1、亚洲棉基因组组装更新 利用三代测序仪PacBio平台共获得142.54Gb的原始数据,组装1.71Gb亚洲棉基因组,Contig N50=1.1 Mb,最长的Contig为12.37 Mb。利用Hi-C技术获得超过20×的reads,将组装的1573Mb的数据定位到13条染色体上,与已经发表的基因组相比,当Hi-C数据比对到更新的基因组后,对角线外的不一致性明显减少(...
文中利用北京百迈客生物科技有限公司的Hi-C建库测序技术,并结合明瑞光课题组独立研发的ALLHiC算法成功地将甘蔗基因组组装到染色体水平,高质量甘蔗基因组的获得印证了百迈客Hi-C研究在科研领域中的绝对优势。 图2甘蔗同源多倍体甘蔗基因组Hi-C热图 Paper 3:陆地棉和海岛棉基因组迭代更新 2018年12月4日,华中农业大学作...
例如,在棉花的三维基因组进化文章中,作者对二倍体雷蒙德氏棉、二倍体亚洲棉、四倍体陆地棉和四倍体海岛棉构建了三维基因组图谱,与雷蒙德氏棉D03染色体相比,陆地棉和海岛棉对应的D亚基因组中发生了染色质重排,虚线对应的TAD结构发生了变化,雷蒙德氏棉中该TAD结构完整,存在明显的边界,陆地棉中该边界发生了左移,而海岛棉...
四倍体陆地棉和四倍体海岛棉构建了三维基因组图谱,与雷蒙德氏棉D03染色体相比,陆地棉和海岛棉对应的D亚基因组中发生了染色质重排,虚线对应的TAD结构发生了变化,雷蒙德氏棉中该TAD结构完整,存在明显的边界,陆地棉中该边界发生了左移,而海岛棉中该TAD趋向于消失。
1. 研究大幅提升了海岛棉Hai7124和陆地棉TM-1基因组的完整性,尤其完善了在重复序列富集的着丝粒区域的组装。 2. 功能基因研究,深度挖掘与海岛棉优质纤维发育及陆地棉广适性密切相关的组学机制。 案例二 水牛基因组染色体水平组装在序列连续性方面超过了人类和山羊基因组 ...
目前Hi-C技术主要的应用方向是辅助基因组组装和染色质互作。辅助基因组组装:在已有二代或三代组装的Draft genome序列和已知染色体数目的前提下,利用Hi-C测序数据将Draft genome序列进行染色体群组的划分,并确定各序列在染色体上的顺序和方向,使基因组组装组装水平提升到染色体水平。染色质互作:利用Hi-C技术揭示基因组的...
文中利用北京百迈客生物科技有限公司的三代PacBio测序技术、Hi-C染色体挂载技术(海岛棉及陆地棉染色体挂载率分别高达97.68%和98.94%)获得了高质量栽培种异源四倍体棉基因组[3]。 陆地棉和海岛棉基因组Hi-C热图 04 2018年10月8日,福建农林大学基因组研究中心明瑞光课题组首次完成了同源多倍体甘蔗基因组密码破译,该研究...
1. 研究大幅提升了海岛棉Hai7124和陆地棉TM-1基因组的完整性,尤其完善了在重复序列富集的着丝粒区域的组装。 2. 功能基因研究,深度挖掘与海岛棉优质纤维发育及陆地棉广适性密切相关的组学机制。 案例二 水牛基因组染色体水平组装在序列连续性方面超过了人类和山羊基因组 Chromosome-level assembly of the water buffalo...
本研究通过全基因组测序,Hi-C辅助组装,深入解析了四倍体棉花的起源及种间分化的遗传机制,揭示了陆地棉广适性及海岛棉优质的遗传基础。 研究结果 1. 研究大幅提升了海岛棉Hai7124和陆地棉TM-1基因组的完整性,尤其完善了在重复序列富集的着丝粒区域的组装。 2. 功能基因研究,深度挖掘与海岛棉优质纤维发育及陆地棉广适...
1. 研究大幅提升了海岛棉Hai7124和陆地棉TM-1基因组的完整性,尤其完善了在重复序列富集的着丝粒区域的组装。 2. 功能基因研究,深度挖掘与海岛棉优质纤维发育及陆地棉广适性密切相关的组学机制。 案例二 水牛基因组染色体水平组装在序列连续性方面超过了人类和山羊基因组 Chromosome-level assembly of the water buffalo...