由于lncRNA发现较晚,功能研究不完善,因此,我们可以以mRNA为桥梁对lncRNA的功能进行推断和研究。通常将lncRNA的功能分成cis和trans两种(图2)。Cis作用的原理是lncRNA的功能与其临近mRNA相关,可以以lncRNA基因组坐标上下游100 kb的mRNA作为lncRNA的靶基因进行研究。而trans作用的原理是lncRNA与其共表达的mRNA相关,可以根...
通常将lncRNA的功能分成cis和trans两种(图2)。Cis作用的原理是lncRNA的功能与其临近mRNA相关,可以以lncRNA基因组坐标上下游100kb的mRNA作为lncRNA的靶基因进行研究。而trans作用的原理是lncRNA与其共表达的mRNA相关,可以根据表达量计算相关性以预测lncRNA的靶基因(一般要求样品数超过6个),从而研究lncRNA的功能。 图2...
在lncRNA-mRNA共表达相关系数计算中,pearson相关系数和spearman相关系数都有使用。例如在《Genome-wide analysis of lncRNAs, miRNAs, and mRNAs forming a prognostic scoring system in esophageal squamous cell carcinoma》文章中,作者写道“The correlation between prognostic lncRNA and mRNA expression profiles was a...
在lncRNA-mRNA共表达相关系数计算中,pearson相关系数和spearman相关系数都有使用。例如在《Genome-wide analysis of lncRNAs, miRNAs, and mRNAs forming a prognostic scoring system in esophageal squamous cell carcinoma》文章中,作者写道“The correlation between prognostic lncRNA and mRNA expression profiles was a...
译名:通过lncRNA-mRNA共表达网络分析长非编码RNA调节蝗虫的型变 期刊:Genomics, Proteomics & Bioinformatics IF:7.051(1区) 发表时间:2020.4.14 通讯作者:康乐 通讯作者单位:中科院、河北大学 DOI号:10.1101/2020.04.11.036848 实验设计 在中国河北采集的飞蝗中获得群居型和散居型飞蝗,对其进行散居化和群居化处理。其中...
lncRNA 和 mRNA 共表达分析 网络图为筛选出的核心基因之间的关系,通过图论的方法计算出关键 lncRNA 与 mRNA,并通过关键 lncRNA 的共表达 mRNA 预测出其功能。 lncRNA 和 mRNA 共表达分析介绍 共表达网络图(Coexpression Network)是根据基因表达信号值的动态变化,计算基因间的共表达关系,得到基因间的表达调控关系...
服务详情 言行生物提供各种miRNA/lncRNA/环状RNA/mRNA的共表达网络图,可以进行关联分析,从多层次深入阐述分子机制。 结果展示 1、miRNA和mRNA共表达网络图 2、lncRNA和mRNA共表达网络图 3、mRNA共表达网络图首页 联系我们 留言板 第三代测序服务 代谢组学服务 生物信息学服务 蛋白质组学服务 CRISPR/...
长链非编码RNAlncRNA-mRNA共表达网络目的分析先天性小耳畸形患者长链非编码核糖核酸(longnoncodingRNA,lncRNA)和信使核糖核酸(messenger RNA,mRNA)在同一位患者的正常侧耳廓软骨和先天性小耳畸形侧耳廓软骨中的共表达网络,探讨关键lncRNA的作用.方法通过芯片数据差异表达所得出的LncRNAs和mRNAs之间的表达相关性和生物信息...
(相关系数≥0.90).lncRNA-mRNA共表达网络中的mRNA主要参与的GO通路有氧化还原,呼吸电子链传递和脂肪酸代谢过程; KEGG信号通路主要有脂肪酸降解,过氧化物酶体增殖物激活受体和β-丙氨酸代谢.与核心LINC01018(又名SRHC),EHHADH-AS1和F11-AS1高度相关的mRNA SLC2A2,PCK2,EHHADH,F11,FM04和NR1I3与患者生存曲线具有...
显著差异的肝组织lncRNA、mRNA表达谱,并构建被DNA元素百科全书数据库(Encyclopedia of DNA Elements,ENCODE)收录的差异lncRNA-mRNA共表达网络.继而分析共表达网络中的mRNA参与的GO、KEGG;并分析与核心lncRNA高度相关的mRNA与患者生存曲线的相关性.结果 与5个ENCODE收录的差异lncRNA具有共表达关系的mRNA共有81个(相关...