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其中pruning步骤是ALLHiC区别于其他软件的关键一步。因此我专门将其挑选出来进行介绍，红色实线是潜在的坍缩区域（组装时因为序列高度相似而没有拆分），而其他颜色实线则是不同的单倍型（我用浅灰色椭圆进行区分）。粉红色虚线指的是等位基因间的HiC信号，而黑色虚线则是坍缩区域和未坍缩区域的HiC信号。ALLHiC在这一步...
Juicer: HiC数据分析与辅助基因组组装 导读 本文主要对处理HiC数据的Juicer程序进行一个简短的介绍,并展示如何利用Juicer进行基因组组装中染色体挂载的第一步。 1. 介绍 算法介绍 Juicer[1]是一款能够提供一键式分析Loop-Resolution的程序。 特点 只需一次单击,用户就能够处理terabase规模的Hi-C数据集 自动注释Loops和...
使用ALLHiC基于HiC数据辅助基因组组装 基因组组装大致可以分为三步( 1)根据序列之间的重叠情况构建出contig,( 2)基于二代的mate pair文库或光学图谱将contig搭建成scaffold,( 3)对scaffold进行排序和调整方向得到最终的准染色体级别的基因组。 目前的三代测序组装能够搞定第一步和第二步。而在将contig/scaffold提升至...
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