控制大脑中不同细胞类型的复杂基因调控机制对于理解其在健康和疾病中的功能至关重要。最近高通量表观基因组分析的激增预示着对这些基因调控框架的突破性发现。特别是DNA甲基化,结合三维(3D)染色质的形成,是基因调控的基础。阐明复杂细胞类型背后的基因调控程序是理解健康和疾病中大脑功能的基础。 本文作者通过探测来自三...
其他表示反向) chr = 染色体(必须是基因组中的染色体) pos = 位置 frag = 限制性酶切割位点的碎片 score = 分配给此读取的分数 如果不使用限制性位点文件选项,则 frag 将被忽略,但请参见上面关于虚拟值的注意事项。
由Babraham研究所的Anne Corcoran博士领导的一个由免疫学家、生物信息学家、生物物理学家和3D基因组分析先驱组成的多学科团队发现，小鼠B细胞中DNA的3D组织允许物理上彼此相距遥远的基因在抗体生成过程中聚集在一起，并产生强大的抗体多样性，以抵御疾病。令人惊讶的是，他们发现每个B细胞折叠这部分基因组的方式不同，...
如果说我们人类细胞核内的DNA拉直,大概有2m的长度,但是最终折叠到几十微米的细胞核中,如此致密的结构会不会拉近基因之间在空间的距离,增大基因间的接触从而调控基因的表达? 在1993年,人类基因组刚提出来,人们对基因的理解也不是很深入,但大家普遍关心的一个问题就是基因的怎么被调控的。当时有两种假说,一种是线性...
最后做个性化分析,前面这几步可通过上面写的3dGenomics.pl脚本实现 一、A/B区室 hicPCA-mref.cool::/resolutions/50000--outFileName pca1.bw pca2.bw--format bigwig--pearsonMatrix pearson.h5 这里第一主成分是区室,需要根据基因密度或者GC校正一下符号 ...
由Babraham研究所的Anne Corcoran博士领导的一个由免疫学家、生物信息学家、生物物理学家和3D基因组分析先驱组成的多学科团队发现,小鼠B细胞中DNA的3D组织允许物理上彼此相距遥远的基因在抗体生成过程中聚集在一起,并产生抗疾病所需的抗体多样性。 令人惊讶的是,他们发现每个B细胞折叠这部分基因组的方式不同,而不是...
本篇笔记主要记录三维基因组学的学习,以及演示如何利用Hi-C数据分析Compartment和拓扑关联结构域(TAD),所使用的分析Hi-C数据的软件为HiC-Pro,可视化软件为HiCPlotter和R包HiTC。 1. 三维基因组简介 首先什么是三维基因组学?三维基因组学(Three-Dimensional Genomics, 3D Genomics),是指在考虑基因组序列、基因结构及其...
——结合成像和测序的三维基因组分析 探索基因组三维结构的许多方法都是相同的原理,即针对线性空间中彼此远离,但在3D结构中靠得很近的基因组区域进行分离和测序。这些方法包括检测全基因组相互作用的方法,例如Hi-C;围绕特定的基因座的方法,如3C和4C;通过富集与某种特定蛋白相互作用的基因组位点的方法,如ChIA-PET,还...
1、同时分析单细胞三维基因组和基因表达谱揭示嗅觉受体选择的动态增强子连接 Simultaneous single-cell three-dimensional genome and gene expression profiling uncovers dynamic enhancer connectivity underlying olfactory receptor choice Nat Methods; IF: 48.000; DOI: 10.1038/s41592-024-02239-0 ...
利用Hi-C技术可以揭示基因组的一般结构特征,包括从隔室(动物中A/BCompartments,植物中为CSD/LSD)到拓扑相关结构域(动物中TAD,植物中TAD-like),最后再到环(loop)的染色质的这种层级结构. 染色体的三维(3D)结构深刻影响DNA复制,转录及DNA损伤修复。最近研究揭示了人基因组中存在数百万的潜在的顺式调控元件,其中...