ALLHiC一共分为五步(见下图，Zhang et al., 2019)，pruning, partition, rescue, optimization, building，要求的输入文件为HiC数据比对后的BAM和一个Allele.ctg.table。其中pruning步骤是ALLHiC区别于其他软件的关键一步。因此我专门将其挑选出来进行介绍，红色实线是潜在的坍缩区域（组装时因为序列高度相似而没有拆分...
本文主要对处理HiC数据的Juicer程序进行一个简短的介绍,并展示如何利用Juicer进行基因组组装中染色体挂载的第一步。 1. 介绍 算法介绍 Juicer[1]是一款能够提供一键式分析Loop-Resolution的程序。 特点 只需一次单击,用户就能够处理terabase规模的Hi-C数据集 自动注释Loops和Domains Juicer是一款开源的程序 与多个集群操...
HiC的文库构建示意图如下,我们所需要的就是最终双端测序的两端序列之间的距离关系。 图片来自于Illumina 目前利用HiC数据进行组装软件有 LACHESIS, HiRise, SALSA1, 3D-DNA等,这些软件在动物基因组上和简单植物基因组上表现都不错,但是不太适合直接用于多倍体物种和高杂合物种的组装上。主要原因就是等位基因序列的相似...