通常将lncRNA的功能分成cis和trans两种(图2)。Cis作用的原理是lncRNA的功能与其临近mRNA相关,可以以lncRNA基因组坐标上下游100kb的mRNA作为lncRNA的靶基因进行研究。而trans作用的原理是lncRNA与其共表达的mRNA相关,可以根据表达量计算相关性以预测lncRNA的靶基因(一般要求样品数超过6个),从而研究lncRNA的功能。 图2...
由于lncRNA发现较晚,功能研究不完善,因此,我们可以以mRNA为桥梁对lncRNA的功能进行推断和研究。通常将lncRNA的功能分成cis和trans两种(图2)。Cis作用的原理是lncRNA的功能与其临近mRNA相关,可以以lncRNA基因组坐标上下游100 kb的mRNA作为lncRNA的靶基因进行研究。而trans作用的原理是lncRNA与其共表达的mRNA相关,可以根...
在lncRNA-mRNA共表达相关系数计算中,pearson相关系数和spearman相关系数都有使用。例如在《Genome-wide analysis of lncRNAs, miRNAs, and mRNAs forming a prognostic scoring system in esophageal squamous cell carcinoma》文章中,作者写道“The correlation between prognostic lncRNA and mRNA expression profiles was a...
在lncRNA-mRNA共表达相关系数计算中,pearson相关系数和spearman相关系数都有使用。例如在《Genome-wide analysis of lncRNAs, miRNAs, and mRNAs forming a prognostic scoring system in esophageal squamous cell carcinoma》文章中,作者写道“The correlation between prognostic lncRNA and mRNA expression profiles was a...
lncRNA 和 mRNA 共表达分析 网络图为筛选出的核心基因之间的关系,通过图论的方法计算出关键 lncRNA 与 mRNA,并通过关键 lncRNA 的共表达 mRNA 预测出其功能。 lncRNA 和 mRNA 共表达分析介绍 共表达网络图(Coexpression Network)是根据基因表达信号值的动态变化,计算基因间的共表达关系,得到基因间的表达调控关系...
译名:通过lncRNA-mRNA共表达网络分析长非编码RNA调节蝗虫的型变 期刊:Genomics, Proteomics & Bioinformatics IF:7.051(1区) 发表时间:2020.4.14 通讯作者:康乐 通讯作者单位:中科院、河北大学 DOI号:10.1101/2020.04.11.036848 实验设计 在中国河北采集的飞蝗中获得群居型和散居型飞蝗,对其进行散居化和群居化处理。其中...
mRNA目的 构建lncRNA-mRNA共表达网络,探索与胃癌分期相关的lncRNA及其调控关系,为研究胃癌的进展机制及寻找胃癌治疗的潜在靶点提供依据.方法 利用TCGA数据库,收集胃癌RNA-seq数据及临床信息数据;采用表达数量性状位点(eQTL)分析与加权基因共表达网络分析(WGCNA)相结合的方法,构建lncRNA-mRNA共表达网络模块,结合临床信息...
显著差异的肝组织lncRNA、mRNA表达谱,并构建被DNA元素百科全书数据库(Encyclopedia of DNA Elements,ENCODE)收录的差异lncRNA-mRNA共表达网络.继而分析共表达网络中的mRNA参与的GO、KEGG;并分析与核心lncRNA高度相关的mRNA与患者生存曲线的相关性.结果 与5个ENCODE收录的差异lncRNA具有共表达关系的mRNA共有81个(相关...
摘㊀要㊀目的基于复杂生物网络和机器学习方法，识别乳腺癌相关的边缘生物标志物，构建乳腺癌生存预后模型，从而在系统水平解释乳腺癌的发生发展机制㊂方法首先基于ＴＣＧＡ数据库的ＲＮＡ⁃ｓｅｑ数据识别乳腺癌相关的ｌｎｃＲＮＡ⁃ｍＲＮＡ共表达扰动关系对，进一步构建乳腺癌相关的ｌｎｃＲＮＡ⁃ｍＲＮＡ...
通常将lncRNA的功能分成cis和trans两种(图2)。Cis作用的原理是lncRNA的功能与其临近mRNA相关,可以以lncRNA基因组坐标上下游100kb的mRNA作为lncRNA的靶基因进行研究。而trans作用的原理是lncRNA与其共表达的mRNA相关,可以根据表达量计算相关性以预测lncRNA的靶基因(一般要求样品数超过6个),从而研究lncRNA的功能。