原名:Long Non-coding RNA Derived from lncRNA–mRNA Co-expression Networks Modulates the Locust Phase Change 译名:通过lncRNA-mRNA共表达网络分析长非编码RNA调节蝗虫的型变 期刊:Genomics, Proteomics & Bioinformatics IF:7.051(1区) 发表时间:2020.4.14 通讯作者:康乐 通讯作者单位:中科院、河北大学 DOI号:10...
step9:lncRNA-mRNA co-expression network paper:2015-biomarkers-OV-Comprehensive analysis of lncRNA-mRNA co-expression patterns:http://www.nature.com/articles/srep17683 paper:2016-Differential lncRNA-mRNA co-expression network analysis :http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4732855/ paper:20...
5. 基于WGCNA的预测模型(基于共表达谱数据的lncRNA-多种癌症预测模型) 参考文献:Li S, Li B, Zheng Y, et al. Exploring functions of long noncod- ing RNAs across multiple cancers through co-expression network. Sci Rep 2017;7:754. 功能预测工具(基于与miRNA,mRNA、蛋白等互作的算法) 1. KATZLGO(...
Co expression Network是分析lncRNA与mRNA相互作用关系的创新工具。Coexpression Network根据lncRNA及mRNA的实测值,通过共表达计算方法构建网络。通过lncRNA周边与其共表达的mRNA来预测未知lncRNA的功能。Coexpression Network可以帮助发现lncRNA与mRNA之间可能存在的作用关系,能够找到影响mRNA表达的lncRNA,从而发现网络中起中心...
文献是:Genome-wide analysis of long noncoding RNA and mRNA co-expression profile in intrahepatic cholangiocarcinoma tissue by RNA sequencing.Oncotarget, 2017,8(16):26591-26599. 你可以比较同样的实验设计 一个研究使用的是芯片,一个是测序,看看两者的差异基因情况的overlap情况,给大家的学徒作业哈!
因此,常见的分析角度可总结为:1)纯lncRNA靶向mRNA的分析;2)miRNA加入混战的ceRNA分析;3)各类RNA的共表达co-expression分析。这些,在Dr.Tom系统中均可通过“关联转换”一键点击实现数据抓取,并利用关联网络/关联聚类直接出图。 3. lncRNA可以与蛋白质结合,那就意味着可以做靶向蛋白预测?
Li S, Li B, Zheng Y, et al. Exploring functions of long noncod- ing RNAs across multiple cancers through co-expression network. Sci Rep 2017;7:754. 功能预测工具 (基于与miRNA,mRNA、蛋白等互作的算法) 1. KATZLGO (基于lncRNA和蛋白,各自互作以及 ...
一方面大家可以根据顺式Cis或者反式Trans作用进行筛选,也可以根据皮尔森相关系数(R)、P-Value、还有lncRNA与mRNA在染色体之间的距离(位于同一染色体时distance为数字,位于不同染色体时Distance为Trans)进行筛选。 在Expression Capacity模块里,网页展示了不同lncRNA在不同生物环境中的表达能力,并分为高(HC)、中(MC)、...
1.LncRNA与mRNA关联分析 LncRNA通过co-location或co-expression调控靶基因的表达。针对lncRNA与mRNA的关联分析,诺禾致源采用对差异表达lncRNA的靶基因与差异表达的mRNA进行交集分析方法,当样本间差异表达的lncRNA的 靶基因同时也是显著差异表达的mRNA时,该差异mRNA受到lncRNA直接或间接调控作用的可能性更大。(样品数 ...
RNA-Seq Comprehensive Analysis Reveals the Long Noncoding RNA Expression Profile and Coexpressed mRNA in Adult Degenerative Scoliosis(https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36035195/) 目的:随着世界范围内老龄化进程的加剧,成人退行性脊柱侧弯(ADS)的发病率正以惊人的速度增长。然而,与ADS病因相关的基因组研究在...