拓扑关联域 (TAD) 是一个自相互作用的基因组区域,这意味着 TAD 内的 DNA 序列之间的物理相互作用比 TAD 外的序列更频繁。这些三维染色体结构存在于动物以及一些植物、真菌和细菌中。 TAD 的大小范围从数千到数百万个 DNA 碱基不等。 TAD 通常表现为沿 Hi-C 图对角线的连续方形域。基因组到 TAD 的空间划分...
在他看来，“目前 Dip-C 主要用来解析基因组三维结构，但它也是一种更能广泛应用的新范式，作为一种‘生化显微镜’通过生化反应和生物信息学来倒推出 DNA 结构，这种方式突破了光学分辨率的限制且效果优于传统光学显微镜。此外，Dip-C 技术还可以推广到蛋白、RNA 等其他分子的三维结构解析，未来我们希望能够把 Dip-...
基因组的形式和功能之间有着密切的关系,即启动子和增强子之间的空间接近对于基因表达的时空控制很重要。随着细胞开始分化,所有基因组拓扑结构的都经历了实质性的修饰,而这些修饰与染色质状态和基因表达动态密切相关。图1.分层的三维染色质组织。 免疫细胞发育中的基因组拓扑结构:造血干细胞中的三维基因组组织。 造血系统...
. Hi-C数据类型说明valid pair：基因组上不同位点DNA经酶切和连接形成的嵌合体DNA片段；single side：仅有一端序列可以唯一匹配到基因组上的DNA片段；self circles：同一位点DNA片段两端环化自连形成；dangling ends：未经过连接反应，双端均在同一基因组位置上的DNA片段；unmapped：双端均无法唯一匹配到基因组上的DN...
“结合实验手段和分析技术,最终我们开发出了二倍体染色质构象捕获技术(diploid chromatin conformation capture,Dip-C)。”说道,“借助 Dip-C 技术,我们首次解析出了人类基因组的三维结构,并且在小鼠的各种组织里解析出了各异的三维基因组结构。除此之外,在人类血液中,通过 Dip-C 技术解析出三维基因组结构还能够推断...
在他看来,“目前 Dip-C 主要用来解析基因组三维结构,但它也是一种更能广泛应用的新范式,作为一种‘生化显微镜’通过生化反应和生物信息学来倒推出 DNA 结构,这种方式突破了光学分辨率的限制且效果优于传统光学显微镜。此外,Dip-C 技术还可以推广到蛋白、RNA 等其他分子的三维结构解析,未来我们希望能够把 Dip-C ...
对于Dip-C 的技术优势, 谭隆志 总结了三个方面:“首先,Dip-C 通过测量单细胞来解析三维基因组结构,揭示每个细胞独一无二的特性;其次,它完全基于生化反应实现了约 100 纳米的高分辨率,而无需借助光学显微镜等特殊昂贵的大型设备,并且生化反应效率较高,能够确保全基因组大部分 DNA 都能检测到;第三,解析速度较快...
成立实验室计划构建“三维基因组版 AlphaFold” 2022 年 12 月,谭隆志在斯坦福大学建立了独立实验室,专注于开发跨越基因组学、神经科学、生物化学和计算机科学领域的新一代单细胞多组学工具,并通过这些工具测量和操控大脑中的单细胞三维基因组结构。 “未来我们还将继续开发新的方法和技术,同时利用这些新技术来探究大脑...
摘要 免疫细胞的分化、发育和激活需要转录程序的精确和协调控制。基因组的三维(3D)组织结构已成为染色质状态、转录活性和细胞身份决定的重要调节因子,它可以通过促进或阻碍转录调控...
成立实验室计划构建“三维基因组版 AlphaFold” 2022 年 12 月,谭隆志在斯坦福大学建立了独立实验室,专注于开发跨越基因组学、神经科学、生物化学和计算机科学领域的新一代单细胞多组学工具,并通过这些工具测量和操控大脑中的单细胞三维基因组结构。 “未来我们还将继续开发新的方法和技术,同时利用这些新技术来探究大脑...