如何区分mRNA与ncRNA是一个经典问题,方法主要分为以下4类: 1)通过ORF长度判别,对于编码蛋白质的mRNA来说,其开放阅读框(ORF)长度一般大于300碱基或100氨基酸。因此,若RNA序列的ORF小于300碱基,其编码蛋白质的可能性会非常小; 2)根据ORF保守性,采用比较基因组学的方法进行判别,mRNA的ORF具有保守性,即可编码蛋白质的...
Fig.2a 鉴定出来的mRNA与lncRNA在染色体上分布均匀。(TE,橙色;mRNA,蓝色;lncRNA,绿色;ancRNA, 黄色) Fig.2b 与TEs重叠的ancRNA,lincRNA,slncRNA和mRNA的数量; 绿松石重叠橙色,不重叠 Fig.2c 不同TE类型与lncRNA和mRNA重叠的比例 Fig.2d lncRNA和mRNA中的外显子数量 Fig.2e lncRNA和mRNA外显子长度 Fig...
为了探讨lncRNA在干旱胁迫中的作用,我们利用高通量测序技术对海南特色旱稻山兰旱稻的lncRNA、miRNA和mRNA的转录组进行了分析。 在山兰旱稻叶片中共鉴定出4060个lncRNAs。与以往研究类似,多数lncRNAs被归类为lincRNA[25]。我们比较了lncRNA和mRNA的基本特征,发现lncRNA和orf序列的长度短于mRNA序列的长度。此外,LncRNA外显...
2与mRNAs的相似性虽然lncRNA一般缺乏蛋白质编码能力，但它们在一些方面与mRNA相似，如（Karapetyan et al. 2013）负责lncRNA转录、聚腺苷酸化、5’帽和选择性剪接模式（Derrien et al. 2012）。大多数lncRNA的外显子/内含子长度与mRNA编码基因的长度相似（Gerstein et al. 2007；Guttman et al. 2009）。然而，...
通过与蛋白质编码mRNA进行比较,表征了蝗虫lncRNA的基因组特征。lncRNA的长度在202 bp至25,251 bp之间,中位长度为1568 bp。如图1B(左图)所示,lncRNA明显长于mRNA(中位长度786 bp)。但是,就预测的最大ORF的大小而言,lncRNA的长度比mRNA短(lncRNA的中值最大ORF长度为78 bp,mRNA的中值最大为544 bp;图1B右图...
lncRNA 长度在 32~674512 bp 之间,中位长度为 821 bp。如图2a所示,lncRNA 略短于mRNA (中位长度为 953 bp)。大约30.3%的 lncRNA 包含2个外显子,而 mRNA 包含200个1~363个外显子 (图2)。表达水平分析显示,lncRNA 整体表达水平略低于 mRNA 表达水平(均值0.31: 0.52,图2c)。
2.lncRNA的鉴定和差异分析 对两个日龄的垂体前叶分别测序，比对效率分别为95.06% 和95.15% ，本研究中我们鉴定共到7039个lncRNA，lncRNA的平均长度为2052bp，比mRNA略长。而76.5%的lncRNA含有2个外显子，mRNA平均含有4.1个外显子。使用fold change≥2且FDR< 0.05，筛选到1181个差异表达的lncRNA，其中有...
l 差异lncRNA表达水平火山图 l 差异lncRNA聚类分析 (4)整合分析 l lncRNA、mRNA表达量比较 l lncRNA、mRNA长度比较 l lncRNA、mRNA ORF分布 l lncRNA靶基因分析 l 特异lncRNA与mRNA网络互作分析 5. 验证实验 qPCR验证显著差异circRNA、lncRNA和mRNA的表达量。
lncRNA:长度大于 200 个核苷酸的非编码 RNA,在剂量补偿效应、表观遗传调控、细胞周期调控和细胞分化调控中起着重要作用。 siRNA:一类约21~25nt的RNA分子,由Dicer(RNAaseⅢ家族中对双链RNA具有特异性的酶)加工而成,通过完全互补配对的方式与目标mRNA结合,引起其降解,从而导致靶基因沉默。
转录后水平调控:lncRNA 可以通过碱基互补配对与靶 mRNA 形成 RNA 二聚体, 阻碍其与转录因子或 mRNA加工相关因子的结合或直接募集翻译抑制蛋白, 从而调节mRNA 的剪接、 翻译和降解。 作为媒介参与生物学过程:LncRNA分子可以充当分子支架,将两个蛋白分子绑定在一起进而发挥特定的生物学功能,或者使特定的核糖核蛋白复合...