1.cis/trans互作比例 2.互作频率与距离有关 3.compartment分析 4.TAD分析 5.显著互作分析 image.png Hi-C的应用 1.解析全基因组互作模式 2.辅助提升基因组组装 3.构建基因组单体型图谱 参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4556012/https://www.ncbi.nlm.ni
自2009年Lieberman-Aiden首次提出Hi-C技术以来，这一方法已逐渐成为染色质互作、基因表达调控、基因组辅助组装及三维基因组研究中的不可或缺的工具。在过去的十年间，以Hi-C为关键词在NCBI上搜索到的SCI文献已超过1170篇，且增长趋势显著（见图1）。特别在基因组组装方面，随着三代测序技术的迅猛发展，众多高质量、...
ATAC-seq产品可以获得全基因范围内处于开放状态的染色质区域;通过分析染色质开放区域的motif,可以获得潜在的活跃转录因子及其靶基因。Hi-C互作产品可以将基因组上原本分散的远距离调控元件与其调控区域联系起来,有助于解析基因的转录调控、增强子与启动...
Hi-C 是一种基于测序的方法,用于分析全基因组染色质互作。它已广泛应用于研究各种生物学问题,如基因调控、染色质结构、基因组组装等。Hi-C 实验涉及一系列生物化学反应,可能会在输出中引入噪声。随后的数据分析也会产生影响最终输出噪声:互作矩阵,其中矩阵中的每个元素表示基因组任意两个区域之间的互作强度。因此,Hi...
Hi-C技术实际分析的是基因组染色体上各位点间的互作概率。Lieberman-Aiden的文章中说明了基因组上互作概率的两个重要特征。如下图1所示：A）同一条染色体内的基因互作（顺式互作）远高于不同染色体间的互作（反式互作）。B）同一条染色体内部，两点间距离越远，互作概率越低。图1. 基因组互作概率特征 利用此特征...
构建全基因组互作图谱 辅助提升基因组组装 构建基因组单体型图谱 二、原理及步骤 1、甲醛固定 先加入甲醛将基因组中参与染色质互作作用的蛋白质凝固。一般将活体样本在室温用 1-3%的甲醛处理 10-30min,但是此步骤会减少限制内切酶对DNA序列的消化效率,需要严格控制。 2、酶切序列 用限制性内切酶切割基因组,打断后的...
通过Hi-C实验以及高通量测序，我们会获得大量全基因组范围内空间距离接近的DNA序列信息，由于酶切连接的过程会不可避免的产生同一片段自连和非交联片段随机连接，后续分析流程中需采用一定的质控标准过滤掉这些无效数据，从而获得高质量的基因互作信息。Hi-C数据的标准处理流程主要包括：序列比对、数据过滤、数据Binning（...
泛三维基因组是指通过Hi-C技术与泛基因组研究技术,在考虑基因组序列、基因结构及其调控元件的同时,对基因组序列在细胞核内的三维空间结构与结构变异和基因家族功能研究相结合, 实现对物种基因组的遗传机制和生物功能的深入挖掘。 其中,Hi-C技术已作为基因组染色体挂载的常规手段,用于辅助基因组组装。同时,Hi-C技术广...
结构变异检测方法（WGS、光学图谱、Hi-C）比较[3]Hi-C具有广泛的基因组互作信息，两个基因组位点之间的空间距离可以通过两个基因组位点之间的连接reads数（相互作用或互作频率）来估计。相互作用频率随基因组距离呈指数衰减。在基因组片段的重排事件中，发生重排的基因组区域因为线性距离的变化造成区域内基因组片段之间...
通过Hi-C互作图谱识别多种类型的结构变异[4] 03 三维结构和结构变异之间的关系 疾病相关的结构变异与三维基因组结构紧密关联。癌症基因组中SV可以通过多种方式改变转录,包括改变拷贝数和改变DNA compartment结构、TAD结构,以及通过影响loop来改变增强子、启动子和其他转录调控元件之间的相互作用。