共表达网络图(Coexpression Network)是根据基因表达信号值的动态变化,计算基因间的共表达关系,得到基因间的表达调控关系及调控方向,从而构建基因的表达调控网络。通过研究 lncRNA 与 mRNA 的共表达关系,研究者可通过分析 lncRNA 调控能力,获得样本随实验变化的核心调控 lncRNA。 每组数据 3 个或 3 个以上生物学重复...
Cis作用的原理是lncRNA的功能与其临近mRNA相关,可以以lncRNA基因组坐标上下游100 kb的mRNA作为lncRNA的靶基因进行研究。而trans作用的原理是lncRNA与其共表达的mRNA相关,可以根据表达量计算相关性以预测lncRNA的靶基因(一般要求样品数超过6个),从而研究lncRNA的功能。 图2. Cis vs trans 相关系数(correlation ...
在lncRNA-mRNA共表达相关系数计算中,pearson相关系数和spearman相关系数都有使用。例如在《Genome-wide analysis of lncRNAs, miRNAs, and mRNAs forming a prognostic scoring system in esophageal squamous cell carcinoma》文章中,作者写道“The correlation between prognostic lncRNA and mRNA expression profiles was a...
通常将lncRNA的功能分成cis和trans两种(图2)。Cis作用的原理是lncRNA的功能与其临近mRNA相关,可以以lncRNA基因组坐标上下游100kb的mRNA作为lncRNA的靶基因进行研究。而trans作用的原理是lncRNA与其共表达的mRNA相关,可以根据表达量计算相关性以预测lncRNA的靶基因(一般要求样品数超过6个),从而研究lncRNA的功能。 图2...
共表达网络冠心病冠状动脉差异分析目的冠状动脉的局部动力学的改变会造成动脉粥样硬化斑块的形成,斑块的破裂则进一步导致心肌缺血缺氧,从而造成冠心病的发生.此研究通过构建冠心病中免疫分子lncRNA-mRNA共表达网络,筛选关键的免疫相关lncRNA分子,探究缺血性心肌病发生发展的机制.方法从GEO和ImmPort数据库中活的冠心病和免疫...
年基金(81502889)△通信作者:刘美娜,E-mail ：liumeina369@ 163. com 【提要】目的构建lncRNA-mRNA 共表达网络，探索与胃癌分期相关的lncRNA 及其调控关系，为研究胃癌的进 展机制及寻找胃癌治疗的潜在靶点提供依据。方法利用TCGA 数据库，收集胃癌RNA-seq 数据及临床信息数据;采用 表达数量性状位点(eQTL)分析与...
服务详情 言行生物提供各种miRNA/lncRNA/环状RNA/mRNA的共表达网络图,可以进行关联分析,从多层次深入阐述分子机制。 结果展示 1、miRNA和mRNA共表达网络图 2、lncRNA和mRNA共表达网络图 3、mRNA共表达网络图首页 联系我们 留言板 第三代测序服务 代谢组学服务 生物信息学服务 蛋白质组学服务 CRISPR/...
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译名:通过lncRNA-mRNA共表达网络分析长非编码RNA调节蝗虫的型变 期刊:Genomics, Proteomics & Bioinformatics IF:7.051(1区) 发表时间:2020.4.14 通讯作者:康乐 通讯作者单位:中科院、河北大学 DOI号:10.1101/2020.04.11.036848 实验设计 在中国河北采集的飞蝗中获得群居型和散居型飞蝗,对其进行散居化和群居化处理。其中...
lncRNA-mRNA共表达 1分析目的 分析lncRNA与mRNA间的协同表达模式,寻找lncRNA潜在调控的编码基因,预测关键lncRNA的潜在调控功能 2数据来源 基因表达谱数据(包含mRNA以及lncRNA) 3分析方法 对于差异表达的LncRNA和miRNA,我们分别计算了两两之间的Pearson相关系数,并进行相关性检验,使用R包psych[7]的corr.test方法实现(...