4. Hi-C组装案例 案例一：Xie Ting等人利用这一方法成功实现了拟南芥基因组的直接组装。他们采用约102 M PE reads的Hi-C数据对拟南芥的原始基因组数据（1705个Scaffolds，total length：112.61 Mb，N50：341.63 kb）进行了辅助组装并与拟南芥参考基因组比较。结果如图3所示：Scaffolds分配到染色体的准确率达到97%...
https://www.nature.com/articles/nbt.2727 在该文章中,提出了利用hi-c辅助基因组组装的具体思路,如下图所示 分成了三个步骤,第一步首先根据scaffold/contig的hi-c交互矩阵,进行聚类,属于同一条染色体的scaffold/contig聚到一起;第二步确定同一染色体上的多个scaffold/contig的排列顺序;第三步确定scaffold/contig的...
解锁基因组奥秘,Hi-C辅助组装带你探索未知领域,快来关注!知识 科学科普 科学 生物 科普 基因组 菲沙基因 发消息 以生物信息学助推生命科学的研究,以基因组医学促进人类健康的发展;专属二次元老婆?星流AI在线生成 在线成图>> 基因组Denovo (3/6) 自动连播 1249播放 简介 订阅合集 120秒带你快速了解基因组De...
Hi-C技术源于染色体构象捕获(Chromosome Conformation Capture, 3C)技术,利用高通量测序技术,结合生物信息分析方法,研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系,获得高分辨率的染色质三维结构信息。Hi-C技术不仅可以研究染色体片段之间的相互作用,建立基因组折叠模型,还可以应用于基因组组装、单体型图谱构建、辅助宏...
Hi-C辅助基因组组装是指在已有二代或三代或光学图谱辅助组装的Draft genome序列和已知染色体数目的前提下,利用Hi-C测序数据将Draft genome序列进行染色体群组的划分,并确定各序列在染色体上的顺序和方向,使基因组组装组装水平提升到染色体水平的技术。具体实验技术流程如下图1. ...
图3. 拟南芥基因组Hi-C辅助组装结果 Hi-C组装的优势 （1）Hi-C包含全基因组互作信息，序列覆盖更全...
上一篇文章中小编对Hi-C在基因组组装方面的进行了详细的介绍（Hi-C系列一：基因组组装利器），但实际上，Hi-C辅助基因组组装仅仅只是Hi-C技术强大功能体系中的一小部分而已，作为高通量的染色质构象捕获技术（High-throughput Chromatin Conformation Capture），其强大的功能更多地是应用于基因组三维结构的解析和破译...
1.Hi-C 辅助组装(PGA)技术原理 染色体疆域 染色质在细胞核内分布的并不是随机分布的,而是不同染色体占据不同的空间。 染色体疆域 Hi-C实验原理图 Hi-C实验原理图 基因组互作衰减 染色体内互作强度较强,但也随着空间距离的增大互作强度在衰减 互作衰减 ...
1) 无论是Sanger测序、二代测序或者三代测序完成的,但是未组装到染色体水平的基因组。 2)基因组序列未知物种,Hi-C与常规de novo结合提高基因组组装水平。 3. 组装效果 表1 Hi-C辅助组装结果统计[2] 4. 技术优势 ...
基因组组装和拼接质量是一切基因组后续分析的前提。无论是Sanger测序、二代测序或者三代测序完成的基因组,都很难将基因组组装到染色体水平。那么在原有的测序技术之上,还有那些技术可以辅助组装呢? 什么是? Hi-C( Chromosome conformation capture, 3C)又称3C,是2009年由Job Dekker研究团队首次提出【1】,并利用该技...