并且rRNAs、tRNAs和snoRNAs经过处理生成小的调控RNA，包括miRNA 11 - 14，在某些情况下有助于跨代表观...
1、starBase 一个高通量实验数据CLIP-Seq(或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP)和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,包含了miRNA-mRNA,miRNA-lncRNA,miRNA-circRNA,miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的调控关系。整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。 网址:http://starbase./ 2、miRbase 众所周...
Cytoscape 用于可视化。在分析中心基因时,四个 mRNA(PTGS2、CASP8、< /span>]。随后,构建了一个 miRNA-mRNA 网络,其中包含 16 个边(34、33、 32、31)被发现与 4 个 miRNA(miR -155-5p、miR-128-3p、miR-16-5p 和 miR-20a-5p)。这一发现与之前的研究结果一致[CD274 和 NFE2L2 研究人群的一般信息 ...
因此,通过药物筛选,发现洋地黄素和土霉素具有潜在的治疗作用。 6. circRNA-miRNA-mRNA调控网络构建 由DETMs预测的总共4674个基因,427条边。97个重叠基因被确定为进一步分析的指标。然后,我们整合了circRNA-miRNA网络和miRNA-mRNA调控网络,并使用Cytoscape构建了一个完整的circRNA-miRNA-mRNA调控网络网络(图7)。 7. RT...
第一步,分别在TCGA上下载mRNA和miRNA数据 第二步,分别提取相应表达矩阵 第三步,分别做miRNA和mRNA的差异表达分析 第四步,将mRNA和miRNA合并为一个矩阵 第五步,WGCNA分析 第六步,Cytoscape构建共表达网络 希望本文对大家有所帮助,本文来源于微信公众号SCI狂人,版权归SCI狂人团队所有。
miRNA-mRNA调控网络的构建 如图5A所示的miRNA-mRNA网络,两个重叠的基因FYCO1和嘌呤富集元素结合蛋白A(PURA)受到三个差异表达miRNA(hsa-miR-17-5p,hsa-miR-20b-5p和hsa-miR-20a-5p)的调控。有趣的是,这三个miRNA在卵巢疾病的外泌体组织中上调,而这两个mRNA下调。这些结果表明,来自卵巢组织的外泌体携带的miRNA...
1.Funrich 预测miRNA 软件下载地址 http://funrich.org/download 输入数据 mRNA的gene symbol,这里输入了8个: TTK, PTTG1, MYBL2, EZH2, CENPA, CDCA8, CDCA7,AURKA 输出数据 gene和miRNA的对应关系表格。 使用方法很简单,鼠标点几下就完事。具体可以自己摸索或看视频 ...
生信碱移 轻松构建ceRNA网络 ceRNA网络是一种新型的基因调控机制,可以通过共享microRNA(miRNA)来影响彼此的表达,导致疾病或某种表型的改变。在这篇文章中,...
构建miRNA-mRNA调控网络鉴定关键靶基因,通过GEPIA分析Hub基因在PCa中的表达水平.结果:总共预测了20个上调和13个下调的DE-miRNA.其下游靶基因主要参与调控RNA转录,MAPK,AMPK,FoxO等信号传导通路,其中Hub基因IGF1,VEGFA和TNRC6A在PCa中的表达水平均显著下调(均P<0.05).结论:通过构建miRNA-mRNA调控模型,有助于了解...
这三个风险基因和调控它们表达的四个miRNA(miR-200b-3p、miR-200c-3p,miR-10a-5p和miR-466)组成了一个预后调控网络,可能为HCC早期诊断的潜在标志物。与HCV相关肝硬化相比,HCV相关HCC中PABPC1、UHRF1和miR-466表达上调,而SLC2A9、miR-200b-3p、miR-200c-3p和miR-10a-5p表达下调。UHRF1作为原癌基因,...