hi-c辅助基因组组装简介 hi-c一次建库可以获取全基因组范围内的染色质互作信息,从而去研究染色质三维结构的不同层级单元,。通过hi-c来研究染色质三维结构,是其主要应用场景。除此之外,hi-c数据还有一个应用领域,那就是可以用来辅助基因组组装。 在NGS不断发展的今天,测序组装得到一个物种的基因组草图是一个非常...
第四讲——辅助组装PGA上机操作 菲沙基因 265 0 2024 年 11 月 14 日是第 18 个联合国糖尿病日,让我们一起拒绝 “甜蜜” 负担,不做 “小糖人”,为健康助力,积极预防,科学对待糖尿病! 菲沙基因 158 0 国际素食日——植物知多少 菲沙基因 180 0 三维基因组学系列 第二期-走进基因组三维结构之方法篇...
Hi-C技术源于染色体构象捕获(Chromosome Conformation Capture, 3C)技术,利用高通量测序技术,结合生物信息分析方法,研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系,获得高分辨率的染色质三维结构信息。Hi-C技术不仅可以研究染色体片段之间的相互作用,建立基因组折叠模型,还可以应用于基因组组装、单体型图谱构建、辅助宏...
Erez Lieberman Aiden介绍了利用Hi-C技术辅助基因组组装的原理和方法。利用染色体交互强度随空间距离增大而衰减的特性,能够将相同染色体的Contig进行聚类,同时协助排序和定向。将Hi-C和Pacbio相结合,能将其Contig的NG50提升至11.8Mb,而组装的结果仅含有173个gap。目前,Hi-C技术现已广泛应用于动物、植物、微生物的基因...
将contigs组装到假染色体层面,实现基因组组装到染色体层面 辅助组装 3.Hi-C技术主流辅助组装软件 1.Cluster(聚类)。因为染色质内的互 作强度要高于染色质间的互作强度,所 以先对contig/scaffold进行聚类成染色体群。 2.Order(排序)。确定每个染色体群中contig/scaffold的顺序 ...
Erez Lieberman Aiden介绍了利用Hi-C技术辅助基因组组装的原理和方法。利用染色体交互强度随空间距离增大而衰减的特性,能够将相同染色体的Contig进行聚类,同时协助排序和定向。将Hi-C和Pacbio相结合,能将其Contig的NG50提升至11.8Mb,而组装的结果仅含有173个gap。目前,Hi-C技术现已广泛应用于动物、植物、微生物的基因...
文献解读|使用hi-C数据辅助埃及伊蚊基因组的组装 早在2013年的时候, 就已经有科学家提出了利用Hi-C数据来辅助基因组组装的思路,可以将scaffold进一步提升到染色体级别的长度,并提供了配套的分析软件LACHESIS。该软件默认输入的基因组组装结果完全正确,后续的操作都是建立在这个前提下。然而实际情况中,受到组装算法的限制...
本课程涉及Hi-C辅助组装的分析内容。利用三维基因组互作信息构建染色体,目前几乎成为高质量基因组的标配。这次课程主要从Hi-C辅助基因组组装的原理、比对和组装等
Hi-C数据分析的分析流程简述如下: 首先对下机数据进行质控去接头获得高质量的clean reads,然后将数据比对到已经组装的基因组序列上并去除PCR重复。利用去噪矫正之后的交互数据,构建染色质交互矩阵,针对其染色质三维空间结构特征,选取合适的聚类模型将未定位scaffolds锚定到染色体上,并采用相应的排序算法确定挂载scaffolds的...
A.苦荞和北京烤鸭 B.苦荞和糜子 C.水稻和糜子 D.水稻和北京烤鸭 查看答案