共表达网络图(Coexpression Network)是根据基因表达信号值的动态变化,计算基因间的共表达关系,得到基因间的表达调控关系及调控方向,从而构建基因的表达调控网络。通过研究 lncRNA 与 mRNA 的共表达关系,研究者可通过分析 lncRNA 调控能力,获得样本随实验变化的核心调控 lncRNA。 每组数据 3 个或 3 个以上生物学重复...
由于长链非编码RNA(lncRNA)在人类疾病进展中发挥着关键作用,本研究旨在通过RNA测序(RNA-seq)研究ADS相关信使RNA(mRNA)和lncRNA,并基于lncRNA-mRNA共表达网络和蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络进行全面的生物信息学分析。方法:最初,从三名ADS和三名接受手术的非退行性腰椎创伤患者中获得六份全血(WB)样本,进行RNA-...
通常将lncRNA的功能分成cis和trans两种(图2)。Cis作用的原理是lncRNA的功能与其临近mRNA相关,可以以lncRNA基因组坐标上下游100 kb的mRNA作为lncRNA的靶基因进行研究。而trans作用的原理是lncRNA与其共表达的mRNA相关,可以根据表达量计算相关性以预测lncRNA的靶基因(一般要求样品数超过6个),从而研究lncRNA的功能。 图...
由于lncRNA发现较晚,功能研究不完善,因此,我们可以以mRNA为桥梁对lncRNA的功能进行推断和研究。通常将lncRNA的功能分成cis和trans两种(图2)。Cis作用的原理是lncRNA的功能与其临近mRNA相关,可以以lncRNA基因组坐标上下游100kb的mRNA作为lncRNA的靶基因进行研究。而trans作用的原理是lncRNA与其共表达的mRNA相关,可以根据...
通常将lncRNA的功能分成cis和trans两种(图2)。Cis作用的原理是lncRNA的功能与其临近mRNA相关,可以以lncRNA基因组坐标上下游100kb的mRNA作为lncRNA的靶基因进行研究。而trans作用的原理是lncRNA与其共表达的mRNA相关,可以根据表达量计算相关性以预测lncRNA的靶基因(一般要求样品数超过6个),从而研究lncRNA的功能。
图1.lncRNA功能 由于lncRNA发现较晚,功能研究不完善,因此,我们可以以mRNA为桥梁对lncRNA的功能进行推断和研究。通常将lncRNA的功能分成cis和trans两种(图2)。Cis作用的原理是lncRNA的功能与其临近mRNA相关,可以以lncRNA基因组坐标上下游100kb的mRNA作为lncRNA的靶基因进行研究。而trans作用的原理是lncRNA与其共表达的...
①计算LncRNA与mRNA表达相关性,根据设定的域值筛选lncRNA与mRNA关系对,构建LncRNA与mRNA共表达网络,如下是全局网络 ②基于lncRNA与mRNA表达相关性以及lncRNA与mRNA基因组位置近邻关系,得到lncRNA的潜在靶标基因,对差异表达的lncRNA靶标基因进行功能注释以及功能富集分析,如下是功能富集的GO的Barplot图和差异lncRNA的Heat...
lncRNA-mRNA共表达网络目的分析先天性小耳畸形患者长链非编码核糖核酸(longnoncodingRNA,lncRNA)和信使核糖核酸(messenger RNA,mRNA)在同一位患者的正常侧耳廓软骨和先天性小耳畸形侧耳廓软骨中的共表达网络,探讨关键lncRNA的作用.方法通过芯片数据差异表达所得出的LncRNAs和mRNAs之间的表达相关性和生物信息学分析,对...
初探mRNA、lncRNA联合分析之下游 基因水平注释分类 虽然这个项目是在转录本水平上开展的研究,但既然我们拿到了基因表达矩阵,也干脆看一看一些基本情况,这个部分代码此处省略,基本上和后面的转录本水平对应代码,包括使用的封装函数,是一致的 DEGs结果 mRNA: 代码语言:javascript...
目前市场上的lncRNA芯片通常将lncRNA与mRNA设计在一起，RNASeq数据中也包含lncRNA, mRNA序列，因此可以通过分析lncRNA与mRNA表达相关性对lncRNA进行功能注释。 \x0d\x0a2．分析流程图\x0d\x0a\x0d\x0a3. 分析内容\x0d\x0a①计算LncRNA与mRNA表达相关性，根据设定的域值筛选lncRNA与mRNA关系...