Cis作用的原理是lncRNA的功能与其临近mRNA相关,可以以lncRNA基因组坐标上下游100kb的mRNA作为lncRNA的靶基因进行研究。而trans作用的原理是lncRNA与其共表达的mRNA相关,可以根据表达量计算相关性以预测lncRNA的靶基因(一般要求样品数超过6个),从而研究lncRNA的功能。 图2. Cis vs trans 相关系数(correlation coefficien...
Cis作用的原理是lncRNA的功能与其临近mRNA相关,可以以lncRNA基因组坐标上下游100 kb的mRNA作为lncRNA的靶基因进行研究。而trans作用的原理是lncRNA与其共表达的mRNA相关,可以根据表达量计算相关性以预测lncRNA的靶基因(一般要求样品数超过6个),从而研究lncRNA的功能。 图2. Cis vs trans 相关系数(correlation coeffici...
由于lncRNA发现较晚,功能研究不完善,因此,我们可以以mRNA为桥梁对lncRNA的功能进行推断和研究。通常将lncRNA的功能分成cis和trans两种(图2)。Cis作用的原理是lncRNA的功能与其临近mRNA相关,可以以lncRNA基因组坐标上下游100kb的mRNA作为lncRNA的靶基因进行研究。而trans作用的原理是lncRNA与其共表达的mRNA相关,可以根据...
在lncRNA-mRNA共表达相关系数计算中,pearson相关系数和spearman相关系数都有使用。例如在《Genome-wide analysis of lncRNAs, miRNAs, and mRNAs forming a prognostic scoring system in esophageal squamous cell carcinoma》文章中,作者写道“The correlation between prognostic lncRNA and mRNA expression profiles was a...
通过CEGsFuncs查看lncRNA的共表达mRNA的功能富集结果,示意如下 对于KEGG富集的结果,点击可以查看具体的通路图,在通路图上,会将共表达的蛋白编码基因用红色标记,示意如下 通过CEGsNet, 可以查看lncRNA与mRNA的共表达网络,示意如下 ...
1) 基于共表达模块的功能预测 整体网络被划分为27个共表达模块(module)。32个在拟时间分析中发现的分化相关的lncRNA被划入特定的共表达模块。通过模块内mRNA的功能富集分析,就可以预测模块内lncRNA的功能。例如,模块13由78个mRNA和18个lncRNA构成,其中包括拟时分析中发现的在分化后期高表达的lncRNA CRND (图 4D...
lncRNA 和 mRNA 共表达分析 网络图为筛选出的核心基因之间的关系,通过图论的方法计算出关键 lncRNA 与 mRNA,并通过关键 lncRNA 的共表达 mRNA 预测出其功能。 lncRNA 和 mRNA 共表达分析介绍 共表达网络图(Coexpression Network)是根据基因表达信号值的动态变化,计算基因间的共表达关系,得到基因间的表达调控关系...
通过ceRNA调控机制 ceRNA是近几年很火的一个概念,指的是各种RNA分子通过竞争性结合miRNA从而发挥调控作用,对于lncRNA而言,通过lncRNA-miRNA-mRNA这种ceRNA机制,将lncRNA关联到mRNA上来,从而去探究lncRNA的功能。 Co-LncRNA通过分析查找与lncRNA共表达的mRNA,构建lncRNA与mRNA之间的共表达网络,并通过共表达的mRNA对应的...
⑥构建lncRNA-mRNA共表达网络 通过计算Pearson相关系数构建共表达网络,阈值为|R|>0.3且P<0.05。使用Cytoscape软件进行可视化。 ⑦功能注释和GSEA 对上面筛选出的靶mRNA进行GO、KEGG富集。对高低风险组患者进行GSEA,筛选P<0.05、fdr<0.25的基因集。 可以看到研究内容还是蛮丰富的,有临床预后的研究也有潜在通路分子机制...
本文应用高通量RNA-seq来比较蝗虫型变时程中lncRNA和mRNA的表达模式。结果显示lncRNA在型变的早期阶段反应更快。功能注释表明,早期改变的lncRNA在分散和群居阶段采用了不同的途径来应对种群密度的变化。筛选了分散和群居阶段的网络中两个重叠的中枢lncRNA基因座进行功能验证。本文进一步证明LNC1010057为潜在的蝗虫型变...