先通过实验去筛选和该lncRNA可能结合的蛋白,或者通过trans靶基因预测,来寻找可能下游靶向mRNA。再分析lncRNA和靶基因的表达相关性。后期证明该lncRNA和结合蛋白是否真的是结合到靶基因启动子区是实现mRNA的表达调控。 两方面的调节机制均涉及RNA-蛋白质的相互作用。在没有目的蛋白的时候,此时不得不使用一些先进技术来...
通常用来筛选lncRNA的工具有RT-PCR、FISH、microarray、全转录组混池测序等;而如今在mRNA研究中常用的单细胞转录组(scRNA-seq)、空间转录组等解析细胞异质性的有力武器,在lncRNA研究中却极少用到。也有一些研究试图解析lncRNA的空间异质性,但...
也就是说,当LncRNA与一些距离较远的基因在表达量上存在正相关或负相关的情况时,就可以通过样本间lncRNA与蛋白编码基因的表达量相关性分析或WGCNA共表达分析来预测其靶基因。 需要注意的是,lncRNA的Trans作用靶基因预测只适合于样本量大的情况,如果样本量太少(如6个以下),分析将不可靠。 图4.lncRNA-mRNA共表达...
由于lncRNA BCRT1主要分布在细胞胞质中,研究者推测lncRNA BCRT1可能充当miRNA海绵,阻止miRNA与其靶mRNA结合,并通过RegRNA数据库预测、荧光素酶报告基因分析、RIP实验证实了miR-1303是lncRNA BCRT1的潜在靶点。 接着,研究者探索了miR-1303在乳腺癌中的作用。发现转染miR-1303 mimics可降低乳腺癌细胞的增值、迁移和侵袭...
但如果lncRNA附近没有功能基因表达的改变,可以考虑trans靶基因调控。先通过实验去筛选和该lncRNA可能结合的蛋白,或者通过trans靶基因预测,来寻找可能下游靶向mRNA。再分析lncRNA和靶基因的表达相关性。后期证明该lncRNA和结合蛋白是否真的是结合到靶基因启动子区是实现mRNA的表...
lncRNA的一个特点就是很好的组织特异性和细胞类型特异性,比mRNA特异性好很多[5-8],所以要研究特异性相关的机制,分析lncRNA可能比分析mRNA更容易得到有意思的结果。 像2017年Science上发的这个CRISPR研究,发现了499种对细胞生长有重要功能的lncRNA分子,其中89%都只在一种特定的细胞类型里起作用(图1)。而且文章里面...
也就是说,当LncRNA与一些距离较远的基因在表达量上存在正相关或负相关的情况时,就可以通过样本间lncRNA与蛋白编码基因的表达量相关性分析或WGCNA共表达分析来预测其靶基因。 需要注意的是,lncRNA的Trans作用靶基因预测只适合于样本量大的情况,如果样本量太少(如6个以下),分析将不可靠。 图4.lncRNA-mRNA共表达...
1、如何定义LncRNA?它与mRNA有何异同? LncRNA即长链非编码RNA,是一类不编码蛋白,转录本长度超过200nt(nucleotide,核苷酸)的RNA分子。大部分lncRNA是RNA聚合酶II转录的副产物[1],其中也有一些是RNA聚合酶Ⅲ转录的,以RNA的形式在多种层面上(表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等)调控基因的表达水平。LncRNA的表...
Trans靶基因预测原理为,lncRNA的功能不依赖于和编码基因的位置关系,而是与共表达的基 因相关。当样本数大于等于6个时,根据lncRNA同mRNA的表达量相关性系数进行筛选(相关系 数corr >= 0.9)。 功能注释和富集分析 Gene Ontology(简称GO)是一个国际标准化的基因功能分类体系,提供了一套动态更新的标准词汇表(controlle...
7.1 敲降和过表达lncRNA-APF会降低/增加ATG7的表达。(lncRNA可以调控mRNA) 7.2 过表达miR-188-3p会导致ATG7表达下调;但同时过表达APF的话(且APF的表达大于miR-188-3p),ATG7的表达增加了,这些结果可以推测这个结论:APF表达增高,会竞争性结合miR-188-3p,导致miR-188-3p不能作用下游基因ATG7。(这只是个推论) ...