但是miRNA和snoRNAs的非编码初级转录本也可以具有功能，并且rRNAs、tRNAs和snoRNAs经过处理生成小的调控RNA...
方法：利用GEO和TCGA数据库的数据挖掘，挖掘mRNA、lncRNA和miRNA差异表达谱。在匹配的HCC队列中，RT-PCR证实了他们的表达(n = 6/组)。通过共表达分析构建ceRNA网络。它们的相互调控及其在上皮-间充质转化(EMT)过程中的作用已在细胞水平上通过功能获得和功能丧失实验得到验证。应用Kaplan-Meier法显示预后价值。结果：...
miRNA-lncRNA-mRNA构成的ceRNA网络思路分享, 视频播放量 290、弹幕量 0、点赞数 7、投硬币枚数 2、收藏人数 13、转发人数 1, 视频作者 生信交流平台, 作者简介 生信博士,分享生信技能。合作请联系:,相关视频:lncRNA分类及特征,lncRNA的生物学功能,circRNA的生物学功能
4、miRNA、lncRNA、circRNA的鉴定以及ceRNA网络的构建 通过搜索miRDB、miRWalk和TargetScan数据库,共预测出与上述8个关键基因相关的199个重叠的上游miRNA(图6A)。根据对应关系,建立了miRNA-mRNA网络(图6B)。这些预测的miRNA的表达数据在OncomiR...
构建ceRNA网络,根据上述得到的lncRNA-miRNA-mRNA文件,连同分类及regulation,构建特征文件,cytoscape可视化ceRNAnet 所需要的文件 不变的: 1. mircode.txt 构建lnc和miRNA的关系 2. starBase_miRNA.txt 标准化miRNA 变的: 1. deg-miRNA、deg-lncRNA、deg-mRNA ...
该技术是在荧光素酶报告基因载体的报告基因编码区的下游插入LncRNA结合序列或者mRNA的3’UTR区,然后将构建好的载体转染至细胞内并改变细胞中相应miRNA的表达水平,通过检测荧光素酶的表达情况以分析LncRNA或者mRNA的3’UTR区中是否含有miRNA的靶位点。 3.LncRNA-Protein ...
方法1:生物信息学 大部分miRNA靶基因预测,都是通过生物信息学进行,主要依据是:①miRNA与靶基因位点结合有其互补性;②miRNA靶位点在不同物种之间比较保守;③miRNA-mRNA结合的热稳定性;④miRNA靶位点处不应有复杂的二级结构;⑤miRNA5'端与靶基因结合能力强于3'端。根据这些原则,以及研究者自身的经验,结合使用相应的...
最后分析临床病人,发现lncRNA-ATB表达量在PVTT病人中的表达量高于HCC病人(N),并且lncRNA-ATB表达量与IL-11 mRNA表达量正相关(O)。 由这篇经典文献可见,分析lncRNA可能结合的miRNA并进一步验证下游靶基因mRNA的表达量,或分析lncRNA直接结合的mRNA,为我们研究转录组及转录水平调控提供了两种行之有效的研究思路。这样...
(1)miRNA-circRNA数据库 (2)circRNA参与ceRNA的分析 10:40~12:00 ceRNA分析 ceRNA(竞争性内源RNA)的机制 ceRNA关系对分析 ceRNA网络构建 13:30~15:00 功能富集分析 lncRNA-mRNA共表达分析 miRNA功能分析(GO和pathway富集) lncRNA功能分析(GO和pathway富集) ...
通过lncRNA获得结合的miRNA(3个miRNA预测数据库中都存在),再获得miRNA作用的靶基因mRNA,靶基因mRNA与任一肿瘤差异mRNA取交集,交集mRNA与其相关miRNA,lncRNA作互作图,并将交集mRNA作GO和KEGG富集分析。 通过lncRNA获得结合的miRNA 1.lncRNA与miRNA的区别