Hi-C技术是染色体构象捕获(Chromosome conformation capture,简称为3C)的一种衍生技术,是指基于高通量进行染色体构象的捕获,它能够在全基因组范围内捕捉不同基因座位之间的高分辨率空间交互信息,研究三维空间中调控基因的DNA元件。与WGS、RNA-seq、ATAC-seq、 CUT&Tag等多组学联合分析,研究不同物种基因组空间结构(compar...
上一篇文章中小编对Hi-C在基因组组装方面的进行了详细的介绍(Hi-C系列一:基因组组装利器),但实际上,Hi-C辅助基因组组装仅仅只是Hi-C技术强大功能体系中的一小部分而已,作为高通量的染色质构象捕获技术(High-throughput Chromatin Conformation Capture),其强大的功能更多地是应用于基因组三维结构的解析和破译。 Hi-...
用于稀释Hi-C数据的早期矩阵通常是一个包含所有矩阵中的值的密集矩阵形式,按照系统顺序(例如按行)排列。然而,这种方法对于包含数百亿个元素的千碱基分辨率矩阵来说并不高效。对于像矩阵平衡标准化这样的全矩阵操作,很难将整个矩阵加载到内存中。密集矩阵形式仍然用于关注小区域的高分辨率矩阵的分析,但它无法扩展到整个...
. Hi-C数据类型说明valid pair：基因组上不同位点DNA经酶切和连接形成的嵌合体DNA片段；single side：仅有一端序列可以唯一匹配到基因组上的DNA片段；self circles：同一位点DNA片段两端环化自连形成；dangling ends：未经过连接反应，双端均在同一基因组位置上的DNA片段；unmapped：双端均无法唯一匹配到基因组上的DN...
泛三维基因组是指通过Hi-C技术与泛基因组研究技术,在考虑基因组序列、基因结构及其调控元件的同时,对基因组序列在细胞核内的三维空间结构与结构变异和基因家族功能研究相结合, 实现对物种基因组的遗传机制和生物功能的深入挖掘。 其中,Hi-C技术已作为基因组染色体挂载的常规手段,用于辅助基因组组装。同时,Hi-C技术广...
Hi-C技术源于染色体构象捕获(Chromosome Conformation Capture, 3C)技术,利用高通量测序技术,结合生物信息分析方法,研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系,获得高分辨率的染色质三维结构信息。Hi-C技术不仅可以研究染色体片段之间的相互作用,建立基因组折叠模型,还可以应用于基因组组装、单体型图谱构建、辅助宏...
第 1 步：DNA 变性。在 95°C 时，DNA 变性（即两条链分离）。第 2 步：引物退火。在 40°C-...
三维基因组Hi-C技术在基因组学研究中有着广泛的应用 染色体空间结构研究:Hi-C技术可以揭示染色体的三维结构和空间组织,如染色体环域(chromosome compartment)、TAD(染色质域)以及A/B亚染色质区域等,帮助我们了解染色体在细胞核内的折叠状态和整体结构。 染色体相互作用网络构建:Hi-C可以构建染色体之间的相互作用网络,研...
Hi-C可以与RNA-Seq、ChIP-Seq等数据进行联合分析,从基因调控网络和表观遗传网络来阐述生物体性状形成的相关机制。 图1. 染色体三维结构图 一、技术优势 1、无需专门构建群体,单个样本实现辅助基因组组装; 2、精确率高,人类基因组锚定染色体精确率为98%,排序和定;...
1.1 Hi-C技术 高通量染色体构象捕获技术(High-throughput chromosome conformation capture)研究全基因组三维构象及分析染色质片段相互作用的实验技术 1.2 Hi-C目的 了解核内染色质的三维构象、获得细胞核内空间位置非常接近或存在相互作用的染色质测序片段更好地研究染色质内或染色质间的互作、基因调控元件在全基因组范围...