Cis作用的原理是lncRNA的功能与其临近mRNA相关,可以以lncRNA基因组坐标上下游100 kb的mRNA作为lncRNA的靶基因进行研究。而trans作用的原理是lncRNA与其共表达的mRNA相关,可以根据表达量计算相关性以预测lncRNA的靶基因(一般要求样品数超过6个),从而研究lncRNA的功能。 图2. Cis vs trans 相关系数(correlation coeffici...
通常将lncRNA的功能分成cis和trans两种(图2)。Cis作用的原理是lncRNA的功能与其临近mRNA相关,可以以lncRNA基因组坐标上下游100kb的mRNA作为lncRNA的靶基因进行研究。而trans作用的原理是lncRNA与其共表达的mRNA相关,可以根据表达量计算相关性以预测lncRNA的靶基因(一般要求样品数超过6个),从而研究lncRNA的功能。 图2...
在lncRNA-mRNA共表达相关系数计算中,pearson相关系数和spearman相关系数都有使用。例如在《Genome-wide analysis of lncRNAs, miRNAs, and mRNAs forming a prognostic scoring system in esophageal squamous cell carcinoma》文章中,作者写道“The correlation between prognostic lncRNA and mRNA expression profiles was a...
在lncRNA-mRNA共表达相关系数计算中,pearson相关系数和spearman相关系数都有使用。例如在《Genome-wide analysis of lncRNAs, miRNAs, and mRNAs forming a prognostic scoring system in esophageal squamous cell carcinoma》文章中,作者写道“The correlation between prognostic lncRNA and mRNA expression profiles was a...
lncRNA 和 mRNA 共表达分析 网络图为筛选出的核心基因之间的关系,通过图论的方法计算出关键 lncRNA 与 mRNA,并通过关键 lncRNA 的共表达 mRNA 预测出其功能。 lncRNA 和 mRNA 共表达分析介绍 共表达网络图(Coexpression Network)是根据基因表达信号值的动态变化,计算基因间的共表达关系,得到基因间的表达调控关系...
长链非编码(lncRNA)RNA测序lncRNA-mRNA共表达Objective To screen differentially expressed lncRNAs in invasive pituitary adenomas by secondgeneration sequencing, and to explore their potential role in the pathogenesis of invasive pituitary adenomas. Methods The expressions of lncRNA and mRNA in 4 patients ...
目的通过生物信息学的方法构建先天性巨结肠(Hirschsprung disease,HSCR)调控网络.方法RNA测序检测HSCR组织和正常结肠组织中的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)和mRNA表达谱.结合GSE96854数据库的mRNA表达谱数据,构建lncRNA-mRNA共表达网络.各选择3个lncRNA和mRNA,采用QPCR验证RNA测序结果.结果RNA测序共筛选出...
目的:通过构建阴道润滑障碍(lubrication disorder,LD)女性阴道上皮组织差异表达lncRNA-mRNA共表达网络,探索LD患者的潜在发病机制.方法:利用以|Log_(2)FC|≥2且校正后P值<0.05,鉴别LD和正常对照组之间的长链非编码RNA(long non-coding RNA,LncRNA)以及mRNA的表达谱,利用Cytoscape软件构建差异表达lncRNA及差异表达mRNA...
服务详情 言行生物提供各种miRNA/lncRNA/环状RNA/mRNA的共表达网络图,可以进行关联分析,从多层次深入阐述分子机制。 结果展示 1、miRNA和mRNA共表达网络图 2、lncRNA和mRNA共表达网络图 3、mRNA共表达网络图首页 联系我们 留言板 第三代测序服务 代谢组学服务 生物信息学服务 蛋白质组学服务 CRISPR/...
摘要 目的研究盾叶冠心宁片抗ApoE-/-小鼠动脉粥样硬化的作用及机制。方法40只ApoE-/-小鼠随机分为空白组、模型组、可定组、盾叶组,每组10只。空白组给予基础饲料,其余各组均...展开更多 作者 李艳霞 李益萍 王肖龙 机构地区 上海中医药大学附属曙光医院 出处 《中成药》 CAS CSCD 北大核心 2023年第11期...