物种是:新月柄杆菌 Caulobacter crescentus,它是一种经常用于实验室实验中的细菌,通常含有扁平囊泡(绿色),包裹着贮存颗粒(橙色)。 WC Nierman - 2001的文章就发表了该物种的基因组 - 被引用次数:500 The complete genome sequence of Caulobacter crescentus was determined to be4,016,942 base pairsin a...
HiC数据分析实战之Hic-pro 通过第一讲:三维基因组学习笔记,我们了解了3D基因组研究范围,然后根据我在生信技能树发布的生信工程师标准提炼出基础技能,也就是第二讲:生信基础技能 。最后提炼出了数据分析流程,并且安装好了对应的软件,也就是第3讲:流程及软件 。不过中间我还插播了一个文献解读 。
通过第一讲:三维基因组学习笔记,我们了解了3D基因组研究范围,然后根据我在生信技能树发布的生信工程师标准提炼出基础技能,也就是第二讲:生信基础技能。最后提炼出了数据分析流程,并且安装好了对应的软件,也就是第3讲:流程及软件。不过中间我还插播了一个文献解读。 现在才正式开始数据处理实战,其中实战的测试数据,...
完全掌握HiC三维基因组数据分析原理和实操 配套自主开发的全自动数据分析流程 特别声明:以上内容(如有图片或视频亦包括在内)为自媒体平台“网易号”用户上传并发布,本平台仅提供信息存储服务。 Notice: The content above (including the pictures and videos if any) is uploaded and posted by a user of NetEase ...
HiC数据分析实战之通过文章来了解流程 通过第一讲:三维基因组学习笔记,我们了解了3D基因组研究范围,然后根据我在生信技能树发布的生信工程师标准提炼出基础技能,也就是第二讲:生信基础技能 最后提炼出了数据分析流程,并且安装好了对应的软件,也就是第3讲:流程及软件 本来准备直接实战了,但是在看一些新的paper 时候...
高通量染色体构象捕获技术(High-throughput chromosome conformation capture)研究全基因组三维构象及分析染色质片段相互作用的实验技术 1.2 Hi-C目的 了解核内染色质的三维构象、获得细胞核内空间位置非常接近或存在相互作用的染色质测序片段更好地研究染色质内或染色质间的互作、基因调控元件在全基因组范围内调控的情况 ...
Lieberman-Aiden等人利用Hi-C技术研究了人淋巴母细胞的三维结构,文章发表于science期刊。文中首次提出A/B compartment的概念,基因组被分割为两个空间区室,分别标记为 A、B 染色质区。 分析中对相关系数矩阵进行PCA降维分析,在第一主成分PC1轴上,根据正负可以将染色质区域分为A/B compartment。
Hi-C是研究染色质三维结构的一种方法。Hi-C技术源于染色体构象捕获(Chromosome Conformation Capture, 3C)技术,利用高通量测序技术,结合生物信息分析方法,研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系,获得高分辨率的染色质三维结构信息。 2,Hic数据的优势 通过Scaffold间的交互频率大小,可以对已组装的基因组序列...
通过第一讲:三维基因组学习笔记,我们了解了3D基因组研究范围,然后根据我在生信技能树发布的生信工程师标准提炼出基础技能,也就是第二讲:生信基础技能最后提炼出了数据分析流程,并且安装好了对应的软件,也就是第3讲:流程及软件 本来准备直接实战了,但是在看一些新的paper 时候发现我漏掉了hic技术应用的文章解读,我还...
1,什么是Hic数据? Hi-C是研究染色质三维结构的一种方法。Hi-C技术源于染色体构象捕获(Chromosome Conformation Capture, 3C)技术,利用高通量测序技术,结合生物信息分析方法,研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系,获得高分辨率的染色质三维结构信息。