也就是说,当LncRNA与一些距离较远的基因在表达量上存在正相关或负相关的情况时,就可以通过样本间lncRNA与蛋白编码基因的表达量相关性分析或WGCNA共表达分析来预测其靶基因。 需要注意的是,lncRNA的Trans作用靶基因预测只适合于样本量大的情况,如果样本量太少(如6个以下),分析将不可靠。 图4.lncRNA-mRNA共表达...
也就是说,当LncRNA与一些距离较远的基因在表达量上存在正相关或负相关的情况时,就可以通过样本间lncRNA与蛋白编码基因的表达量相关性分析或WGCNA共表达分析来预测其靶基因。 需要注意的是,lncRNA的Trans作用靶基因预测只适合于样本量大的情况,如果样本量太少(如6个以下),分析将不可靠。 图4.lncRNA-mRNA共表达...
一部分反义LncRNA可能因为与正义链的mRNA结合而调控基因沉默、转录及mRNA的稳定性。所以,LncRNA的antisense分析,可以利用软件(如RNAplex)预测反义LncRNA与mRNA之间的互补配对关系,根据热力学结构计算最小自由能来预测最佳碱基配对关系。 图5.LncRNA antisense分析示例图 图5展示了最佳LncRNA-mRNA结合位点以及反义LncRNA...
通常用来筛选lncRNA的工具有RT-PCR、FISH、microarray、全转录组混池测序等;而如今在mRNA研究中常用的单细胞转录组(scRNA-seq)、空间转录组等解析细胞异质性的有力武器,在lncRNA研究中却极少用到。也有一些研究试图解析lncRNA的空间异质性,但...
Trans靶基因预测原理为,lncRNA的功能不依赖于和编码基因的位置关系,而是与共表达的基 因相关。当样本数大于等于6个时,根据lncRNA同mRNA的表达量相关性系数进行筛选(相关系 数corr >= 0.9)。 功能注释和富集分析 Gene Ontology(简称GO)是一个国际标准化的基因功能分类体系,提供了一套动态更新的标准词汇表(controlle...
METTL1 的 mRNA 表达在 si-NRAV 预处理的 Huh7 和 HepG2 细胞中显着下调(图 12k,l)。NRAV 可能通过影响体外 METTL1 表达来正向调节 HCC 进展。这些结果表明,m7GRLSig 中的预后 lncRNA 可能通过靶向 m7G 调节剂来调节 HCC 进展过程中的 m7G 修饰。
想研究lncRNA–miRNA–mRNA调控网络预测的小伙伴们可以用此套路。本研究在多个基因组平台上进行了全面的数据挖掘，证明了FOXD2-AS1/miR-139-5p/BLVRA或CYTH2可促进肝硬化肝癌的形成。靶向FOXD2-AS1/miR-139-5p/BLVRA或CYTH2可能是对抗肝硬化向肝硬化HCC转变的新治疗策略。
lncRNA的一个特点就是很好的组织特异性和细胞类型特异性,比mRNA特异性好很多[5-8],所以要研究特异性相关的机制,分析lncRNA可能比分析mRNA更容易得到有意思的结果。 像2017年Science上发的这个CRISPR研究,发现了499种对细胞生长有重要功能的lncRNA分子,其中89%都只在一种特定的细胞类型里起作用(图1)。而且文章里面...
但如果lncRNA附近没有功能基因表达的改变,可以考虑trans靶基因调控。先通过实验去筛选和该lncRNA可能结合的蛋白,或者通过trans靶基因预测,来寻找可能下游靶向mRNA。再分析lncRNA和靶基因的表达相关性。后期证明该lncRNA和结合蛋白是否真的是结合到靶基因启动子区是实现mRNA的表达调控。
发现lncROPM通过直接结合PLA2G16的3′-UTR来调节PLA2G16的表达,从而增加mRNA的稳定性。PLA2G16的增加显著促进了BCSCs中磷脂代谢和游离脂肪酸特别是花生四烯酸的产生,从而激活PI3K/AKT、Wnt/β-catenin和Hippo/YAP信号,最终参与了BCSCs干性的维持。 Fig2. LncROPM与PLA2G16 mRNA的3’UTR结合,增强PLA2G16 mRNA...