HiC技术实验原理 将三维基因组甲醛交联固定,用内切酶进行酶切,酶切完在末端加生物素进行末端修复,然后进行连接,连接后对去除蛋白并打断成小片段,用磁珠捕获带生物素的片段进行测序。 Hi-C分析流程 (a)首先是质控,过滤后高质量的FASTQ数据(PE,150bp),如果比对软件不支持split mapping的话,一般选用迭代比对,因为连接...
三维基因组学_HI-C技术 技术概述 染色体由DNA与组蛋白共同组成,从染色体的一级结构(绳珠模型)到四级超螺旋折叠结构,DNA分子一共被压缩了8400倍左右,正是这些折叠和压缩,导致基因在细胞中的分布复杂而又有序。 基于基因组序列,调控元件和相关的注释的信息,科学家们发现,它们在空间结构上并不是在染色体上呈线性地一...
用于稀释Hi-C数据的早期矩阵通常是一个包含所有矩阵中的值的密集矩阵形式,按照系统顺序(例如按行)排列。然而,这种方法对于包含数百亿个元素的千碱基分辨率矩阵来说并不高效。对于像矩阵平衡标准化这样的全矩阵操作,很难将整个矩阵加载到内存中。密集矩阵形式仍然用于关注小区域的高分辨率矩阵的分析,但它无法扩展到整个...
. Hi-C数据类型说明valid pair：基因组上不同位点DNA经酶切和连接形成的嵌合体DNA片段；single side：仅有一端序列可以唯一匹配到基因组上的DNA片段；self circles：同一位点DNA片段两端环化自连形成；dangling ends：未经过连接反应，双端均在同一基因组位置上的DNA片段；unmapped：双端均无法唯一匹配到基因组上的DN...
一. 概念 Hi-C：技术源于基因组捕获技术 ( Chromosome conformation capture) ，以整个细胞核为研究...
Hi-C技术 1实验技术 Hi-C的实验技术是由3C技术演化,融入了生物素捕获和高通量测序而来的。通过图1所示标准实验流程[1],我们最终将获得全基因组范围内空间距离接近的DNA序列信息。 来百度APP畅享高清图片 Step1:利用甲醛将细胞核内自然状态下的DNA与蛋白质相交联,使空间上接近的DNA被固定住; ...
Hi-C可以与RNA-Seq、ChIP-Seq等数据进行联合分析,从基因调控网络和表观遗传网络来阐述生物体性状形成的相关机制。 图1. 染色体三维结构图 一、技术优势 1、无需专门构建群体,单个样本实现辅助基因组组装; 2、精确率高,人类基因组锚定染色体精确率为98%,排序和定;...
研究背景 染色质高级结构在发育和疾病中发挥着至关重要的调控作用。异常的染色质结构会导致基因表达紊乱,促进癌症的发生和发展。由于生物组织,特别是临床样品的细胞异质性,现有的单细胞三维基因组检测技术(single cell Hi-C)受限于通量和操作复杂性,难以高效解析
DLO-HiC-Tools支持DLO Hi-C 技术的数据,此技术信噪比高,能在早期进行质量控制,为解析基因组三维结构提供了一种新型、高效、经济的研究方法。DLO Hi-C 染色质构象捕获技术设计了巧妙的酶切位点,采用同时酶切酶连的方式,将 DNA 接头连接在染色质内切酶切口末端上,然后进行邻近酶连,最后再用 MmeI 内切酶酶切消化...
Hi-C技术的流程[2]：用甲醛对细胞进行固定，使 DNA 与蛋白，蛋白与蛋白之间进行交联(图中DNA片段：...