HiC技术实验原理 将三维基因组甲醛交联固定,用内切酶进行酶切,酶切完在末端加生物素进行末端修复,然后进行连接,连接后对去除蛋白并打断成小片段,用磁珠捕获带生物素的片段进行测序。 Hi-C分析流程 (a)首先是质控,过滤后高质量的FASTQ数据(PE,150bp),如果比对软件不支持split mapping的话,一般选用迭代比对,因为连接...
01结构变异结构变异（Structural variation，SV）是指染色体结构上的异常，它们可能导致基因组不稳定和遗传疾病。SV一般是指生物基因组中50bp以上的序列变化，最常见的包括大片段的缺失（deletion）、插入（insertion）、重复（duplication）、倒位（inversion）、易位（translocation）等类型。结构变异可能会导致基因剂量的改变...
Dudchenko等人则利用Hi-C数据联合已有的埃及伊蚊基因组contigs数据，对其进行升级产生染色体级别的scaffold，最终得到3个scaffolds分别对应到3条染色体。图4. Hi-C辅助埃及伊蚊基因组组装结果 5. Hi-C辅助基因组组装的优势 （1）Hi-C包含全基因组互作信息，序列覆盖更全，定位更完整；（2）无需群体，单个个体就能实现...
此外，从MAG中的CRISPR阵列中总共有124个CRISPR间隔序列与噬菌体匹配，产生121个独特的噬菌体-宿主连接。图2 利用Hi-C宏基因组学揭示土壤-噬菌体-宿主相互作用。2、Hi-C宏基因组和宏转录组显示土壤干燥后溶原性增加通过模拟干旱草原土壤中经常发生的夏季干燥，比较了两周干燥培养前后的结果。结果表明，土壤噬菌体群...
Hi-C技术源于基因组捕获技术(Chromosome conformation capture,3C),是分析染色质三维空间结构的一种测序方法,用于研究三维基因组。 什么是三维基因组? 白墨:一文读懂三维基因组(图文详解)328 赞同 · 15 评论文章 用途: 量化在三维空间中基因组的染色质间交联(cross-linked chromatin ) ...
然而,大多数宿主未知,无法获得其基因组特征。2023年11月23日,最新发表于《Nature communications》期刊题为“Hi-C metagenome sequencing reveals soil phage–host interactions”的文章,通过高通量染色体构象捕获(Hi-C)技术来直接捕获土壤中噬菌体与宿主的关系,为噬菌体介导的土壤细菌种群动力学提供了经验证据。 发布...
Hi-C的实验技术是由3C技术演化，融入了生物素捕获和高通量测序而来的。通过图1所示标准实验流程[1]，我们最终将获得全基因组范围内空间距离接近的DNA序列信息。Step1：利用甲醛将细胞核内自然状态下的DNA与蛋白质相交联，使空间上接近的DNA被固定住；Step2：使用限制性内切酶将基因组DNA切开并用带有生物素的碱基补平...
Hi-C可以与RNA-Seq、ChIP-Seq等数据进行联合分析,从基因调控网络和表观遗传网络来阐述生物体性状形成的相关机制。 图1. 染色体三维结构图 一、技术优势 1、无需专门构建群体,单个样本实现辅助基因组组装; 2、精确率高,人类基因组锚定染色体精确率为98%,排序和定;...
hi-c一次建库可以获取全基因组范围内的染色质互作信息,从而去研究染色质三维结构的不同层级单元,。通过hi-c来研究染色质三维结构,是其主要应用场景。除此之外,hi-c数据还有一个应用领域,那就是可以用来辅助基因组组装。 在NGS不断发展的今天,测序组装得到一个物种的基因组草图是一个非常容易的事情。然而,在草图的...
图2 利用Hi-C宏基因组学揭示土壤-噬菌体-宿主相互作用。 2、Hi-C宏基因组和宏转录组显示土壤干燥后溶原性增加 通过模拟干旱草原土壤中经常发生的夏季干燥,比较了两周干燥培养前后的结果。结果表明,土壤噬菌体群落随着土壤干燥而发生变化。在干燥前和干燥后的土壤中,仅检测到18.0%的总vOTU(图2)。Hi–C宏基因组...