共表达网络图(Coexpression Network)是根据基因表达信号值的动态变化,计算基因间的共表达关系,得到基因间的表达调控关系及调控方向,从而构建基因的表达调控网络。通过研究 lncRNA 与 mRNA 的共表达关系,研究者可通过分析 lncRNA 调控能力,获得样本随实验变化的核心调控 lncRNA。 每组数据 3 个或 3 个以上生物学重复...
表达水平分析表明,lncRNA的总体表达水平明显低于mRNA的表达水平(平均值为0.6 vs. 1.9;图1E)。但是,表达特异性分析表明,lncRNA的表达受时间限制的程度要高于mRNA(平均值为0.672对0.436图1F)。基于相对于mRNA的lncRNA基因组位置,蝗虫lncRNA被分类为基因间、重叠区、有义内含子、反义内含子、有义外显子和反义外显...
共表达网络目的通过生物信息学的方法构建先天性巨结肠(Hirschsprung disease,HSCR)调控网络.方法RNA测序检测HSCR组织和正常结肠组织中的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)和mRNA表达谱.结合GSE96854数据库的mRNA表达谱数据,构建lncRNA-mRNA共表达网络.各选择3个lncRNA和mRNA,采用QPCR验证RNA测序结果.结果RNA...
mRNA共表达网络并分析其参与的GO及KEGG通路,STRING数据库进行蛋白质相互作用分析并筛选核心基因.结果 经差异分析共筛选出801个差异表达基因,其中差异表达的lncRNA 6个,与283个mRNA存在共表达关系.lncRNA?mRNA共表达网络中的mRNA主要参与上皮发育,皮肤发育,表皮细胞分化,角化细胞分化,角化作用等生物学功能和干细胞多能...
(相关系数≥0.90).lncRNA-mRNA共表达网络中的mRNA主要参与的GO通路有氧化还原,呼吸电子链传递和脂肪酸代谢过程; KEGG信号通路主要有脂肪酸降解,过氧化物酶体增殖物激活受体和β-丙氨酸代谢.与核心LINC01018(又名SRHC),EHHADH-AS1和F11-AS1高度相关的mRNA SLC2A2,PCK2,EHHADH,F11,FM04和NR1I3与患者生存曲线具有...
显著差异的肝组织lncRNA、mRNA表达谱,并构建被DNA元素百科全书数据库(Encyclopedia of DNA Elements,ENCODE)收录的差异lncRNA-mRNA共表达网络.继而分析共表达网络中的mRNA参与的GO、KEGG;并分析与核心lncRNA高度相关的mRNA与患者生存曲线的相关性.结果 与5个ENCODE收录的差异lncRNA具有共表达关系的mRNA共有81个(相关...
NA?lncRNA共表达对.共表达mRNA的GO功能富集结果表明,表达失调的基因主要富集于与单羧酸代谢过程,类固醇代谢过程,细胞分裂,有丝分裂细胞周期过程等.KEGG通路分析显示,差异基因主要富集在p53信号通路,视黄醇代谢,PI3K?Akt信号通路,化学致癌作用和过氧化物酶体等信号通路.AC003991.1,AL445524.1,LINC00844,AL56056.2,AC...
结果 通过基因分析获得HBV相关肝癌高度相关的差异lncRNA 30个,mRNA 676个.共表达的mRNA主要参与的GO通路有细胞黏附,细胞运动的负调控,生物黏附,酶联受体蛋白信号通路,细胞趋化性;KEGG通路主要有类固醇激素生物合成,视黄醇代谢,PI3K-Akt信号通路,ECM-受体相互作用,化学致癌作用,黏着斑,Rap1信号通路等.与关键lncRNA(DNM...