Hi-C技术源于染色体构象捕获(Chromosome Conformation Capture, 3C)技术,利用高通量测序技术,结合生物信息分析方法,研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系,获得高分辨率的染色质三维结构信息。Hi-C技术不仅可以研究染色体片段之间的相互作用,建立基因组折叠模型,还可以应用于基因组组装、单体型图谱构建、辅助宏...
. Hi-C数据类型说明valid pair：基因组上不同位点DNA经酶切和连接形成的嵌合体DNA片段；single side：仅有一端序列可以唯一匹配到基因组上的DNA片段；self circles：同一位点DNA片段两端环化自连形成；dangling ends：未经过连接反应，双端均在同一基因组位置上的DNA片段；unmapped：双端均无法唯一匹配到基因组上的DN...
为农业动植物经济性状连锁标记及基因组进化奠定基础 2.探索基因组的3D结构 有助于了解基因组折叠对基因表达的影响 有助于了解基因组三维结构对细胞发育,分化及细胞命运的决定 3.开发调控基因的DNA元件 揭示基因组远程调控元件介导的分子网络 通过分析调控元件空间互作热点,开发潜在的药物作用靶点 4.Hi-C辅助基因组组装...
交互矩阵是通过将联系人列表文件中的读取比对计数到基因组二进制区间而创建的。它捕捉给定分辨率下的基因组范围内成对相互作用的全基因组图。矩阵的两个维度对应于两个相互作用的位点,每个轴代表一个基因组。矩阵的每个元素(也称为像素)反映两个基因组区域之间的相互作用频率。 用于稀释Hi-C数据的早期矩阵通常是一个...
三维基因组学_HI-C技术 技术概述 染色体由DNA与组蛋白共同组成,从染色体的一级结构(绳珠模型)到四级超螺旋折叠结构,DNA分子一共被压缩了8400倍左右,正是这些折叠和压缩,导致基因在细胞中的分布复杂而又有序。 基于基因组序列,调控元件和相关的注释的信息,科学家们发现,它们在空间结构上并不是在染色体上呈线性地...
Hi-C技术是染色体构象捕获(Chromosome conformation capture,简称为3C)的一种衍生技术,是指基于高通量进行染色体构象的捕获,它能够在全基因组范围内捕捉不同基因座位之间的高分辨率空间交互信息,研究三维空间中调控基因的DNA元件。与WGS、RNA-seq、ATAC-seq、 CUT&Tag等多组学联合分析,研究不同物种基因组空间结构(compar...
DLO-HiC-Tools支持DLO Hi-C 技术的数据,此技术信噪比高,能在早期进行质量控制,为解析基因组三维结构提供了一种新型、高效、经济的研究方法。DLO Hi-C 染色质构象捕获技术设计了巧妙的酶切位点,采用同时酶切酶连的方式,将 DNA 接头连接在染色质内切酶切口末端上,然后进行邻近酶连,最后再用 MmeI 内切酶酶切消化...
因此我们通过Hi-C分析三维基因组时常常是从loop、TAD和compartments三个层次的拓扑结构来进行解析。下面...
图1. 高分辨率Hi-C技术识别人类视网膜染色质结构,来源:Nature Communications 随后,研究团队在视网膜基因中发现了不同的相互作用模式,表明染色质的3D结构在组织特异性基因调控中发挥重要作用,可以利用这种调控结构来描述组织特异性基因组调控...
1.Hi-C原理简介 1.1 Hi-C技术 高通量染色体构象捕获技术(High-throughput chromosome conformation capture)研究全基因组三维构象及分析染色质片段相互作用的实验技术 1.2 Hi-C目的 了解核内染色质的三维构象、获得细胞核内空间位置非常接近或存在相互作用的染色质测序片段更好地研究染色质内或染色质间的互作、基因调控...