然而，后来发现，虽然一些miRNA是由premRNAs8的内含子生成的，但是miRNA和snoRNAs的非编码初级转录本也可...
1.DEGs、DEMs和DELs的鉴定（DEGs：差异表达的基因，DELs：差异表达的长非编码RNA，DEMs：差异表达的microRNAs，lncRNA：长非编码RNA，miRNA：microRNA，mRNA：messager RNA）→以火山图或热图呈现。2. 功能富集分析：了解相关的DEGs的功能。3. PPI（protein-protein interaction）网络的建立及枢纽基因的鉴定。4. lncRN...
4、miRNA、lncRNA、circRNA的鉴定以及ceRNA网络的构建 通过搜索miRDB、miRWalk和TargetScan数据库,共预测出与上述8个关键基因相关的199个重叠的上游miRNA(图6A)。根据对应关系,建立了miRNA-mRNA网络(图6B)。这些预测的miRNA的表达数据在OncomiR...
3、采用R 语言的limma-voom工具分析H19高低表达组,鉴定出上调和下调的miRNA,TF,gene; 4、提出了两种情况来解释不同条件下三联体中每对参与的两个生物分子之间的调控: (1)H19(↓)—UPRmiRH19low(↑)—DWRTFH19low/DWRGeneH19low(↓):H19表达下调导致其靶miRNA表达上调,从而导致其靶TFs或基因表达下调; (2...
1.DEGs、DEMs和DELs的鉴定(DEGs:差异表达的基因,DELs:差异表达的长非编码RNA,DEMs:差异表达的microRNAs,lncRNA:长非编码RNA,miRNA:microRNA,mRNA:messager RNA)→以火山图或热图呈现。 2. 功能富集分析:了解相关的DEGs的功能。 3. PPI(protein-protein interaction)网络的建立及枢纽基因的鉴定。
通过利用lncRNA、miRNA和mRNA数据形成的cerNA网络，我们在转录水平上对基因间表达的调控机制有了更清晰的...
由中国湖北同济医学院的科学家们领导的一项新研究调查了ceRNA网络,以更好地了解HCC中复杂的基因相互作用,并确定诊断和治疗HCC的潜在生物标志物。 他们的研究结果发表在《Aging-US》杂志上的一篇题为“Comprehensive analysis of the competing endogenous circRNA-lncRNA-miRNA-mRNA network and identification of a novel...
LncRNA的功能多样,如图1所示,A:充当蛋白质和染色质的连接因子,引起染色质重构(chromatin remodeling);B:充当miRNA海绵;C:充当“scaffold”脚手架;D:与转录因子结合,引起转录激活;E:把转录因子拉走,引起转录抑制;FGH:与mRNA结合抑制翻译、调节剪切,及降解mRNA等。
LncRNA的功能多样,如图1所示,A:充当蛋白质和染色质的连接因子,引起染色质重构(chromatin remodeling);B:充当miRNA海绵;C:充当“scaffold”脚手架;D:与转录因子结合,引起转录激活;E:把转录因子拉走,引起转录抑制;FGH:与mRNA结合抑制翻译、调节剪切,及降解mRNA等。
miRNA是一种长度约为19至24个核苷酸的单链非编码RNA分子。它们在细胞内发挥关键的调控作用,主要通过与靶基因mRNA的3'非翻译区(3'UTR)部分序列互补配对,实现对基因表达的转录后抑制。其中有一部分miRNA被称为“Epi-miRNAs”, 它们直接或间接调控表观遗传机制的关键效应因子,如DNMTs、TETs、HDACs和HMTs。据报道,miR...