首先,进入GWAS catalog的官网(https://www.ebi.ac.uk/gwas/),点击Summary statistics(如下图所示) 进入Summary statistics后点击Available studies(如下图所示) 最后,你将进入如下界面(链接:https://www.ebi.ac.uk/gwas/downloads/summary-statistics) 该界面主要由三部分组成 第一块是 “List of published studi...
常用的GWAS summary data数据库汇总如下。 ✅GWAS Catalog(全称:Genome-Wide Association Study Catalog)是一个存储基因组范围关联研究(GWAS)结果的数据库。收集、整理和提供了各种研究中发现的基因-表型关联数据。其是EMBL-EBI旗下的一个数据库,收录了比较全的公开发表的GWAS分析结果。 该数据库提供了以下信息:关联...
ꔷ variant_id:GWASCatalog里的遗传变异信息,一般均为rsid,可以是向量类型 ꔷ efo_id:GWAS Catalog里性状的ID号,以“EFO”开头,可以是向量类型 ꔷ pubmed_id:研究的PubMedID号 ꔷ full_pvalue_set:是一个逻辑参数,代表获取是否有完整summary结果的研究(full summary statistics),如果设置为TRUE则代表只 ...
首先,进入GWAS catalog的官网(https://www.ebi.ac.uk/gwas/),点击Summary statistics(如下图所示) 进入Summary statistics后点击Available studies(如下图所示) 最后,你将进入如下界面(链接:https://www.ebi.ac.uk/gwas/downloads/summary-statistics) 该界面主要由三部分组成 第一块是 “List of published studi...
首先,进入GWAS catalog的官网(https://www.ebi.ac.uk/gwas/),点击Summary statistics(如下图所示) 进入Summary statistics后点击Available studies(如下图所示) 最后,你将进入如下界面(链接:https://www.ebi.ac.uk/gwas/downloads/summary-statistics)
今天查看gwas-catalog网站,发现即将推出GWAS 汇总统计数据的新格式GWAS-SSF,困扰大家多年的格式不统一问题有望解决啦?暂时还未发表,还在预印本服务器,让我们先一睹为快! 全基因组关联研究(GWAS)的汇总统计数据代表了巨大的研究潜力。该领域研究人员面临的挑战是,由于缺乏数据内容和文件格式的标准,汇总统计数据的访问和...
Files:可以下载所有的GWAS catalog的数据,数据格式有 TSV,OWL/RDF, EFO mappings Diagrams:可以下载diagrams的那个漂亮的图片,当然在Diagrams模块也可以下载 Summary statistics: 可以下载目前Catalog里面的研究的列表,发表文章的时候很有用哦,你得说明你用了哪些研究的结果呢。当然这个在 summary Statistics模块也提供下载...
Files:可以下载所有的GWAS catalog的数据,数据格式有 TSV,OWL/RDF, EFO mappings Diagrams:可以下载diagrams的那个漂亮的图片,当然在Diagrams模块也可以下载 Summary statistics: 可以下载目前Catalog里面的研究的列表,发表文章的时候很有用哦,你得说明你用了哪些研究的结果呢。当然这个在 summary Statistics模块也提供下载...
GWAS Catalog: 欧洲生物信息研究所(EBI)汇总的GWAS Catalog收录了已发表的各种疾病和表型的GWAS结果。数据可以直接下载。 网站:https://www.ebi.ac.uk/gwas/ UK biobank: UK biobank项目网站上提供了其238万参与者GWAS分析的summary statistics结果。目前已经完成了2000多个表型的GWAS。数据下载需注册。
Files:可以下载所有的GWAS catalog的数据,数据格式有 TSV,OWL/RDF, EFO mappings Diagrams:可以下载diagrams的那个漂亮的图片,当然在Diagrams模块也可以下载 Summary statistics: 可以下载目前Catalog里面的研究的列表,发表文章的时候很有用哦,你得说明你用了哪些研究的结果呢。当然这个在 summary Statistics模块也提供下载...