1. 大豆miR160a作为响应盐胁迫的正调控因子 MicroRNAs(miRNAs)在植物发育和响应环境胁迫中发挥作用,并可通过引起mRNA降解和翻译抑制来诱导基因沉默。MiR160是一种已知的miRNA,通过靶向生长素反应因子(ARFs)ARF10、ARF16和ARF17来调控种子萌发、下胚轴伸长和叶片发育。大豆miR160家族由6个高度保守的成员组成。这些基因根...
约20%(但仅约2%)的mrna与PRC2[^18]相互作用，其他lncrna与其他染色质修饰复合物相互作用。
1、starBase 一个高通量实验数据CLIP-Seq(或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP)和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,包含了miRNA-mRNA,miRNA-lncRNA,miRNA-circRNA,miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的调控关系。整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。 网址:http://starbase./ 2、miRbase 众所周...
1.创新点 首次在OA软骨细胞中发现了由16个differentially expressed circRNAs(DECs)、32个DETMs(target DEMs)和97个DETGs(target DEGs)构成的circRNA-miRNA-mRNA调控网络;hsa_circ_0027914、hsa_circ_0101125和hsa_circ_0102564被确定为在OA中的中心DECs。体外验证实验表明这三种中枢DECs的促凋亡功能及其作为OA新生物标...
Cytoscape 用于可视化。在分析中心基因时,四个 mRNA(PTGS2、CASP8、< /span>]。随后,构建了一个 miRNA-mRNA 网络,其中包含 16 个边(34、33、 32、31)被发现与 4 个 miRNA(miR -155-5p、miR-128-3p、miR-16-5p 和 miR-20a-5p)。这一发现与之前的研究结果一致[CD274 和 NFE2L2 ...
1.Funrich 预测miRNA 软件下载地址 http://funrich.org/download 输入数据 mRNA的gene symbol,这里输入了8个: TTK, PTTG1, MYBL2, EZH2, CENPA, CDCA8, CDCA7,AURKA 输出数据 gene和miRNA的对应关系表格。 使用方法很简单,鼠标点几下就完事。具体可以自己摸索或看视频 ...
miRNA-mRNA调控网络的构建 如图5A所示的miRNA-mRNA网络,两个重叠的基因FYCO1和嘌呤富集元素结合蛋白A(PURA)受到三个差异表达miRNA(hsa-miR-17-5p,hsa-miR-20b-5p和hsa-miR-20a-5p)的调控。有趣的是,这三个miRNA在卵巢疾病的外泌体组织中上调,而这两个mRNA下调。这些结果表明,来自卵巢组织的外泌体携带的miRNA...
# 创建空的网络对象g<-graph.empty(n=length(c(unique(network_data$miRNA),unique(network_data$circRNA),unique(network_data$mRNA))),directed=TRUE)# 添加节点g<-g%>%set_vertex_attr("name",value=c(unique(network_data$circRNA),unique(network_data$miRNA),unique(network_data$mRNA)))%>%set_vert...
目的基于外泌体所建数据库构建复治肺结核(RTB)特异miRNA-mRNA的调控网络,为RTB在发病机制研究上提供理论支撑.方法利用初治肺结核(ATB)和RTB患者和健康对照者外周血进行外泌体数据库的建立,并筛选RTB特异的差异表达miRNA和差异表达mRNA,通过miRNet数据库预测差异表达miRNA在RTB特异性下游靶基因并进行富集分析.使用可视化...
复旦大学附属中山医院薛如意团队:在HCV相关肝硬化向肝癌发展过程中构建一个预后性的miRNA-mRNA调控网络|AME作者面对面 编者按:“AME 作者面对面” 是微信公众号 “AME科研时间” 的特色专栏。编辑部精心挑选了发表在 AME 旗下杂志的优秀论著,诚邀作者总结亮点,分享研究成果,旨在进一步推动医学同行之间的交流和进步。