9.1 LncRNA co-location mRNA 预测 9.2 LncRNA co-expression mRNA 预测 10 GO 富集分析 10.1 GO 富集分析结果 10.2 GO 富集柱状图 11 KEGG 富集分析 11.1 KEGG 富集分析结果 11.2 KEGG 富集散点图 11.3 KEGG 富集通路图 12 蛋白互作网络分析 可以看到,其实就定量后的差异分析和功能注释,比较偏向于LncRN...
1.LncRNA与mRNA关联分析 LncRNA通过co-location或co-expression调控靶基因的表达。针对lncRNA与mRNA的关联分析,诺禾致源采用对差异表达lncRNA的靶基因与差异表达的mRNA进行交集分析方法,当样本间差异表达的lncRNA的 靶基因同时也是显著差异表达的mRNA时,该差异mRNA受到lncRNA直接或间接调控作用的可能性更大。(样品数 ...
9.1 LncRNA co-location mRNA 预测 9.2 LncRNA co-expression mRNA 预测 10 GO 富集分析 10.1 GO 富集分析结果 10.2 GO 富集柱状图 11 KEGG 富集分析 11.1 KEGG 富集分析结果 11.2 KEGG 富集散点图 11.3 KEGG 富集通路图 12 蛋白互作网络分析 可以看到,其实就定量后的差异分析和功能注释,比较偏向于LncRNA特殊...
9 LncRNA 靶向 mRNA 预测 9.1 LncRNA co-location mRNA 预测 9.2 LncRNA co-expression mRNA 预测 10 GO 富集分析 10.1 GO 富集分析结果 10.2 GO 富集柱状图 11 KEGG 富集分析 11.1 KEGG 富集分析结果 11.2 KEGG 富集散点图 11.3 KEGG 富集通路图 12 蛋白互作网络分析 可以看到,其实就定量后的差异分析和功能...
通过与世界各地的医疗、教育和研究机构开展合作，诺禾致源取得了飞速发展。本研究通过 RNA-seq 发现样本之间的 lncRNA 存在表达变异性，而且比具有蛋白编码功能的 mRNA 变异性更大。鉴定低丰度和高组织特图1 lncRNA 表达变异性高于 mRNA 肿瘤 发育 遗传领域的“暗物质” 一个关乎生老病死的课题 ...
与mRNA配对结合,影响翻译,剪切,mRNA的稳定性(类似miRNA功能) 作用: Co-location,也称cis作用 Co-expression,也称trans作用 3. LncRNA研究基本技术 芯片或测序寻找新的lncRNA 生物信息学分析 lncRNA定位 过表达或敲减功能验证 互作机制研究 4. LncRNA的生物信息学分析 ...
5.与mRNA配对结合,影响翻译,剪切,mRNA的稳定性(类似miRNA功能) 作用 1.Co-location,也称cis作用 2.共表达,也称trans作用 •LncRNA研究基本技术 1.芯片或测序寻找新的lncRNA 2.生物信息学分析 3.lncRNA定位 4.过表达或敲减功能验证 5.lncRNA互作机制研究 ...
4. 表达量和保守性比mRNA低 5. 部分lncRNA不含有polyA尾巴 6. 部分也会翻译小肽段 作用 1. Co-location,也称cis作用 2. Co-expression, 也称trans作用 LncRNA研究基本技术 1. 芯片或测序寻找新的lncRNA 2. 生物信息学分析 3. lncRNA定位 4. 过表达或敲减功能验证 ...
得到差异表达的lncRNA和mRNA之后。 针对lncRNA,我们根据差异表达lncRNA的co-location与co-expression(样本数≥5)靶基因信息, 对lncRNA靶基因进行GO和KEGG富集分析和蛋白网络互作分析; 针对mRNA,我们将差异表达的mRNA对应基因进行富集分析和蛋白网络互作分析。
1)cis调控预测,筛选的条件只有cis location是100kb。(同一条染色体上距离lncRNA100kb的mRNA,都会被列入到cis调控的可能) 2)trans调控预测用的是RIsearch软件,是以最小自由能小于-11来筛选碱基互补配对的lncRNA与mRNA。 3)在预测lncRNA与miRNA互作的时候, 用score罚分值来判定,一般≤4就认定为可信,数值越小越可...