其他表示反向) chr = 染色体(必须是基因组中的染色体) pos = 位置 frag = 限制性酶切割位点的碎片 mapq = 映射质量分数 如果不使用限制性位点文件选项,则 frag 将被忽略,但请参见上面关于虚拟值的注意事项。
2 DLO-hic-tools:https://github.com/GangCaoLab/DLO-HiC-Tools DLO-HiC-Tools支持DLO Hi-C 技术的数据,此技术信噪比高,能在早期进行质量控制,为解析基因组三维结构提供了一种新型、高效、经济的研究方法。DLO Hi-C 染色质构象捕获技术设计了巧妙的酶切位点,采用同时酶切酶连的方式,将 DNA 接头连接在染色质...
数据格式对Hi-C分析至关重要。原始数据通常以FASTQ格式生成，适用于存储原始测序数据。SAM或BAM格式用于存储序列比对映射结果，是1000 Genomes项目开发的标准。进一步处理生成接触列表文件，如Juicer或4DN使用的文件，记录所有有效相互作用位点的对齐位置对。这些列表文件被聚合到基因组bin中，形成接触矩阵文件，...
完全掌握HiC三维基因组数据分析原理和实操 配套自主开发的全自动数据分析流程 特别声明:以上内容(如有图片或视频亦包括在内)为自媒体平台“网易号”用户上传并发布,本平台仅提供信息存储服务。 Notice: The content above (including the pictures and videos if any) is uploaded and posted by a user of NetEase ...
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三维基因组数据分析软件是由深圳湾实验室著作的软件著作,该软件著作登记号为:2022SR1530496,属于分类,想要查询更多关于三维基因组数据分析软件著作的著作权信息就到天眼查官网!
目前,对基因表达调控的研究主要是以基因及其调控元件的线性关系为基础,然而,基因不仅仅以简单的线性形式存在,越来越多的证据表明染色质之间的相互作用在基因表达调节方面也起重要作用,即基因的表达调控存在三维空间网络,基因表达可被远程调控...
A401---【6天大课】HiC三维基因组数据分析-基因课appjnrofhhr5942 0播放 A400---Ai终点站,全系统商业闭环矩阵打造,帮电商、实体降70%成本,12款Ai联合深度实战 1播放 A406---陈十亿-千川操盘手26讲 0播放 A403---2024春季课程-精英年组 0播放 A404---系统班内部服务课 0播放 A438---【整理师专属】20...
本篇笔记主要记录三维基因组学的学习,以及演示如何利用Hi-C数据分析Compartment和拓扑关联结构域(TAD),所使用的分析Hi-C数据的软件为HiC-Pro,可视化软件为HiCPlotter和R包HiTC。 1. 三维基因组简介 首先什么是三维基因组学?三维基因组学(Three-Dimensional Genomics, 3D Genomics),是指在考虑基因组序列、基因结构及其...
因为此课程(三维基因组数据分析实操)时间安排是一整天,也不会有时间去详细讲解Linux和R语言基础知识的,需要你自行学习编程基础知识哈,学习资料及学习内容在:2020学习主旋律,B站74小时免费教学视频为你领路,这个计算机背景我默认生信技能树绝大部分粉丝都已经是没有问题了哈,如果还有疑问,自行完成Linux和R的视频学习以及...