长链非编码RNA(Long noncoding RNA)是一类长度大于200 nt,不编码蛋白质的RNA。LncRNA的功能多样,如图1所示,A:充当蛋白质和染色质的连接因子,引起染色质重构(chromatin remodeling);B:充当miRNA海绵;C:充当“scaffold”脚手架;D:与转录因子结合,引起转录激活;E:把转录因子拉走,引起转录抑制;FGH:与
由于lncRNA发现较晚,功能研究不完善,因此,我们可以以mRNA为桥梁对lncRNA的功能进行推断和研究。通常将lncRNA的功能分成cis和trans两种(图2)。Cis作用的原理是lncRNA的功能与其临近mRNA相关,可以以lncRNA基因组坐标上下游100kb的mRNA作为lncRNA的靶基因进行研究。而trans作用的原理是lncRNA与其共表达的mRNA相关,可以根据...
构建蛋白质 - 蛋白质相互作用(PPI)网络和 lncRNA - mRNA 共表达网络,还通过分子对接研究丁苯酞与关键 mRNA 的结合相互作用 。 研究结果如下: 差异表达谱:经 RNA - seq 分析发现,丁苯酞治疗后,有 35 个 lncRNA 显著上调,无下调情况;86 个差异表达 mRNA(DEmRNAs)中,69 个上调,17 个下调。热图分析显示,ID...
由于lncRNA发现较晚,功能研究不完善,因此,我们可以以mRNA为桥梁对lncRNA的功能进行推断和研究。通常将lncRNA的功能分成cis和trans两种(图2)。Cis作用的原理是lncRNA的功能与其临近mRNA相关,可以以lncRNA基因组坐标上下游100kb的mRNA作为lncRNA的靶基因进行研究。而trans作用的原理是lncRNA与其共表达的mRNA相关,可以根据...
长链非编码(lncRNA)RNA测序lncRNA-mRNA共表达Objective To screen differentially expressed lncRNAs in invasive pituitary adenomas by secondgeneration sequencing, and to explore their potential role in the pathogenesis of invasive pituitary adenomas. Methods The expressions of lncRNA and mR...
年基金(81502889)△通信作者:刘美娜,E-mail ：liumeina369@ 163. com 【提要】目的构建lncRNA-mRNA 共表达网络，探索与胃癌分期相关的lncRNA 及其调控关系，为研究胃癌的进 展机制及寻找胃癌治疗的潜在靶点提供依据。方法利用TCGA 数据库，收集胃癌RNA-seq 数据及临床信息数据;采用 表达数量性状位点(eQTL)分析与...
服务详情 言行生物提供各种miRNA/lncRNA/环状RNA/mRNA的共表达网络图,可以进行关联分析,从多层次深入阐述分子机制。 结果展示 1、miRNA和mRNA共表达网络图 2、lncRNA和mRNA共表达网络图 3、mRNA共表达网络图首页 联系我们 留言板 第三代测序服务 代谢组学服务 生物信息学服务 蛋白质组学服务 CRISPR/...
译名:通过lncRNA-mRNA共表达网络分析长非编码RNA调节蝗虫的型变 期刊:Genomics, Proteomics & Bioinformatics IF:7.051(1区) 发表时间:2020.4.14 通讯作者:康乐 通讯作者单位:中科院、河北大学 DOI号:10.1101/2020.04.11.036848 实验设计 在中国河北采集的飞蝗中获得群居型和散居型飞蝗,对其进行散居化和群居化处理。其中...
LncRNA:lncRNA名字 mRNA:mRNA名字 r:pearson相关系数 pvalue:p值 flag:+:正相关,-:负相关 6.过滤结果 下载结果后,使用excel的筛选功能进行过滤,这里以p<0.05,|r|>=0.4的lncRNA-mRNA对绘制共表达网络(带header共28行)。 图9.相关系数过滤 图10.P值过滤 ...
LncRNA:lncRNA名字 mRNA:mRNA名字 r:pearson相关系数 pvalue:p值 flag:+:正相关,-:负相关 6.过滤结果 下载结果后,使用excel的筛选功能进行过滤,这里以p<0.05,|r|>=0.4的lncRNA-mRNA对绘制共表达网络(带header共28行)。 图9.相关系数过滤 图10.P值过滤 ...