首先,进入GWAS catalog的官网(https://www.ebi.ac.uk/gwas/),点击Summary statistics(如下图所示) 进入Summary statistics后点击Available studies(如下图所示) 最后,你将进入如下界面(链接:https://www.ebi.ac.uk/gwas/downloads/summary-statistics) 该界面主要由三部分组成 第一块是 “List of published studi...
首先,进入GWAS catalog的官网(ebi.ac.uk/gwas/),点击Summary statistics(如下图所示) 进入Summary statistics后点击Available studies(如下图所示) 最后,你将进入如下界面(链接:ebi.ac.uk/gwas/download) 该界面主要由三部分组成 第一块是“List of published studies with summary statistics“(如下图所示):这里的...
可以在Summary statistics里进入下一个界面 这里点击Available studies就可以进入搜索页面了 可以通过Traits这个选项框来搜索查找我们需要的数据。点击FTP Download可以查看可下载的数据,这里注意一下大小,一般那种400多M的数据才是完整数据,数据太小的话可能在做孟德尔随机化时找不到合适的SNP位点。前面GCST开头的ID号有...
首先,进入GWAS catalog的官网(https://www.ebi.ac.uk/gwas/),点击Summary statistics(如下图所示) 进入Summary statistics后点击Available studies(如下图所示) 最后,你将进入如下界面(链接:https://www.ebi.ac.uk/gwas/downloads/summary-statistics) 该界面主要由三部分组成 第一块是 “List of published studi...
下面以PGC(Psychiatric Genomic Consortium)精神类疾病的GWAS数据库为例,给大家展示一下如何下载GWAS Summary statistics数据进行再分析。首先,上图中的链接:https://www.med./pgc/results-and-downloads,网页打开后如下图所示: 接下来,我们就可以点击相关GWAS数据,进行下载,使用,再分析等等。目前来看,二次或者多次利...
",进入页面:https://www.ebi.ac.uk/gwas/downloads/summary-statistics,得到一个由三部分组成的界面 1)List of published studies with summary statistics:这里的GWAS研究都是已经发表的,质量有保证,你可以在检索框里输入关键词("First author", "Study accession", "Reported trait", "Trait(s)")进行筛选 ...
GWAS summary statistics files QC tool. Contribute to Kukuster/SumStatsRehab development by creating an account on GitHub.
该领域研究人员面临的挑战是,由于缺乏数据内容和文件格式的标准,汇总统计数据的访问和共享。出于这个原因,GWAS目录在2021年与汇总统计利益攸关方举行了一系列会议,以指导标准格式的开发。利益攸关者的主要要求是,一个包含关键数据要素的标准能够支持广泛的数据分析,需要低生物信息学技能来访问和生成文件,拥有易于获取的元...
GWASSNP-set association testSummary statisticsWe propose statistical methods to detect novel genetic variants using only genome-wide association studies (GWAS) ... B Guo,B Wu - 《Computational Biology & Chemistry》 被引量: 1发表: 2018年 The goldmine of GWAS summary statistics: a systematic review...
A principled framework to estimate annotation-stratified genetic covariance using GWAS summary statistics. - xtonyjiang/GNOVA