9.1 LncRNA co-location mRNA 预测 9.2 LncRNA co-expression mRNA 预测 10 GO 富集分析 10.1 GO 富集分析结果 10.2 GO 富集柱状图 11 KEGG 富集分析 11.1 KEGG 富集分析结果 11.2 KEGG 富集散点图 11.3 KEGG 富集通路图 12 蛋白互作网络分析 可以看到,其实就定量后的差异分析和功能注释,比较偏向于LncRN...
step9:lncRNA-mRNA co-expression network paper:2015-biomarkers-OV-Comprehensive analysis of lncRNA-mRNA co-expression patterns: http://www./articles/srep17683 paper:2016-Differential lncRNA-mRNA co-expression network analysis : http://www.ncbi.nlm./pmc/articles/PMC4732855/ paper:2014-Microarray P...
原名:Long Non-coding RNA Derived from lncRNA–mRNA Co-expression Networks Modulates the Locust Phase Change 译名:通过lncRNA-mRNA共表达网络分析长非编码RNA调节蝗虫的型变 期刊:Genomics, Proteomics & Bioinformatics IF:7.051(1区) 发表时间:2020.4.14 通讯作者:康乐 通讯作者单位:中科院、河北大学 DOI号:10...
网络图为筛选出的核心基因之间的关系,通过图论的方法计算出关键 lncRNA 与 mRNA,并通过关键 lncRNA 的共表达 mRNA 预测出其功能。 lncRNA 和 mRNA 共表达分析介绍 共表达网络图(Coexpression Network)是根据基因表达信号值的动态变化,计算基因间的共表达关系,得到基因间的表达调控关系及调控方向,从而构建基因的表达...
Li S, Li B, Zheng Y, et al. Exploring functions of long noncod- ing RNAs across multiple cancers through co-expression network. Sci Rep 2017;7:754. 功能预测工具 (基于与miRNA,mRNA、蛋白等互作的算法) 1. KATZLGO (基于lncRNA和蛋白,各自互作以及 ...
Co-LncRNA(http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/Co-LncRNA/)就是这么一个基于以上想法的数据库。这个数据库搜集了很多相关疾病的测序数据。通过目标数据库我们就可以通过分析得到目标lncRNA的相互作用基因有哪些。进而可以获得主要调控的通路什么的。 这个数据库包括多个功能: ...
Cytoscape was used to create a network of co-expressions. In our prognostic signature, there were 111 lncRNA-mRNA couples in the lncRNA-mRNA co-expression network, and 108 mRNAs were substantially linked to metabolism-related lncRNAs (Fig. 5B). AL031316.1, MIR200CHG, and USP30-AS1 were ...
很多客户做完高通量lncrna筛选之后要针对某一特定的lncrna进行研究这时就需要对该lncrna的调控模式有一定的预估可以通过fish免疫荧光等技术确定lncrna的细胞位置如位于胞浆该lncrna可能以稳定rna调节mrna翻译cerna充当mirna前体或介导蛋白等方式发挥调控作用 干货!如何预测lncRNA的结合蛋白? 长链非编码RNA(long non-coding...
因此,常见的分析角度可总结为:1)纯lncRNA靶向mRNA的分析;2)miRNA加入混战的ceRNA分析;3)各类RNA的共表达co-expression分析。这些,在Dr.Tom系统中均可通过“关联转换”一键点击实现数据抓取,并利用关联网络/关联聚类直接出图。 3. lncRNA可以与蛋白质结合,那就意味着可以做靶向蛋白预测?
单细胞基因表达(single-cell gene expression) RNA蛋白互作(the translatome) RNA结构(the structurome) 转录异质性(spatialomics) ❞ mRNA|miRNA|lncRNA|circRNA分析简介 介绍各组学在转录调控中的作用机制,生信分析流程。 mRNA组 mRNA组就是测某个条件下上图中的mature mRNA,从上图可看出mRNA有一个Poly-A tail...