但是miRNA和snoRNAs的非编码初级转录本也可以具有功能，并且rRNAs、tRNAs和snoRNAs经过处理生成小的调控RNA...
方法：利用GEO和TCGA数据库的数据挖掘，挖掘mRNA、lncRNA和miRNA差异表达谱。在匹配的HCC队列中，RT-PCR证实了他们的表达(n = 6/组)。通过共表达分析构建ceRNA网络。它们的相互调控及其在上皮-间充质转化(EMT)过程中的作用已在细胞水平上通过功能获得和功能丧失实验得到验证。应用Kaplan-Meier法显示预后价值。结果：...
根据degmRNA和targetmRNA,求交集,得到共同表达的mRNA文件,即deg-mRNA 第六步 根据交集得到的deg-mrna文件和miRNA-Target文件,得到deg-mRNA与miRNA的关系文件,即miRNA-mRNA文件 第七步 根据得到的lncRNA-miRNA文件和miRNA-mRNA文件,合并之 第八步 构建ceRNA网络,根据上述得到的lncRNA-miRNA-mRNA文件,连同分类及regulat...
用miRNA构建过表达载体,或者直接合成miRNA类似物,使其在细胞中过表达,然后利用基因芯片分析mRNA的变化,即可以找出相应的靶基因。过表达有两种方式:**是构建miRNA病毒载体,实现稳定表达;第二是直接合成miRNA类似物进行瞬时表达。 方法3:蛋白表达寻找靶基因 将成熟的miRNA双链转染进细胞,与正常细胞进行对比,在含有同位素...
该技术是在荧光素酶报告基因载体的报告基因编码区的下游插入LncRNA结合序列或者mRNA的3’UTR区,然后将构建好的载体转染至细胞内并改变细胞中相应miRNA的表达水平,通过检测荧光素酶的表达情况以分析LncRNA或者mRNA的3’UTR区中是否含有miRNA的靶位点。 3.LncRNA-Protein ...
lncRNA-miRNA-mRNA网络如何构建? 在cytoscape中构建lncRNA-miRNA-mRNA网络,导入的数据应该是什么格式呢? 关注问题写回答 邀请回答 好问题 知乎· 3 个回答 · 4 关注 生信交流平台 上海生命科学研究院 生物信息学博士关注 2 人赞同了该回答 0 starbase(ENCORI)数据库介绍(一) 1 万播放 · ...
最后分析临床病人,发现lncRNA-ATB表达量在PVTT病人中的表达量高于HCC病人(N),并且lncRNA-ATB表达量与IL-11 mRNA表达量正相关(O)。 由这篇经典文献可见,分析lncRNA可能结合的miRNA并进一步验证下游靶基因mRNA的表达量,或分析lncRNA直接结合的mRNA,为我们研究转录组及转录水平调控提供了两种行之有效的研究思路。这样...
lncRNA-miRNA-mRNA互作 lncRNA,miRNA,mRNA互作 通过lncRNA获得结合的miRNA（3个miRNA预测数据库中都存在），再获得miRNA作⽤的靶基因mRNA，靶基因mRNA与任⼀肿瘤差异mRNA取交集，交集mRNA与其相关miRNA,lncRNA作互作图，并将交集mRNA作GO和KEGG富集分析。通过lncRNA获得结合的miRNA 1.lncRNA与miRNA的区别 2.mir...
(1)miRNA-circRNA数据库 (2)circRNA参与ceRNA的分析 10:40~12:00 ceRNA分析 ceRNA(竞争性内源RNA)的机制 ceRNA关系对分析 ceRNA网络构建 13:30~15:00 功能富集分析 lncRNA-mRNA共表达分析 miRNA功能分析(GO和pathway富集) lncRNA功能分析(GO和pathway富集) ...
2. 点击“miRNA”,对话框输入miR-9,选择种属 3. 点击“go”,即可获取miR-9调控的mRNA数据库优化: microRNA.org是一款预测可以预测miRNA的靶标mRNA,以及引起靶标基因下调的得分值,以及miRNA的表达情况,也可以预测mRNA结合的miRNA,无法预测得到miRNA的调控网络 ...