UK biobank项目网站上提供了其238万参与者GWAS分析的summary statistics结果。目前已经完成了2000多个表型的GWAS。数据下载需注册。 网站:http://www.nealelab.is/uk-biobank GWAS ATLAS: 荷兰CTG实验室开发的GWAS ATLAS工具,可以用于GWAS数据的交互查询、下载和meta分析。 网站:https://atlas.ctglab.nl/ 其他数据来...
在文章的Data availability部分,作者公开了自己做好的GWAS summary statistics数据,如图: 数据是免费下载的,不过可能需要你去FTP里面一个一个点,我整理好了179个数据全部的下载链接,复制进下载工具即可一次性下载。 更多细节请点击:Nature Communications的脂质组GWAS数据下载链接 ...
首先,进入GWAS catalog的官网(https://www.ebi.ac.uk/gwas/),点击Summary statistics(如下图所示) 进入Summary statistics后点击Available studies(如下图所示) 最后,你将进入如下界面(链接:https://www.ebi.ac.uk/gwas/downloads/summary-statistics) 该界面主要由三部分组成 第一块是 “List of published studi...
首先,进入GWAS catalog的官网(https://www.ebi.ac.uk/gwas/),点击Summary statistics(如下图所示) 进入Summary statistics后点击Available studies(如下图所示) 最后,你将进入如下界面(链接:https://www.ebi.ac.uk/gwas/downloads/summary-statistics) 该界面主要由三部分组成 第一块是 “List of published studi...
接下来,我将介绍如何从GWAS catalog下载完整的GWAS summary 数据 首先,进入GWAS catalog的官网(https://www.ebi.ac.uk/gwas/),点击Summary statistics(如下图所示) 进入Summary statistics后点击Available studies(如下图所示) 最后,你将进入如下界面(链接:https://www.ebi.ac.uk/gwas/downloads/summary-statistics...
summary statistic顾名思义,就和R里面的summary函数一样,是对GWAS数据的一个概括总结,包含了结果中最核心的信息。 ebi也提供了很多GWAS研究summary statistic的结果下载,https://www.ebi.ac.uk/gwas/summary-statistics GWAS的基本原理 如何跑GWAS? 转到姊妹篇:GWAS | 全基因组关联分析 | Linkage disequilibrium (LD...
下面以PGC(Psychiatric Genomic Consortium)精神类疾病的GWAS数据库为例,给大家展示一下如何下载GWAS Summary statistics数据进行再分析。首先,上图中的链接:,网页打开后如下图所示: 接下来,我们就可以点击相关GWAS数据,进行下载,使用,再分析等等。目前来看,二次或者多次利用已发表的GWAS数据,也可以发现很好结果,发表在...
下面以PGC(Psychiatric Genomic Consortium)精神类疾病的GWAS数据库为例,给大家展示一下如何下载GWAS Summary statistics数据进行再分析。首先,上图中的链接:https://www.med./pgc/results-and-downloads,网页打开后如下图所示: 接下来,我们就可以点击相关GWAS数据,进行下载,使用,再分析等等。目前来看,二次或者多次利...
该领域研究人员面临的挑战是,由于缺乏数据内容和文件格式的标准,汇总统计数据的访问和共享。出于这个原因,GWAS目录在2021年与汇总统计利益攸关方举行了一系列会议,以指导标准格式的开发。利益攸关者的主要要求是,一个包含关键数据要素的标准能够支持广泛的数据分析,需要低生物信息学技能来访问和生成文件,拥有易于获取的元...
3)Additional sources of summary statistics:这里整理汇总了目前GWAS研究协作体(consortium)的相关信息。一般这些协作体会建有自己的网站来存储数据,我们可以到它们的官网上下载完整的GWAS summary 数据。 1.3 所有数据下载 首页点击" " >> " ,进行下载界面:https://www.ebi.ac.uk/gwas/docs/file-downloads ...