRNA的长度比mRNA短(lncRNA的中值最大ORF长度为78 bp,mRNA的中值最大为544 bp;图1B右图)。大约78%的lncRNA包含2个外显子,而mRNA中包含的外显子...
l 差异lncRNA表达水平火山图 l 差异lncRNA聚类分析 (4)整合分析 l lncRNA、mRNA表达量比较 l lncRNA、mRNA长度比较 l lncRNA、mRNA ORF分布 l lncRNA靶基因分析 l 特异lncRNA与mRNA网络互作分析 5. 验证实验 qPCR验证显著差异circRNA、lncRNA和mRNA的表达量。
1、lncRNA和mRNA的差异表达分析 通常所说的lncRNA测序其实就是全转录组测序,与普通mRNA测序不同的是,lncRNA测序是通过rRNA去除从而对含有polyA结构和不含polyA的RNA一同富集并建库测序。理论上这种策略能够鉴定到更多的lncRNA,并且能够与mRNA同时进行分析,更有利于推测lncRNA可能的调控途径。同样的,lncRNA芯片也同时包...