HiC技术实验原理 将三维基因组甲醛交联固定,用内切酶进行酶切,酶切完在末端加生物素进行末端修复,然后进行连接,连接后对去除蛋白并打断成小片段,用磁珠捕获带生物素的片段进行测序。 Hi-C分析流程 (a)首先是质控,过滤后高质量的FASTQ数据(PE,150bp),如果比对软件不支持split mapping的话,一般选用迭代比对,因为连接...
引 言Micro-C / Micro-C XL技术借助于MNase切割染色体，将三维基因组分辨率提高到了200 bp，高于传统高分辨率Hi-C技术的kb级别上限。这一极高分辨率解析基因组三维结构的工具，犹如巧夺天工的显微镜，进一步揭示了核小体水平基因组三维结构的特性。与此同时，分辨率的提升，使得针对超高分辨率基因组三维空间结构的分析...
使用Hi-C 发现,整个基因组被分割为两个空间区室,分布标记为 A,B 染色质区,往往区室内互作频繁,而区室间互作较少。 A compartments:开放的染色质,表达活跃,基因丰富,具有较高的GC含量,包含用于主动转录的组蛋白标记,通常位于细胞核的内部。 B compartments:关闭的染色质,表达不活跃,基因缺乏,结构紧凑,含有基因沉...
首先看下染色质的主要存储容器——细胞核,主要看与三维基因组密切相关的三个结构: 核膜Nuclear Envelope:用来包裹染色质,控制物质进出 **核纤层Nuclear Lamina:**位于核膜的内表面的纤维网络,支持核膜,锚定染色质,与核骨架相连,参与细胞周期解离和重建 核仁Nucleolus:主要存储合成 rRNA,存储装配核糖体 ...
【前沿进展】SCLS丨高绍荣/江赐忠/鞠振宇/乐融融/陈陟阳研究团队揭示三维基因组在衰老造血干细胞…造血干细胞（Hemapoietic stem cells，HSCs）能够长期自我更新并且分化成各类成熟血细胞，对于维持血液系统稳态至关重要【1,2】。造血干细胞的功能会随着年龄增长逐渐衰退，包括造血干细胞分化平衡的打破、移植后自我更新能力...
因此我们通过Hi-C分析三维基因组时常常是从loop、TAD和compartments三个层次的拓扑结构来进行解析。 下面得到的是Hi-C中最经典的一张图:染色体位点互作图 Hi-C染色体位点互作图 红色代表位点间相关作用强,依次我们会有一些认知:蓝色是A区室,黄色是B区室。不同compartments之间的相关作用是比较低的,更多的是compartment...
染色体的拓扑结构域对基因功能发挥着重要作用。基因间的远程相互作用在三维基因组中得以展现。三维基因组研究有助于理解基因转录的调控网络。核小体的定位影响着基因组的三维构象。染色质的重塑过程与三维基因组的动态变化相关。 增强子与启动子在三维空间中的接近促进基因激活。基因组的三维结构受多种蛋白质因子的调控...
而在 2023 年 9 月的这篇论文里，谭隆志和合作者不仅首次绘制了人类与小鼠一生的三维基因组图谱，也绘制了人类小脑发育的转录组、染色质可及性多组学图谱，借此揭示了小脑的“三维基因组时钟”。（来源：Science）这将为基于三维基因组的精准医疗打下基础，有朝一日或能通过精确折叠 DNA 来延缓衰老、治疗疾病。相...
Micro-C XL在高深度测序超高分辨率条件下,能够关注检测到基因相关的loop domain及TAD结构内部的较弱loops结构,并使得三维基因组分析分辨率达到亚kb水准,为进一步研究gene水平的三维基因组结构奠定了良好基础。同时,Micro-C xl能够结合其它组学如RNA-seq、ATAC-seq、CUT&Tag等,对基因水平的enhancerenhancer-promote调控机制...