使用Hi-C 发现,整个基因组被分割为两个空间区室,分布标记为 A,B 染色质区,往往区室内互作频繁,而区室间互作较少。 A compartments:开放的染色质,表达活跃,基因丰富,具有较高的GC含量,包含用于主动转录的组蛋白标记,通常位于细胞核的内部。 B compartments:关闭的染色质,表达不活跃,基因缺乏,结构紧凑,含有基因沉...
使用Hi-C 发现,整个基因组被分割为两个空间区室,分布标记为 A,B 染色质区,往往区室内互作频繁,而区室间互作较少。 **A compartments:**开放的染色质,表达活跃,基因丰富,具有较高的GC含量,包含用于主动转录的组蛋白标记,通常位于细胞核的内部。 **B compartments:**关闭的染色质,表达不活跃,基因缺乏,结构紧...
HiC技术实验原理 将三维基因组甲醛交联固定,用内切酶进行酶切,酶切完在末端加生物素进行末端修复,然后进行连接,连接后对去除蛋白并打断成小片段,用磁珠捕获带生物素的片段进行测序。 Hi-C分析流程 (a)首先是质控,过滤后高质量的FASTQ数据(PE,150bp),如果比对软件不支持split mapping的话,一般选用迭代比对,因为连接...
而在 2023 年 9 月的这篇论文里，谭隆志和合作者不仅首次绘制了人类与小鼠一生的三维基因组图谱，也绘制了人类小脑发育的转录组、染色质可及性多组学图谱，借此揭示了小脑的“三维基因组时钟”。（来源：Science）这将为基于三维基因组的精准医疗打下基础，有朝一日或能通过精确折叠 DNA 来延缓衰老、治疗疾病。相...
从而解释基因组中的调控元件是如何相互作用，如何调控基因表达。基因组三维空间结构与功能的研究简称三维基因组学（Three-Dimensional Genomics，3D Genomics），是指在考虑基因组序列、基因结构及其调控元件的同时，对基因组序列在细胞核内的三维空间结构，及其对基因转录、调控、复制和修复等生物过程中功能的研究。
此外，我们还计划将开发的多基因组学工具广泛应用于大脑之外的生物医学领域，比如癌症生物学和免疫学。”他说道。成立实验室计划构建“三维基因组版 AlphaFold”2022 年 12 月，谭隆志在斯坦福大学建立了独立实验室，专注于开发跨越基因组学、神经科学、生物化学和计算机科学领域的新一代单细胞多组学工具，并通过这些...
三维基因组学（3D genomics/genome architecture）研究的焦点之一是在亚微米 (sub-micrometer) 量级上结构和功能间的联系。这些结构可以由高通量染色质构象捕获技术（a high-throughput, genome-wide version of chromosome conformation capture: Hi-C【1】）来描绘，可大致分为 (如图)【2】:1. 染色质区室化(...
该文总结了人类和小鼠三维基因组学及其生物学功能的最新进展,为探索畜禽3D基因组学提供了灵感,并重点探讨了三维基因组学在畜禽肌肉发育中的生物学功能及其在动物育种中的意义。 摘要 真核基因组以层次结构的方式包装在细胞核中,影响基因调控。基因组被组织成多尺度的结构单元,包括染色体领域、区段、拓扑关联域(TADs)...
2018年，来自Stanford大学的Karl Deisseroth团队发明了Dip-C技术，首次解析单个人类细胞的三维基因组结构【1】。2021年，Karl Deisseroth团队首次解析单个脑细胞的基因组结构，发现小鼠从出生到成年的巨大变化【2】。近日，Science杂志在线发表了Karl Deisseroth/Longzhi Tan团队的研究论文：Lifelong restructuring of 3D ...