. Hi-C数据类型说明valid pair：基因组上不同位点DNA经酶切和连接形成的嵌合体DNA片段；single side：仅有一端序列可以唯一匹配到基因组上的DNA片段；self circles：同一位点DNA片段两端环化自连形成；dangling ends：未经过连接反应，双端均在同一基因组位置上的DNA片段；unmapped：双端均无法唯一匹配到基因组上的DN...
泛三维基因组是指通过Hi-C技术与泛基因组研究技术,在考虑基因组序列、基因结构及其调控元件的同时,对基因组序列在细胞核内的三维空间结构与结构变异和基因家族功能研究相结合, 实现对物种基因组的遗传机制和生物功能的深入挖掘。 其中,Hi-C技术已作为基因组染色体挂载的常规手段,用于辅助基因组组装。同时,Hi-C技术广...
Hi-C技术是染色体构象捕获(Chromosome conformation capture,简称为3C)的一种衍生技术,是指基于高通量进行染色体构象的捕获,它能够在全基因组范围内捕捉不同基因座位之间的高分辨率空间交互信息,研究三维空间中调控基因的DNA元件。与WGS、RNA-seq、ATAC-seq、 CUT&Tag等多组学联合分析,研究不同物种基因组空间结构(compar...
交互矩阵是通过将联系人列表文件中的读取比对计数到基因组二进制区间而创建的。它捕捉给定分辨率下的基因组范围内成对相互作用的全基因组图。矩阵的两个维度对应于两个相互作用的位点,每个轴代表一个基因组。矩阵的每个元素(也称为像素)反映两个基因组区域之间的相互作用频率。 用于稀释Hi-C数据的早期矩阵通常是一个...
Hi-C技术源于染色体构象捕获(Chromosome Conformation Capture, 3C)技术,利用高通量测序技术,结合生物信息分析方法,研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系,获得高分辨率的染色质三维结构信息。Hi-C技术不仅可以研究染色体片段之间的相互作用,建立基因组折叠模型,还可以应用于基因组组装、单体型图谱构建、辅助宏...
PCR 产物分析，例如分子遗传学诊断或基因指纹分析。通过切割含有特定序列的凝胶块来分离限制性基因组 DNA...
Hi-C可以与RNA-Seq、ChIP-Seq等数据进行联合分析,从基因调控网络和表观遗传网络来阐述生物体性状形成的相关机制。 图1. 染色体三维结构图 一、技术优势 1、无需专门构建群体,单个样本实现辅助基因组组装; 2、精确率高,人类基因组锚定染色体精确率为98%,排序和定;...
Hi-C 技术助力疾病研究 基因组三维结构异常与表观遗传修饰如DNA修饰、组蛋白修饰等密切相关,在疾病的发生、发展中发挥着重要作用。Hi-C 技术帮助我们深刻认识到,许多疾病的发生、发展与基因组三维结构的异常存在相关性。当基因组结构发生变异,如单核苷酸突变、小片段核酸序列(50 个碱基对以下)的异常插入或缺失(Insert...
本篇笔记主要记录三维基因组学的学习,以及演示如何利用Hi-C数据分析Compartment和拓扑关联结构域(TAD),所使用的分析Hi-C数据的软件为HiC-Pro,可视化软件为HiCPlotter和R包HiTC。 1. 三维基因组简介 首先什么是三维基因组学?三维基因组学(Three-Dimensional Genomics, 3D Genomics),是指在考虑基因组序列、基因结构及其...
图1. 高分辨率Hi-C技术识别人类视网膜染色质结构,来源:Nature Communications 随后,研究团队在视网膜基因中发现了不同的相互作用模式,表明染色质的3D结构在组织特异性基因调控中发挥重要作用,可以利用这种调控结构来描述组织特异性基因组调控,并通过调控元件和染色质环确定eQTL变体和基因之间的联系。此外,小鼠和...