使用3D-DNA做基因组组装的整体流程如下图,分别为组装,Juicer分析Hi-C数据,3D-DNA进行scaffolding,使用JBAT对组装结果进行手工纠正,最终得到准染色体水平的基因组。 总体流程 基因组组装可以是二代测序方法,也可以是三代测序组装方法,总之会得到contig。 Juicer的工作流程见下图,输入原始的fastq文件,处理得到中间文件.hi...
4、目前hi-c辅助组装一般步骤如下:1.数据的统计和过滤;2.hi-c文库评估;3.纠正;4.hi-c辅助组装;5.组装后评估。但是现有hi-c辅助组装的挂载率有待提高,而且需要更成熟的流程进行支撑。 技术实现思路 1、为了解决上述问题,本发明提供了一种利用hi-c技术的基因辅助组装方法,采用本发明的方法,能够将hi-c辅助组...
41、来源于同一亲本片段之间的hi-c连接数大于第一设定值,不同亲本片段之间的连接数小于第一设定值;属于杂合区域的片段来源于父本或母本两类,根据hi-c连接数将属于杂合区域的片段分型成两类,同一类片段之间的hi-c连接数大于第二设定值,而不同类片段之间的hi-c连接数小于第二设定值;纯合区域的片段不携带父母本信...
为此希望组开发出自动化Hi-C纠错挂载流程,可以进行Hi-C互作热图绘制展示和组装结果调整,从图形上快速校正已有组装的错误。某大型基因组经过自动化Hi-C纠错、校正以后组内错误得到了极大改善,热图中邻近的序列间(对角线位置)交互强度高,而非邻近的序列之间(非对角线位置)的交互信号强度弱,在对角线以外区域没有明显的...