3.Hi-C技术主流辅助组装软件 1.Cluster(聚类)。因为染色质内的互 作强度要高于染色质间的互作强度,所 以先对contig/scaffold进行聚类成染色体群。 2.Order(排序)。确定每个染色体群中contig/scaffold的顺序 3.Orient(定向)。确定每个 contig/scaffold的方向三个步骤按照互作强度依次 ...
1:将双端测序reads比对到已有二代或三代组装的的Draft genome序列。 2. 将比对得到的bam文件进行排序筛选两端都成功map到参考基因组上的reads就可以认为是1对raw Hi-C interaction;3. 保留map位置上游500bp有酶切位点且两个map的位置不能距离较远的raw Hi-C interaction最终得到Hi-C raw matrix。 特点? ►...
Hi-C技术以整个细胞核为研究对象,来研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系,通过对染色质内全部DNA相互作用模式进行捕获,获得高分辨率的染色质三维结构信息。 应用方向? 目前基于Hi-C的主要应用可分成主要三个方向: ►辅助基因组组装 ►揭示基因组三维结构 ►基因组单倍型图谱构建 为何可用于组装?
LACHESIS这个软件名字起得很好,Lachesis是希腊神话众神之一,负责决定生命之线的长度,但是安装起来,却非常折腾生命,很是麻烦。该软件是由shendurelab开发的用于辅助基因组组装的工具,13年发表在nat bio( http…
1.一种利用hi-c技术的基因辅助组装的方法,包括: 2.根据权利要求1所述的方法,其中,所述数据包括read,和/或,所述数据集包括多个reads。 3.根据权利要求1所述的方法,其中,所述挑选的条件包括:挑选数据的双端均比对到参考基因组数据集唯一位置的数据。
一开始我用conda install -c yuxiang samtools 安装的0.1.19的samtools,在miniconda3/bin/目录也能成功运行,可提示samtools安装不正确,我们注意一下上面几个no提醒,conda安装的bin/目录下没有sam.h这样的文件,而非conda安装的有。手动安装0.1.19版本的samtools后再export后,这个错误就没有了。 4.后记: 这款软件没...
Lachesis软件，由shendurelab开发，用于辅助基因组组装，其发表于nat bio杂志。然而，在安装此软件时，用户会面临一系列挑战。软件的依赖包繁多，且对版本有严格要求。在使用conda进行安装时，发现缺少必要的依赖包，使得安装过程变得复杂。在安装过程中，需要安装两个依赖包：一个较低版本的samtools（低于0....
早在2013年的时候, 就已经有科学家提出了利用Hi-C数据来辅助基因组组装的思路,可以将scaffold进一步提升到染色体级别的长度,并提供了配套的分析软件LACHESIS。该软件默认输入的基因组组装结果完全正确,后续的操作都是建立在这个前提下。然而实际情况中,受到组装算法的限制,基因组草图中会存在拼接错误的情...
一开始我用conda install -c yuxiang samtools 安装的0.1.19的samtools,在miniconda3/bin/目录也能成功运行,可提示samtools安装不正确,我们注意一下上面几个no提醒,conda安装的bin/目录下没有sam.h这样的文件,而非conda安装的有。手动安装0.1.19版本的samtools后再export后,这个错误就没有了。