https://www.nature.com/articles/nbt.2727 在该文章中,提出了利用hi-c辅助基因组组装的具体思路,如下图所示 分成了三个步骤,第一步首先根据scaffold/contig的hi-c交互矩阵,进行聚类,属于同一条染色体的scaffold/contig聚到一起;第二步确定同一染色体上的多个scaffold/contig的排列顺序;第三步确定scaffold/contig的...
3. 影响Hi-C组装的因素 研究人员还进一步评估了不同基因组片段大小以及不同Hi-C测序数据量对Hi-C辅助基因组组装的影响。他们发现：基因组片段越大（N50越大），组装效果越好。基于相同的N50时，数据量越高，组装效果越好。4. Hi-C组装案例 案例一：Xie Ting等人利用这一方法成功实现了拟南芥基因组的直接组装。...
Hi-C辅助基因组组装是指在已有二代或三代或光学图谱辅助组装的Draft genome序列和已知染色体数目的前提下,利用Hi-C测序数据将Draft genome序列进行染色体群组的划分,并确定各序列在染色体上的顺序和方向,使基因组组装组装水平提升到染色体水平的技术。具体实验技术流程如下图1. 图1 Hi-C实验流程图 Part2那么Hi...
相比于遗传图谱和物理图谱,基于Hi-C的基因组组装具有更高的覆盖率和特异性,避免了繁琐的群体构建工作,实验周期短,成本减少。 缺点 对重复序列如着丝粒和端粒组装有困难; Hi-C技术的分辨率限制 Hi-C技术辅助基因组组装的理论依据是“近程交互作用高于远程交互”,但是这个规律在某些特定区域(如TAD)等并不总是成立。
表1. 组装数据量 结果如表2所示,单纯利用Hi-C技术将contigs分配成染色体的准确率可以达到98%。而排序的正确率可以达到94%。 表2. Hi-C辅助基因组组装结果评估 影响Hi-C组装的因素 研究者还进一步评估了不同基因组片段大小以及不同Hi-C测序数据量对Hi-C辅助基因组组装的影响。他们发现:基因组片段越大(即N50越...
然而Hi-C辅助基因组组装无需遗传图谱,单个个体就能将scaffold定位到染色体上,基因组组装提升至染色体水平。 Hi-C技术源于染色体构象捕获技术,利用高通量测序技术,结合生物信息分析方法,研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系,获得高分辨率的染色质三维结构信息。基于Hi-C数据中染色质片段间的交互...
Erez Lieberman Aiden介绍了利用Hi-C技术辅助基因组组装的原理和方法。利用染色体交互强度随空间距离增大而衰减的特性,能够将相同染色体的Contig进行聚类,同时协助排序和定向。将Hi-C和Pacbio相结合,能将其Contig的NG50提升至11.8Mb,而组装的结果仅含有173个gap。目前,Hi-C技术现已广泛应用于动物、植物、微生物的基因...
Hi-C技术能有效辅助基因组组装。 ——Erez Lieberman Aiden 贝勒医学院助理教授Erez Lieberman Aiden Erez Lieberman Aiden介绍了利用Hi-C技术辅助基因组组装的原理和方法。利用染色体交互强度随空间距离增大而衰减的特性,能够将相同染色体的Contig进行聚类,同时协助排序和定向。将Hi-C和Pacbio相结合,能将其Contig的NG50...
1.Hi-C 辅助组装(PGA)技术原理 染色体疆域 染色质在细胞核内分布的并不是随机分布的,而是不同染色体占据不同的空间。 染色体疆域 Hi-C实验原理图 Hi-C实验原理图 基因组互作衰减 染色体内互作强度较强,但也随着空间距离的增大互作强度在衰减 互作衰减 ...
Hi-C技术以整个细胞核为研究对象,来研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系,通过对染色质内全部DNA相互作用模式进行捕获,获得高分辨率的染色质三维结构信息。 应用方向? 目前基于Hi-C的主要应用可分成主要三个方向: ►辅助基因组组装 ►揭示基因组三维结构...