1. Hi-C辅助组装原理 Hi-C技术实际分析的是基因组染色体上各位点间的互作概率。Lieberman-Aiden的文章中说明了基因组上互作概率的两个重要特征。如下图1所示：A）同一条染色体内的基因互作（顺式互作）远高于不同染色体间的互作（反式互作）。B）同一条染色体内部，两点间距离越远，互作概率越低。图1. 基因组...
TingXie等人利用这一方法成功实现了拟南芥基因组的直接组装。他们以拟南芥生态型Landsbergerecta(Ler) 为材料,采用约102 M PE reads的Hi-C数据对Ler的原始基因组(1705Scaffolds,total length:112.61 Mb,N50:341.63 kb)进行了辅助组装并与拟南芥参考基因组进行了比较。结果如图3所示:Scaffolds分配成染色体的准确率达到97%...
Hi-C技术是一种高通量染色体构象捕获技术，它通过结合染色质区域捕获与高通量测序技术，用于研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系。这项技术能够量化三维空间中基因组的染色质间交联，解析全基因组互作模式，构建三维空间结构模型，构建全基因组互作图谱，辅助提升基因组组装，以及构建基因组单体型图谱。一...
https://www.nature.com/articles/nbt.2727 在该文章中,提出了利用hi-c辅助基因组组装的具体思路,如下图所示 分成了三个步骤,第一步首先根据scaffold/contig的hi-c交互矩阵,进行聚类,属于同一条染色体的scaffold/contig聚到一起;第二步确定同一染色体上的多个scaffold/contig的排列顺序;第三步确定scaffold/contig的...
上一篇文章中小编对Hi-C在基因组组装方面的进行了详细的介绍（Hi-C系列一：基因组组装利器），但实际上，Hi-C辅助基因组组装仅仅只是Hi-C技术强大功能体系中的一小部分而已，作为高通量的染色质构象捕获技术（High-throughput Chromatin Conformation Capture），其强大的功能更多地是应用于基因组三维结构的解析和破译...
Part1首先来了解一下什么是Hi-C组装? Hi-C辅助基因组组装是指在已有二代或三代或光学图谱辅助组装的Draft genome序列和已知染色体数目的前提下,利用Hi-C测序数据将Draft genome序列进行染色体群组的划分,并确定各序列在染色体上的顺序和方向,使基因组组装组装水平提升到染色体水平的技术。具体实验技术流程如下图1. ...
Hi-C技术源于染色体构象捕获(Chromosome Conformation Capture, 3C)技术,利用高通量测序技术,结合生物信息分析方法,研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系,获得高分辨率的染色质三维结构信息。Hi-C技术不仅可以研究染色体片段之间的相互作用,建立基因组折叠模型,还可以应用于基因组组装、单体型图谱构建、辅助宏...
120秒带你快速了解基因组Denovo---基因组Survey知多少 菲沙基因 217 1 120秒带你快速了解基因组Denovo--第4期:揭开基因组注释的面纱 菲沙基因 378 0 120秒带你快速了解基因组De novo——第二期:基因组如何组装 菲沙基因 266 0 第二讲——Linux基础操作和软件安装 菲沙基因 641 0 揭秘生命密码,探索T2...
构建全基因组互作图谱 辅助提升基因组组装 构建基因组单体型图谱 二、原理及步骤 1、甲醛固定 先加入甲醛将基因组中参与染色质互作作用的蛋白质凝固。一般将活体样本在室温用 1-3%的甲醛处理 10-30min,但是此步骤会减少限制内切酶对DNA序列的消化效率,需要严格控制。
图4 噬菌体-宿主感染网络和群落共发生网络分析。a噬菌体-宿主感染网络，显示在至少两种重复土壤中检测到的噬菌体-宿主对。b通过使用三种网络推理方法的介数中心性，排名前五的宏基因组组装基因组（MAG）。4、噬菌体感染调节宿主种群动态研究观察到，在两周的土壤干燥培养后，每个宿主的平均病毒拷贝数（VPH）增加（图...