于是，利用此特征，Joshua N Burton等人建立了一套基于Hi-C技术的基因组辅助组装与提升方法1。这套方法基本流程如图2所示。首先，利用染色体内互作概率高于染色体间互作这一特征将contigs分组，每一组将对应一条染色体。而后利用染色体内部距离越近互作概率越高这一特征将contigs排序并进一步确定方向。图2. Hi-C技术辅助...
Hi-C技术不仅可以研究染色体片段之间的相互作用,建立基因组折叠模型,还可以应用于基因组组装、单体型图谱构建、辅助宏基因组组装等,并可以与RNA-Seq、ChIP-Seq等数据进行联合分析,从基因调控网络和表观遗传网络来阐述生物体性状形成的相关机制。 以下来自菲沙基因讲解视频的整理。原视频https://www.bilibili.com/video/...
hi-c一次建库可以获取全基因组范围内的染色质互作信息,从而去研究染色质三维结构的不同层级单元,。通过hi-c来研究染色质三维结构,是其主要应用场景。除此之外,hi-c数据还有一个应用领域,那就是可以用来辅助基因组组装。 在NGS不断发展的今天,测序组装得到一个物种的基因组草图是一个非常容易的事情。然而,在草图的...
Hi-C技术是一种高通量染色体构象捕获技术，它通过结合染色质区域捕获与高通量测序技术，用于研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系。这项技术能够量化三维空间中基因组的染色质间交联，解析全基因组互作模式，构建三维空间结构模型，构建全基因组互作图谱，辅助提升基因组组装，以及构建基因组单体型图谱。一...
上一篇文章中小编对Hi-C在基因组组装方面的进行了详细的介绍（Hi-C系列一：基因组组装利器），但实际上，Hi-C辅助基因组组装仅仅只是Hi-C技术强大功能体系中的一小部分而已，作为高通量的染色质构象捕获技术（High-throughput Chromatin Conformation Capture），其强大的功能更多地是应用于基因组三维结构的解析和破译...
第三期——三维基因组与自身免疫疾病 菲沙基因 237 0 三维基因组学系列 第四期-染色质结构之TAD结构 菲沙基因 1350 0 第六讲——ATAC-seq上机操作 菲沙基因 707 0 第四讲——辅助组装PGA上机操作 菲沙基因 265 0 2024 年 11 月 14 日是第 18 个联合国糖尿病日,让我们一起拒绝 “甜蜜” 负担,不...
涉及主要技术:全基因组重测序(二代+三代)、Hi-C、ChIP-seq、RNA-seq 1.高质量萝卜基因组的组装 k-mer分析表明,NAU-LB基因组是高度纯合的,杂合度为0.14%,适合于提高基因组组装的质量。通过PacBio RSII平台共生成了54.01 Gb的reads(N50长度为18.06 Kb),对514.57 Mb基因组的覆盖深度为104.96 x。然后,用Illum...
Hi-C 除了用于辅助基因组组装、对已组装的基因组进行纠错,还可以揭示基因组的三维结构特征,包括从隔室(A/B Compartments)到拓扑相关结构域(TAD),再到染色体环(loop),以及多样本三维结构差异分析,包括Compartment A/B、TAD和Loop差异鉴定与分析,还可以与ChIP-seq、DNase-seq(或ATAC-seq)、WGBS、WGS和RNAseq等联合...
Hi-C是高通量染色体构象捕获(High-throughput Chromosome Conformation Capture, Hi-C)技术的简称,开发于2009年,最初用于捕获全基因组范围内所有的染色质内和染色质间的空间互作信息,目前已应用于基因表达的空间调控机制研究、构建染色体水平参考基因组、构建单体型图谱等。
1) 无论是Sanger测序、二代测序或者三代测序完成的,但是未组装到染色体水平的基因组。 2)基因组序列未知物种,Hi-C与常规de novo结合提高基因组组装水平。 3. 组装效果 表1 Hi-C辅助组装结果统计[2] 4. 技术优势 ...