表达水平分析表明,lncRNA的总体表达水平明显低于mRNA的表达水平(平均值为0.6 vs. 1.9;图1E)。但是,表达特异性分析表明,lncRNA的表达受时间限制的程度要高于mRNA(平均值为0.672对0.436图1F)。基于相对于mRNA的lncRNA基因组位置,蝗虫lncRNA被分类为基因间、重叠区、有义内含子、反义内含子、有义外显子和反义外显...
共表达网络图(Coexpression Network)是根据基因表达信号值的动态变化,计算基因间的共表达关系,得到基因间的表达调控关系及调控方向,从而构建基因的表达调控网络。通过研究 lncRNA 与 mRNA 的共表达关系,研究者可通过分析 lncRNA 调控能力,获得样本随实验变化的核心调控 lncRNA。 每组数据 3 个或 3 个以上生物学重复...
服务详情 言行生物提供各种miRNA/lncRNA/环状RNA/mRNA的共表达网络图,可以进行关联分析,从多层次深入阐述分子机制。 结果展示 1、miRNA和mRNA共表达网络图 2、lncRNA和mRNA共表达网络图 3、mRNA共表达网络图首页 联系我们 留言板 第三代测序服务 代谢组学服务 生物信息学服务 蛋白质组学服务 CRISPR/...
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共表达网络目的通过生物信息学的方法构建先天性巨结肠(Hirschsprung disease,HSCR)调控网络.方法RNA测序检测HSCR组织和正常结肠组织中的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)和mRNA表达谱.结合GSE96854数据库的mRNA表达谱数据,构建lncRNA-mRNA共表达网络.各选择3个lncRNA和mRNA,采用QPCR验证RNA测序结果.结果RNA...
基于lncRNA-mRNA共表达网络的HBV 相关肝癌生物靶点筛选及综合分析 农顺强1，2,陈晓昊1，2,许桂丹2,韦武均2,彭彬'，周律，邓益斌^银 (1.右江民族医学院附属医院检验科,2.右江民族医学院研究生学院，3.广西肝胆疾病临床医学研究中心，广西百色533000)【摘要】目的对公共基因表达数据库(GEO)中的HBV相关肝癌数据进行...
显著差异的肝组织lncRNA、mRNA表达谱,并构建被DNA元素百科全书数据库(Encyclopedia of DNA Elements,ENCODE)收录的差异lncRNA-mRNA共表达网络.继而分析共表达网络中的mRNA参与的GO、KEGG;并分析与核心lncRNA高度相关的mRNA与患者生存曲线的相关性.结果 与5个ENCODE收录的差异lncRNA具有共表达关系的mRNA共有81个(相关...
目的 分析乙型肝炎病毒阳性(HBV+)肝细胞癌患者肝组织长链非编码RNA(long non-coding RNA, lncRNA)和信使RNA(messenger, mRNA)的共表达网络, 探讨关键lncRNA的作用.方法 下载GEO(GSE54238)lncRNA/mRNA表达谱芯片数据, 通过生物信息数据分析方法获得不同临床进展阶段的肝细胞癌患者与正常人均具有显著差异的肝组织lncRN...
(相关系数≥0.90).lncRNA-mRNA共表达网络中的mRNA主要参与的GO通路有氧化还原,呼吸电子链传递和脂肪酸代谢过程; KEGG信号通路主要有脂肪酸降解,过氧化物酶体增殖物激活受体和β-丙氨酸代谢.与核心LINC01018(又名SRHC),EHHADH-AS1和F11-AS1高度相关的mRNA SLC2A2,PCK2,EHHADH,F11,FM04和NR1I3与患者生存曲线具有...
结果 通过基因分析获得HBV相关肝癌高度相关的差异lncRNA 30个,mRNA 676个.共表达的mRNA主要参与的GO通路有细胞黏附,细胞运动的负调控,生物黏附,酶联受体蛋白信号通路,细胞趋化性;KEGG通路主要有类固醇激素生物合成,视黄醇代谢,PI3K-Akt信号通路,ECM-受体相互作用,化学致癌作用,黏着斑,Rap1信号通路等.与关键lncRNA(DNM...