SNP 必须满足在进行共定位的两个表型中都有summary data是可用的。【注意1 】这里的summary data不是fu...
head(phe) dd = data.frame(phe$V3,geno[,7:17]) head(dd) mod_M7 = lm(phe.V3 ~ M7_1,data=dd) summary(mod_M7) 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 可以看出R语言lm的结果中: M7: beta为1.3940, se为1.3165,t值为1.059,p值为0.290, M9:beta为3.3265,se为1.5042,t值为2.211,p值为0.0...
wgethttps://cnsgenomics.com/data/SMR/westra_eqtl_hg19.zip unzip westra_eqtl_hg19.zip wgethttps://cnsgenomics.com/data/SMR/cage_eqtl_data_lite_hg19.tar.gz tar -zxvf cage_eqtl_data_lite_hg19.tar.gz wgethttps://cnsgenomics.com/data/SMR/GTEx_V7_cis_eqtl_summary.tar.gz tar -zxvf GTEx_V...
FUSION使用的较为广泛,还有人用这个软件分析了很多gwas summary数据,做成了数据库twas-hub, 后续在详细介绍这个数据库。 3.4K30 笔记| GWAS 操作流程3:plink关联分析--完结篇 查看数据这里,文件是bed文件,二进制不方便查看,我们将其转化为ped文件和map文件注意,这里我使用的是ped和map格式,如果ped文件中...
GWAS summary data分析方法 摘要:在处理 Nealelab 中的summary data sets时,发现数据缺失SNP对应rs号阅读全文 posted @2020-10-18 20:33biostat_yu
colnames(f)<-c("SNP","A1","A2","freq","b","se","p","n") head(f) write.table(f,"GWAS_AF_Finn.txt",sep = "\t",row.names = FALSE,quote = FALSE) #SMR/GSMR格式转化---GWAS catalog格式 library(tidyverse) library(data.table) ...
mod2 = lm(dj ~ Rep, data=fm) summary(mod2) anova(mod2) 在回归分析中,用的是lm函数,用summary给出每个水平的效应值,以及T检验的结果。用anova会打印出方差分析的结果。 上面的例子可以看出aov和lm函数是等价的。 因子和协变量等价 如果我们将Rep变为虚拟变量,然后进行数字变量的回归分析,是什么样的?
A fine-mapping method integrating GWAS summary statistics and functional annotation data - zhwm/SparsePro
be created usinggwas2vcf. All the data in theIEU GWAS databaseis available for download in this format. This R package provides fast and convenient functions for querying and creating GWAS summary data in GWAS VCF format (v1.0). See alsopygwasvcfa Python3 parser for querying GWAS VCF files...