由于长链非编码RNA(lncRNA)在人类疾病进展中发挥着关键作用,本研究旨在通过RNA测序(RNA-seq)研究ADS相关信使RNA(mRNA)和lncRNA,并基于lncRNA-mRNA共表达网络和蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络进行全面的生物信息学分析。方法:最初,从三名ADS和三名接受手术的非退行性腰椎创伤患者中获得六份全血(WB)样本,进行RNA-...
Cis作用的原理是lncRNA的功能与其临近mRNA相关,可以以lncRNA基因组坐标上下游100 kb的mRNA作为lncRNA的靶基因进行研究。而trans作用的原理是lncRNA与其共表达的mRNA相关,可以根据表达量计算相关性以预测lncRNA的靶基因(一般要求样品数超过6个),从而研究lncRNA的功能。 图2. Cis vs trans 相关系数(correlation ...
共表达网络图(Coexpression Network)是根据基因表达信号值的动态变化,计算基因间的共表达关系,得到基因间的表达调控关系及调控方向,从而构建基因的表达调控网络。通过研究 lncRNA 与 mRNA 的共表达关系,研究者可通过分析 lncRNA 调控能力,获得样本随实验变化的核心调控 lncRNA。 每组数据 3 个或 3 个以上生物学重复...
Cis作用的原理是lncRNA的功能与其临近mRNA相关,可以以lncRNA基因组坐标上下游100kb的mRNA作为lncRNA的靶基因进行研究。而trans作用的原理是lncRNA与其共表达的mRNA相关,可以根据表达量计算相关性以预测lncRNA的靶基因(一般要求样品数超过6个),从而研究lncRNA的功能。 图2. Cis vs trans 相关系数(correlation coefficien...
译名:通过lncRNA-mRNA共表达网络分析长非编码RNA调节蝗虫的型变 期刊:Genomics, Proteomics & Bioinformatics IF:7.051(1区) 发表时间:2020.4.14 通讯作者:康乐 通讯作者单位:中科院、河北大学 DOI号:10.1101/2020.04.11.036848 实验设计 在中国河北采集的飞蝗中获得群居型和散居型飞蝗,对其进行散居化和群居化处理。其中...
通常将lncRNA的功能分成cis和trans两种(图2)。Cis作用的原理是lncRNA的功能与其临近mRNA相关,可以以lncRNA基因组坐标上下游100kb的mRNA作为lncRNA的靶基因进行研究。而trans作用的原理是lncRNA与其共表达的mRNA相关,可以根据表达量计算相关性以预测lncRNA的靶基因(一般要求样品数超过6个),从而研究lncRNA的功能。
通常将lncRNA的功能分成cis和trans两种(图2)。Cis作用的原理是lncRNA的功能与其临近mRNA相关,可以以lncRNA基因组坐标上下游100kb的mRNA作为lncRNA的靶基因进行研究。而trans作用的原理是lncRNA与其共表达的mRNA相关,可以根据表达量计算相关性以预测lncRNA的靶基因(一般要求样品数超过6个),从而研究lncRNA的功能。
ceRNA分析 ceRNA(竞争性内源RNA)的机制 ceRNA关系对分析 ceRNA网络构建 13:30~15:00 功能富集分析 lncRNA-mRNA共表达分析 miRNA功能分析(GO和pathway富集) lncRNA功能分析(GO和pathway富集) circRNA功能分析(GO和pathway富集) 15:20~16:30 研究思路
现在市面上的lncRNA芯片均含有mRNA的表达探针,通过将lncRNA的靶基因分析结果与芯片上mRNA的表达结果做关联分析,可以更进一步的分析lncRNA的功能。 七、信号通路调控网络构建: 实验中基因同时参与了很多Pathway,通过构建信号通路调控网络,从宏观层面看到Pathway之间的信号传递关系,在多个显著性Pathway中发现受实验影响的核心...
图5展示了最佳LncRNA-mRNA结合位点以及反义LncRNA与其共表达基因间的最小自由能。通过最小自由能的比较,预测LncRNA的靶基因。 4、后续功能验证 根据以上分析结果,选取目标LncRNA,进行后续实验验证(多点QPCR验证LncRNA与mRNA的相关性、基因known down等技术)。