1、starBase 一个高通量实验数据CLIP-Seq(或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP)和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,包含了miRNA-mRNA,miRNA-lncRNA,miRNA-circRNA,miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的调控关系。整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。 网址:http://starbase./ 2、miRbase 众所周...
第一步,分别在TCGA上下载mRNA和miRNA数据 第二步,分别提取相应表达矩阵 第三步,分别做miRNA和mRNA的差异表达分析 第四步,将mRNA和miRNA合并为一个矩阵 第五步,WGCNA分析 第六步,Cytoscape构建共表达网络 希望本文对大家有所帮助,本文来源于微信公众号SCI狂人,版权归SCI狂人团队所有。
并且rRNAs、tRNAs和snoRNAs经过处理生成小的调控RNA，包括miRNA 11 - 14，在某些情况下有助于跨代表观...
miRNA-mRNA调控网络的构建 如图5A所示的miRNA-mRNA网络,两个重叠的基因FYCO1和嘌呤富集元素结合蛋白A(PURA)受到三个差异表达miRNA(hsa-miR-17-5p,hsa-miR-20b-5p和hsa-miR-20a-5p)的调控。有趣的是,这三个miRNA在卵巢疾病的外泌体组织中上调,而这两个mRNA下调。这些结果表明,来自卵巢组织的外泌体携带的miRNA...
首次在OA软骨细胞中发现了由16个differentially expressed circRNAs(DECs)、32个DETMs(target DEMs)和97个DETGs(target DEGs)构成的circRNA-miRNA-mRNA调控网络;hsa_circ_0027914、hsa_circ_0101125和hsa_circ_0102564被确定为在OA中的中心DECs。体外验证实验表明这三种中枢DECs的促凋亡功能及其作为OA新生物标志物的潜力...
生信碱移 轻松构建ceRNA网络 ceRNA网络是一种新型的基因调控机制,可以通过共享microRNA(miRNA)来影响彼此的表达,导致疾病或某种表型的改变。在这篇文章中,...
1.Funrich 预测miRNA 软件下载地址 http://funrich.org/download 输入数据 mRNA的gene symbol,这里输入了8个: TTK, PTTG1, MYBL2, EZH2, CENPA, CDCA8, CDCA7,AURKA 输出数据 gene和miRNA的对应关系表格。 使用方法很简单,鼠标点几下就完事。具体可以自己摸索或看视频 ...
Cytoscape 用于可视化。在分析中心基因时,四个 mRNA(PTGS2、CASP8、< /span>]。随后,构建了一个 miRNA-mRNA 网络,其中包含 16 个边(34、33、 32、31)被发现与 4 个 miRNA(miR -155-5p、miR-128-3p、miR-16-5p 和 miR-20a-5p)。这一发现与之前的研究结果一致[CD274 和 NFE2L2 ...
miRNA-mRNA网络治疗靶点小分子药物目的 构建miRNA-mRNA网络,预测哮喘的治疗靶点和潜在的治疗药物.方法 从基因表达综合数据库(GEO)下载2个数据集,用edgeR进行基因表达差异分析.差异miRNAs的靶点由miRTarBase,miRDB和TargetScan预测,通过cytoscape构建miRNA-mRNA网络.基于Metascape进行功能富集,cMAP用于预测小分子药物.结果 筛选...
慢性阻塞性肺疾病(COPD)已经成为全球发病率和死亡率较高的疾病之一。越来越多的研究表明,异常表达的微小 RNA(miRNA)参与了 COPD 的发生发展过程。然而,尚缺乏对 COPD 血浆中 miRNA-mRNA 综合调控网络的构建。 方法: 从公共基因芯片数据...