9.1 LncRNA co-location mRNA 预测 9.2 LncRNA co-expression mRNA 预测 10 GO 富集分析 10.1 GO 富集分析结果 10.2 GO 富集柱状图 11 KEGG 富集分析 11.1 KEGG 富集分析结果 11.2 KEGG 富集散点图 11.3 KEGG 富集通路图 12 蛋白互作网络分析 可以看到,其实就定量后的差异分析和功能注释,比较偏向于LncRNA特殊...
1.LncRNA与mRNA关联分析 LncRNA通过co-location或co-expression调控靶基因的表达。针对lncRNA与mRNA的关联分析,诺禾致源采用对差异表达lncRNA的靶基因与差异表达的mRNA进行交集分析方法,当样本间差异表达的lncRNA的 靶基因同时也是显著差异表达的mRNA时,该差异mRNA受到lncRNA直接或间接调控作用的可能性更大。(样品数 ...
9.1 LncRNA co-location mRNA 预测 9.2 LncRNA co-expression mRNA 预测 10 GO 富集分析 10.1 GO 富集分析结果 10.2 GO 富集柱状图 11 KEGG 富集分析 11.1 KEGG 富集分析结果 11.2 KEGG 富集散点图 11.3 KEGG 富集通路图 12 蛋白互作网络分析 可以看到,其实就定量后的差异分析和功能注释,比较偏向于LncRNA特殊...
9 LncRNA 靶向 mRNA 预测 9.1 LncRNA co-location mRNA 预测 9.2 LncRNA co-expression mRNA 预测 10 GO 富集分析 10.1 GO 富集分析结果 10.2 GO 富集柱状图 11 KEGG 富集分析 11.1 KEGG 富集分析结果 11.2 KEGG 富集散点图 11.3 KEGG 富集通路图 12 蛋白互作网络分析 可以看到,其实就定量后的差异分析和功能...
4. 表达量和保守性比mRNA低 5. 部分lncRNA不含有polyA尾巴 6. 部分也会翻译小肽段 作用 1. Co-location,也称cis作用 2. Co-expression, 也称trans作用 LncRNA研究基本技术 1. 芯片或测序寻找新的lncRNA 2. 生物信息学分析 3. lncRNA定位 4. 过表达或敲减功能验证 ...
5.与mRNA配对结合,影响翻译,剪切,mRNA的稳定性(类似miRNA功能) 作用 1.Co-location,也称cis作用 2.共表达,也称trans作用 •LncRNA研究基本技术 1.芯片或测序寻找新的lncRNA 2.生物信息学分析 3.lncRNA定位 4.过表达或敲减功能验证 5.lncRNA互作机制研究 ...
与mRNA配对结合,影响翻译,剪切,mRNA的稳定性(类似miRNA功能) 作用: Co-location,也称cis作用 Co-expression,也称trans作用 3. LncRNA研究基本技术 芯片或测序寻找新的lncRNA 生物信息学分析 lncRNA定位 过表达或敲减功能验证 互作机制研究 4. LncRNA的生物信息学分析 ...
通过与世界各地的医疗、教育和研究机构开展合作，诺禾致源取得了飞速发展。本研究通过 RNA-seq 发现样本之间的 lncRNA 存在表达变异性，而且比具有蛋白编码功能的 mRNA 变异性更大。鉴定低丰度和高组织特图1 lncRNA 表达变异性高于 mRNA 肿瘤 发育 遗传领域的“暗物质” 一个关乎生老病死的课题 ...
得到差异表达的lncRNA和mRNA之后。 针对lncRNA,我们根据差异表达lncRNA的co-location与co-expression(样本数≥5)靶基因信息, 对lncRNA靶基因进行GO和KEGG富集分析和蛋白网络互作分析; 针对mRNA,我们将差异表达的mRNA对应基因进行富集分析和蛋白网络互作分析。
1)cis调控预测,筛选的条件只有cis location是100kb。(同一条染色体上距离lncRNA100kb的mRNA,都会被列入到cis调控的可能) 2)trans调控预测用的是RIsearch软件,是以最小自由能小于-11来筛选碱基互补配对的lncRNA与mRNA。 3)在预测lncRNA与miRNA互作的时候, 用score罚分值来判定,一般≤4就认定为可信,数值越小越可...