常用的GWAS summary data数据库汇总如下。 ✅GWAS Catalog(全称:Genome-Wide Association Study Catalog)是一个存储基因组范围关联研究(GWAS)结果的数据库。收集、整理和提供了各种研究中发现的基因-表型关联数据。其是EMBL-EBI旗下的一个数据库,收录了比较全的公开发表的GWAS分析结果。 该数据库提供了以下信息:关联...
首先,进入GWAS catalog的官网(https://www.ebi.ac.uk/gwas/),点击Summary statistics(如下图所示) 进入Summary statistics后点击Available studies(如下图所示) 最后,你将进入如下界面(链接:https://www.ebi.ac.uk/gwas/downloads/summary-statistics) 该界面主要由三部分组成 第一块是 “List of published studi...
These provide a broad 'summary' of the data and allow us to appropriately set thresholds for quality control. It would be wrong, for example, to run a statistical test on a genotype with high missingness because the resulting P value would be misleading and could lead to erroneous conclusions...
broad 'summary' of the data and allow us to appropriately set thresholds for quality control. It would be wrong, for example, to run a statistical test on a genotype with high missingness because the resulting P value would be misleading and could lead to erroneous conclusions from the data....
该领域研究人员面临的挑战是,由于缺乏数据内容和文件格式的标准,汇总统计数据的访问和共享。出于这个原因,GWAS目录在2021年与汇总统计利益攸关方举行了一系列会议,以指导标准格式的开发。利益攸关者的主要要求是,一个包含关键数据要素的标准能够支持广泛的数据分析,需要低生物信息学技能来访问和生成文件,拥有易于获取的元...
直接在google上搜索研究论文,从Data availability里的url顺藤摸瓜找到数据,此类数据散落在各个学校,研究机构等等自家的网站上,没有好的办法,只有自己搜索。GWAS catalog 经常会出现收录不及时而漏掉很多最新数据。 例如: Program in Complex Trait Genomics, IMB, The University of Queensland. cnsgenomics.com/content...
一个用空格分隔的文本文件,包含需要分析区域的 GWAS summary statistics 信息,每行一个SNP。文件必须包含列名,每一列分别是: 代码语言:javascript 复制 rsid:SNP名字 chromosome:染色体名称,性染色体的名字与 precomputedSNPcorrelations 文件保持一致即可 position:物理位置 ...
一个用空格分隔的文本文件,包含需要分析区域的 GWAS summary statistics 信息,每行一个SNP。文件必须包含列名,每一列分别是: rsid:SNP 名字 chromosome:染色体名称,性染色体的名字与 precomputed SNP correlations 文件保持一致即可 position:物理位置 allele1:effect allele,在 FINEMAP 中特指 minor allele ...
Summary statistics from genome-wide association studies (GWAS) have facilitated the development of various summary data-based methods, which typically require a reference sample for linkage disequilibrium (LD) estimation. Analyses using these methods may be biased by errors in GWAS summary dataor LD ...
GCTA-COJO: multi-SNP-based conditional & joint association analysis using GWAS summary data 本文内容: 1 2 3 4 背景介绍 GCTA-COJO使用方法 参考样本的选择 参考 背景介绍: 通常情况下GWAS或是meta分析检验的是基于单个SNP模型的相关,所估计的效应量为被检验SNP的边际效应,但相比于多SNP模型的联合效应,单个...