泛三维基因组是指通过Hi-C技术与泛基因组研究技术,在考虑基因组序列、基因结构及其调控元件的同时,对基因组序列在细胞核内的三维空间结构与结构变异和基因家族功能研究相结合, 实现对物种基因组的遗传机制和生物功能的深入挖掘。 其中,Hi-C技术已作为基因组染色体挂载的常规手段,用于辅助基因组组装。同时,Hi-C技术广...
Hi-C 是一种基于测序的方法,用于分析全基因组染色质互作。它已广泛应用于研究各种生物学问题,如基因调控、染色质结构、基因组组装等。Hi-C 实验涉及一系列生物化学反应,可能会在输出中引入噪声。随后的数据分析也会产生影响最终输出噪声:互作矩阵,其中矩阵中的每个元素表示基因组任意两个区域之间的互作强度。因此,Hi...
图1. 基因组互作概率特征 于是，利用此特征，Joshua N Burton等人建立了一套基于Hi-C技术的基因组辅助组装与提升方法1。这套方法基本流程如图2所示。首先，利用染色体内互作概率高于染色体间互作这一特征将contigs分组，每一组将对应一条染色体。而后利用染色体内部距离越近互作概率越高这一特征将contigs排序并进一步确定...
基于Hi-C的实验数据,主要可以进行三大块应用,包括辅助基因组组装、揭示基因组三维结构、基因组单倍型图谱构建。 辅助基因组组装 技术原理 我们知道,Hi-C技术实际分析的是基因组染色体上各位点间的互作概率。Lieberman-Aiden的文章中提到,基因组上互作概率有两个重要特征。如下图1所示:A)染色体内互作高于不同染色质间...
1互作矩阵构建 我们将基因组参考序列按照一定的大小分配成固定的区块（bins）。通过将过滤后双端序列两端分别分配到基因组上不同的bins内，我们就可以构建出该物种的基因组互作矩阵图谱。这个指定的大小就是互作图谱的分辨率，而矩阵内的每个值代表其在坐标轴上的bin bin内存在多少对Hi-C reads。即这两个bins间发生...
1互作矩阵构建 我们将基因组参考序列按照一定的大小分配成固定的区块(bins)。通过将过滤后双端序列两端分别分配到基因组上不同的bins内,我们就可以构建出该物种的基因组互作矩阵图谱。这个指定的大小就是互作图谱的分辨率,而矩阵内的每个值代表其在坐标轴上的bin bin内存在多少对Hi-C reads。即这两个bins间发生了...
为什么要做数据矫正? Eitan Yaffe & Amos Tanay;2011 数据矫正效果 可做的分析 1.cis/trans互作比例 2.互作频率与距离有关 3.compartment分析 4.TAD分析 5.显著互作分析 image.png Hi-C的应用 1.解析全基因组互作模式 2.辅助提升基因组组装 3.构建基因组单体型图谱...
Hi-C 技术源于基因组捕获技术(Chromosome conformation capture,3C),用于分析染色质三维空间结构的一种测序方法。1 关于什么是三维基因组,可以参考:一文读懂三维基因组 用途: 量化在三维空间中基因组的染色质间交联(cross-linked chromatin) 解析全基因组互作模式,如启动子和增强子互作 ...
结构变异检测方法（WGS、光学图谱、Hi-C）比较[3]Hi-C具有广泛的基因组互作信息，两个基因组位点之间的空间距离可以通过两个基因组位点之间的连接reads数（相互作用或互作频率）来估计。相互作用频率随基因组距离呈指数衰减。在基因组片段的重排事件中，发生重排的基因组区域因为线性距离的变化造成区域内基因组片段之间...