UK biobank项目网站上提供了其238万参与者GWAS分析的summary statistics结果。目前已经完成了2000多个表型的GWAS。数据下载需注册。 网站:http://www.nealelab.is/uk-biobank GWAS ATLAS: 荷兰CTG实验室开发的GWAS ATLAS工具,可以用于GWAS数据的交互查询、下载和meta分析。 网站:https://atlas.ctglab.nl/ 其他数据来...
首先,进入GWAS catalog的官网(https://www.ebi.ac.uk/gwas/),点击Summary statistics(如下图所示) 进入Summary statistics后点击Available studies(如下图所示) 最后,你将进入如下界面(链接:https://www.ebi.ac.uk/gwas/downloads/summary-statistics) 该界面主要由三部分组成 第一块是 “List of published studi...
首先,进入GWAS catalog的官网(https://www.ebi.ac.uk/gwas/),点击Summary statistics(如下图所示) 进入Summary statistics后点击Available studies(如下图所示) 最后,你将进入如下界面(链接:https://www.ebi.ac.uk/gwas/downloads/summary-statistics) 该界面主要由三部分组成 第一块是 “List of published studi...
在GWAS catalog官网首页,我们可以看到多个数据下载选项。为了获取完整的GWAS summary数据,我们需要点击“Summary statistics”选项。这将带我们进入GWAS summary数据的下载页面。 三、点击Available studies 在GWAS summary数据的下载页面,我们可以看到“Available studies”选项。点击该选项后,我们将进入一个包含所有可用GWAS研...
第三块是“Additional sources of summary statistics“(如下图所示):这里整理汇总了目前GWAS研究协作体(consortium)的相关信息。一般这些协作体会建有自己的网站来存储数据,我们可以到它们的官网上下载完整的GWAS summary 数据。图中用红色标记的是冠心病研究的协作体。
summary statistic顾名思义,就和R里面的summary函数一样,是对GWAS数据的一个概括总结,包含了结果中最核心的信息。 ebi也提供了很多GWAS研究summary statistic的结果下载,https://www.ebi.ac.uk/gwas/summary-statistics GWAS的基本原理 如何跑GWAS? 转到姊妹篇:GWAS | 全基因组关联分析 | Linkage disequilibrium (LD...
数据可以直接下载。 网址:ebi.ac.uk/gwas/ ✅UK biobank网站上提供了参与者GWAS分析的summary statistics结果。目前已经完成2000多个表型的GWAS。作为目前世界上最为知名和开放的生物银行,自2006年建立以来已收集了英国各地50万名参与者的血液、尿液和唾液样本,以及完善的人口学、社会经济、生活方式和健康信息。数据...
3)Additional sources of summary statistics:这里整理汇总了目前GWAS研究协作体(consortium)的相关信息。一般这些协作体会建有自己的网站来存储数据,我们可以到它们的官网上下载完整的GWAS summary 数据。 1.3 所有数据下载 首页点击" " >> " ,进行下载界面:https://www.ebi.ac.uk/gwas/docs/file-downloads ...
Add a description, image, and links to the gwas-summary-statistics topic page so that developers can more easily learn about it. Curate this topic Add this topic to your repo To associate your repository with the gwas-summary-statistics topic, visit your repo's landing page and select ...
Tool to map GWAS summary statistics to VCF with on-the-fly harmonisation to a supplied reference FASTA Produces GWAS-VCF with version 1.0 of thespecification Documentation Full documentation available fromhttps://mrcieu.github.io/gwas2vcf