3. 影响Hi-C组装的因素 研究人员还进一步评估了不同基因组片段大小以及不同Hi-C测序数据量对Hi-C辅助基因组组装的影响。他们发现：基因组片段越大（N50越大），组装效果越好。基于相同的N50时，数据量越高，组装效果越好。4. Hi-C组装案例 案例一：Xie Ting等人利用这一方法成功实现了拟南芥基因组的直接组装。...
https://www.nature.com/articles/nbt.2727 在该文章中,提出了利用hi-c辅助基因组组装的具体思路,如下图所示 分成了三个步骤,第一步首先根据scaffold/contig的hi-c交互矩阵,进行聚类,属于同一条染色体的scaffold/contig聚到一起;第二步确定同一染色体上的多个scaffold/contig的排列顺序;第三步确定scaffold/contig的...
研究者还进一步评估了不同基因组片段大小以及不同Hi-C测序数据量对Hi-C辅助基因组组装的影响。他们发现:基因组片段越大(即N50越大),组装效果越好。相同N50时,数据量越高,组装效果越好。 其他Hi-C组装案例 TingXie等人利用这一方法成功实现了拟南芥基因组的直接组装。他们以拟南芥生态型Landsbergerecta(Ler) 为材料,...
Hi-C技术源于染色体构象捕获(Chromosome Conformation Capture, 3C)技术,利用高通量测序技术,结合生物信息分析方法,研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系,获得高分辨率的染色质三维结构信息。Hi-C技术不仅可以研究染色体片段之间的相互作用,建立基因组折叠模型,还可以应用于基因组组装、单体型图谱构建、辅助宏...
上一篇文章中小编对Hi-C在基因组组装方面的进行了详细的介绍（Hi-C系列一：基因组组装利器），但实际上，Hi-C辅助基因组组装仅仅只是Hi-C技术强大功能体系中的一小部分而已，作为高通量的染色质构象捕获技术（High-throughput Chromatin Conformation Capture），其强大的功能更多地是应用于基因组三维结构的解析和破译...
Hi-C技术是一种高通量染色体构象捕获技术，它通过结合染色质区域捕获与高通量测序技术，用于研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系。这项技术能够量化三维空间中基因组的染色质间交联，解析全基因组互作模式，构建三维空间结构模型，构建全基因组互作图谱，辅助提升基因组组装，以及构建基因组单体型图谱。一...
Hi-C辅助基因组组装是指在已有二代或三代或光学图谱辅助组装的Draft genome序列和已知染色体数目的前提下,利用Hi-C测序数据将Draft genome序列进行染色体群组的划分,并确定各序列在染色体上的顺序和方向,使基因组组装组装水平提升到染色体水平的技术。具体实验技术流程如下图1. ...
Hi-C辅助组装实验流程 利用甲醛对样本进行交联,质检合格后使用限制性内切酶(如MboI等)进行酶切,酶切片段经生物素标记、平末端连接、DNA纯化提取,超声打断后钓取含有生物素的片段,进行建库测序。 随后,对原始下机数据进行质控,并将质控截取后的Clean reads与参考基因组比对,获得用于互作分析的Valid reads。由于Hi-C文...
三维基因组学系列 第四期-染色质结构之TAD结构 菲沙基因 1350 0 第六讲——ATAC-seq上机操作 菲沙基因 707 0 第四讲——辅助组装PGA上机操作 菲沙基因 265 0 2024 年 11 月 14 日是第 18 个联合国糖尿病日,让我们一起拒绝 “甜蜜” 负担,不做 “小糖人”,为健康助力,积极预防,科学对待糖尿病!
scNanoHi-C还是一种强大且多功能的工具，可用于在单细胞分辨率准确区分细胞类型、对单个二倍体细胞进行高效单倍型分型、检测单个正常细胞和肿瘤细胞中的基因组拷贝数变异和各种复杂结构变异以及高效辅助单细胞基因组从头组装。更重要的是，scNanoHi-C 首次实现了在单个细胞中在全基因组水平对增强子-启动子的高阶直接...